臨近年底了树灶，再過幾天纤怒，就窮了一年了，不知道是不是該珍惜現(xiàn)在窮的日子天通，因?yàn)橐院罂隙〞F的泊窘，??。今天我們來分享一個T細(xì)胞方面的研究像寒，當(dāng)然主要還是針對腫瘤的烘豹，參考文章在Pan-cancer single cell landscape of tumor-infiltrating T cells，2021年12月17號發(fā)表于science诺祸，值得我們深入探討一下携悯。

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INTRODUCTION

針對腫瘤特異性 T 細(xì)胞的癌癥免疫療法使許多癌癥患者受益，但不同癌癥類型的臨床療效差異很大筷笨。 腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞通常會進(jìn)入功能失調(diào)狀態(tài)憔鬼，即眾所周知的 T 細(xì)胞衰竭，效應(yīng) T 細(xì)胞的抗腫瘤功能受多種因素的調(diào)節(jié)胃夏，包括調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞（T_reg 細(xì)胞）的存在轴或。 T 細(xì)胞的狀態(tài)和豐度因不同癌癥類型的腫瘤微環(huán)境 (TME) 而異，這可能從根本上影響不同的臨床參數(shù)仰禀，例如對免疫療法的藥物反應(yīng)照雁。

RATIONALE

為了構(gòu)建高分辨率的泛癌 T 細(xì)胞圖譜，對來自各種癌癥類型的患者的腫瘤答恶、癌旁組織和血液樣本進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 測序 (scRNA-seq)囊榜，并收集了其他已發(fā)布的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)集。 在校正混雜因素和批次效應(yīng)后亥宿，整合了不同的數(shù)據(jù)。 該圖譜由來自 21 種癌癥類型的 316 名患者的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)組成砂沛。 將具有基因表達(dá)譜的單個 T 細(xì)胞的 T 細(xì)胞受體 (TCR) 序列組裝起來烫扼，以表征 T 細(xì)胞的擴(kuò)增和動態(tài)。 應(yīng)用各種計算方法來研究不同癌癥類型的 T 細(xì)胞的特征和豐度碍庵。

RESULTS

在癌癥患者中發(fā)現(xiàn)了多個潛在的腫瘤反應(yīng)性 T 細(xì)胞 (pTRT) 群體映企。 pTRTs 的狀態(tài)在不同癌癥類型的腫瘤微環(huán)境中變化很大悟狱。對于 CD8⁺ T 細(xì)胞，主要的 pTRT 是耗盡的 T 細(xì)胞并表現(xiàn)出高度的異質(zhì)性堰氓。分別通過效應(yīng)記憶 T 細(xì)胞和組織駐留記憶 T 細(xì)胞通過計算推斷出 T 細(xì)胞耗竭的兩條主要發(fā)育途徑挤渐，并且這兩種途徑在癌癥類型中都很普遍。還注意到終末耗竭的 T 細(xì)胞和諸如自然殺傷 (NK) 樣 T 細(xì)胞双絮、17 型 CD8⁺ T 細(xì)胞（Tc17 細(xì)胞）和 CD8⁺ T_reg 細(xì)胞等細(xì)胞之間的狀態(tài)轉(zhuǎn)換浴麻，但這種轉(zhuǎn)換往往發(fā)生在特定的癌癥中類型。對于 CD4⁺ T 細(xì)胞囤攀，濾泡輔助 T 細(xì)胞 (T_FH)/T 輔助 1 (T_H1) 雙功能 T 細(xì)胞似乎起源于 T_FH 細(xì)胞软免，也是顯著的 pTRT 并與腫瘤突變負(fù)荷相關(guān)。還發(fā)現(xiàn)pTRTs 的轉(zhuǎn)錄程序可能受到 TMEs 中轉(zhuǎn)化生長因子-b (TGF-b) 和干擾素的影響焚挠。 T 細(xì)胞狀態(tài)的豐度因癌癥類型而異膏萧。根據(jù)腫瘤浸潤性T細(xì)胞組成，可以將癌癥患者免疫分型為具有高頻率終末耗竭CD8⁺ T細(xì)胞組和高頻率組織駐留記憶CD8⁺ T細(xì)胞組蝌衔，免疫類型為與臨床特征相關(guān)榛泛，例如患者存活率和對免疫檢查點(diǎn)封鎖的反應(yīng)。

