腫瘤異質(zhì)性
腫瘤異質(zhì)性在腫瘤細胞在基因张遭、表型邓萨、代謝特性和行為等方面存在的多樣性，它是腫瘤復(fù)雜性的重要特征之一，但是我們沒有方法去直觀或者量化細胞分群后的異質(zhì)性缔恳。
為此宝剖，我找了很多文獻，終于讓我找到了一篇文獻《Single-cell analyses reveal increased intratumoral
heterogeneity after the onset of therapy resistance in small-cell lung cancer》歉甚。
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作者使用了一種方法诈闺，將ITH score進行了量化，并使用了箱線圖進行了展示铃芦，真是救命雅镊。感覺去看一下作者的代碼。很可惜刃滓，沒有找到git-hub相關(guān)的代碼仁烹。但是找到了關(guān)鍵的一句話。
The ITH score was defined as the average Euclidean distance between the individual cells
and all other cells, in terms of the first 20 principal components derived from the
normalized expression levels of highly variable genes. The highly variable gene was
identified using the FindVariableGenes() function in the SEURAT package, with
default parameters.
作者的思路是通過PCA主成分分析咧虎，將腫瘤細胞映射到低維空間卓缰，其中異質(zhì)性較大的細胞群會距離較遠，通過歐幾里得距離計算每個細胞的距離打分就能夠?qū)TH Score進行量化砰诵！
思路已經(jīng)清晰了征唬，接下來就是復(fù)現(xiàn)了，但是我沒有使用作者的數(shù)據(jù)茁彭，而是直接使用了一下自己的示例數(shù)據(jù)总寒。
Rplot.png
從featureplot上就可以直觀地看到每個亞群對應(yīng)的異質(zhì)性了。再用vlnboxplot展示一下理肺！
Rplot01.png
之后為了互相驗證摄闸，可以再跑一個inferCNV進行互相驗證！這里因為數(shù)據(jù)保密的原因妹萨，就不放inferCNV的結(jié)果了年枕。
打個廣告：小編目前在職博士一枚，想為了家鄉(xiāng)的山區(qū)孩子捐物資乎完，所以想在這里接點單細胞的分析熏兄，賺的錢大部分都會捐給韓紅基金會，所以你們有需要就來找我吧树姨！