Abstract

T 細(xì)胞在癌癥免疫治療中發(fā)揮核心作用噩斟，但我們?nèi)狈Σ煌┌Y類型的腫瘤浸潤 T 細(xì)胞的異質(zhì)性和動態(tài)的系統(tǒng)比較曹锨。 為 21 種癌癥類型的 316 名捐贈者構(gòu)建了一個單細(xì)胞 RNA 測序泛癌 T 細(xì)胞圖譜，并揭示了不同的 T 細(xì)胞組成模式亩冬。 發(fā)現(xiàn) CD8⁺ T 細(xì)胞耗竭的多個狀態(tài)轉(zhuǎn)換路徑以及這些路徑在不同腫瘤類型中的偏好艘希。 某些 T 細(xì)胞群顯示出與患者特性（例如突變負(fù)荷）的特定相關(guān)性，揭示了腫瘤微環(huán)境的可能決定因素硅急。 僅腫瘤內(nèi)的 T 細(xì)胞組成就可以將癌癥患者分為具有臨床特征特異性的組覆享，為 T 細(xì)胞免疫和靶向 T 細(xì)胞的精準(zhǔn)免疫治療提供新的見解。

Introduction

腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞 (TILs) 是腫瘤微環(huán)境 (TME) 的核心參與者营袜，塑造了基本的臨床特性撒顿，例如對免疫療法的反應(yīng)。免疫檢查點(diǎn)阻斷 (ICB) 已顯示出巨大的臨床成功荚板，但其療效因癌癥類型而異凤壁，這表明腫瘤免疫存在潛在差異。在 TME 中跪另，效應(yīng) T 細(xì)胞往往表現(xiàn)出多種抑制性受體的高表達(dá)水平拧抖，例如 PD-1（程序性細(xì)胞死亡 1）、TIM3（T 細(xì)胞免疫球蛋白和含粘蛋白結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì) 3）免绿、TIGIT（具有 Ig 的 T 細(xì)胞免疫受體和 ITIM 域）和 LAG3（淋巴細(xì)胞激活 3）唧席，它們被認(rèn)為是功能失調(diào)狀態(tài)的標(biāo)志，廣泛稱為 T 細(xì)胞衰竭。不同的 ICB 功效可能在邏輯上與癌癥類型之間的腫瘤浸潤 T 細(xì)胞狀態(tài)差異有關(guān)淌哟，尤其是耗竭差異迹卢。在黑色素瘤患者中，CD8⁺ 腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞表現(xiàn)出從功能障礙細(xì)胞狀態(tài)到功能障礙的線性和連續(xù)進(jìn)展徒仓，但在肺癌患者中腐碱，有兩種可能發(fā)展為衰竭的預(yù)衰竭狀態(tài)。因此掉弛，各種癌癥的 TME 之間的耗竭動態(tài)可能不同症见。從本質(zhì)上講，T 細(xì)胞耗竭似乎受到多種轉(zhuǎn)錄因子 (TF) 的嚴(yán)格調(diào)控狰晚，包括 TOX（胸腺細(xì)胞選擇相關(guān)的高遷移率群框）和 TCF7（轉(zhuǎn)錄因子 7）筒饰，以及形成在功能失調(diào)的 CD8⁺ T 細(xì)胞。此外壁晒，多種 TME 因素導(dǎo)致耗竭表型瓷们，并且在各種癌癥類型的 TME 中可能存在決定 T 細(xì)胞表型和豐度的不同調(diào)節(jié)過程。在不同的癌癥類型中觀察到了可區(qū)分的 T 細(xì)胞特征秒咐。例如谬晕，肝癌和結(jié)腸癌的 T 細(xì)胞耗竭比例高于肺癌，多發(fā)性骨髓瘤等癌癥類型沒有顯著的耗竭 T 細(xì)胞群携取。然而攒钳，直接比較研究僅限于三四種孤立的癌癥類型.

通過單細(xì)胞 RNA 測序 RNA 測序 (scRNA-seq) 構(gòu)建了跨 21 種不同癌癥類型的綜合腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞綱要。 通過發(fā)現(xiàn)腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞的共性和差異雷滋，我們旨在揭示 T 細(xì)胞狀態(tài)不撑、動力學(xué)和調(diào)節(jié)的“泛癌”特征。

Result

Construction of a pan-cancer single-cell transcriptome atlas of T cells

表征了 21 種癌癥類型的 T 細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜晤斩。經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制過濾后焕檬，該圖譜包含來自 316 名供體的 397,810 個 T 細(xì)胞的數(shù)據(jù)——來自他們的腫瘤、鄰近正常組織和外周血——其中 46.4% 的細(xì)胞是在本研究中新測序的澳泵，而其他細(xì)胞則來自之前發(fā)表的數(shù)據(jù)集实愚。我們在“微型集群”和批次效應(yīng)校正算法Harmony的基礎(chǔ)上，整合了多種技術(shù)產(chǎn)生的多樣化數(shù)據(jù)兔辅。視覺和定量評估均表明細(xì)胞在整合數(shù)據(jù)中混合良好腊敲。來自單個細(xì)胞的 T 細(xì)胞受體 (TCR) 序列被組裝成通過 10x VDJ 和 Smart-Seq2 protocol生成的數(shù)據(jù)。來自 15 種癌癥類型的 87 個供體的 92,533 個克隆型的總共 168,901 個細(xì)胞具有至少一對生產(chǎn)性 TCR α 鏈和 β 鏈维苔，其中 53.9% 是克隆細(xì)胞（在至少兩個細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)相同的 TCR 對）碰辅，對應(yīng)于 14,631擴(kuò)展克隆型。

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總共確定了 17 個 CD8⁺ 和 24 個 CD4⁺ metaclusters介时，所有這些都由至少 80% 的癌癥類型共享乎赴。這些metaclusters的表達(dá)特征分析揭示了先前描述的 T 細(xì)胞亞型和新組的存在忍法，包括顆粒酶 K 陽性（GZMK⁺）效應(yīng)記憶細(xì)胞（T_em 細(xì)胞）、終末分化的效應(yīng)記憶或效應(yīng)細(xì)胞（T_emra 細(xì)胞）榕吼，以及CD4⁺ 和 CD8⁺ compartment中的干擾素刺激基因 (ISG) 陽性 T 細(xì)胞；殺傷細(xì)胞免疫球蛋白樣受體 (KIR) 陽性自然殺傷 (NK) 樣 T 細(xì)胞勉失、ZNF683⁺CXCR6⁺ 組織駐留記憶 T 細(xì)胞（T_rm 細(xì)胞）和 CD8⁺ compartment中的四個耗盡的 CD8⁺ T 細(xì)胞（T_ex 細(xì)胞）群羹蚣；和三個濾泡輔助 T 細(xì)胞（T_FH 細(xì)胞）相關(guān)群體 [CXC 基序趨化因子受體 5 陽性 (CXCR5⁺) pre-T_FH、經(jīng)典 IL21⁺ T_FH 和 IFNG⁺ T_FH/T 輔助 1 (T_H1) 雙功能 T 細(xì)胞] 和四個CD4⁺ compartment中的調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞（T_reg 細(xì)胞）群乱凿。對于CD8⁺ metacluster c16顽素，近一半的細(xì)胞具有半不變TCR a鏈粘膜相關(guān)不變T細(xì)胞（MAIT），有或沒有這種TCR a鏈的細(xì)胞均高表達(dá)與17型CD8⁺ T細(xì)胞（Tc17細(xì)胞）相關(guān)的基因浆竭，表明該metaclusters包含 MAIT 和非 MAIT Tc17 細(xì)胞（以下稱為 Tc17）泵额。 (細(xì)胞注釋的過程大家需要關(guān)注一下)三娩。

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未經(jīng)治療的患者不同來源組織的T細(xì)胞組成表現(xiàn)出顯著差異，因?yàn)橛肧hannon equitability index測量的正常組織和腫瘤中的多樣性顯著高于血液中的多樣性（P < 0.01全蝶，兩側(cè)Wilcoxon 測試），而對于 CD8⁺ T 細(xì)胞寺枉，腫瘤中的多樣性甚至高于正常組織中的多樣性抑淫。 腫瘤中的 CD8⁺ 細(xì)胞以出現(xiàn)衰竭的 T 細(xì)胞為特征，而在 CD4⁺ T 細(xì)胞群中姥闪，最豐富的細(xì)胞群是 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞始苇，其在血液和正常組織中的頻率均顯著降低（P < 0.01，2- 側(cè)威爾科克森檢驗(yàn)）筐喳。

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為了區(qū)分對腫瘤有反應(yīng)的 T 細(xì)胞和旁觀者 T 細(xì)胞催式，共同分析了組織分布、轉(zhuǎn)錄表型避归、增殖和克隆擴(kuò)增的特征荣月。富含腫瘤的 T 細(xì)胞的增殖和克隆擴(kuò)增特征已被視為其腫瘤反應(yīng)性的證據(jù)。從優(yōu)勢比 (OR) 分析來看槐脏，幼稚 T 細(xì)胞和 T_emra 細(xì)胞（CD4⁺ 和 CD8⁺）在血液中表現(xiàn)出強(qiáng)烈的分布偏好喉童，而 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞、T_FH/T_H1 細(xì)胞顿天、CD8⁺ISG⁺ T 細(xì)胞和四個 CD8⁺ Tex 細(xì)胞組似乎富含腫瘤堂氯。在 STARTRAC（通過 RNA-seq 和 TCR 追蹤進(jìn)行的單 T 細(xì)胞分析）分析的基礎(chǔ)上，這種富含腫瘤的metaclusters表現(xiàn)出擴(kuò)張和持續(xù)增殖牌废，暗示它們的克隆擴(kuò)張是對腫瘤抗原的反應(yīng)咽白。此外，大多數(shù)具有高擴(kuò)增和增殖指數(shù)的富含腫瘤的metaclusters（TCF7⁺ Tex 細(xì)胞和 OXPHOS-Tex 細(xì)胞除外）往往在 TCR 信號傳導(dǎo)中表現(xiàn)出高活性鸟缕，證實(shí)了它們的高抗原反應(yīng)性晶框。在個體腫瘤水平上排抬，確定了與具有高 TCR 信號或增殖的特定擴(kuò)增 TIL 共享克隆型的細(xì)胞組，這些細(xì)胞被統(tǒng)稱為潛在的腫瘤反應(yīng)性 T 細(xì)胞 (pTRT)授段。對于腫瘤中的 pTRT蹲蒲，最常觀察到的細(xì)胞狀態(tài)分別是終末 Tex 細(xì)胞和 CD8⁺ 和 CD4⁺ T 細(xì)胞的 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞，盡管它們的發(fā)生率因癌癥類型而異侵贵。同時届搁，CD4⁺ 和 CD8⁺ compartments的 T_emra 細(xì)胞在所有組織中均表現(xiàn)出顯著的擴(kuò)增（P < 0.01，排列測試）窍育，但增殖率較低（<2%）卡睦。量化組織遷移程度的 STARTRAC 遷移指數(shù)顯示，在大多數(shù)測試的癌癥類型中漱抓，CD8⁺ 和 CD4⁺ T_emra 細(xì)胞在血液與正潮矶停或腫瘤組織之間的遷移率最高。這些觀察結(jié)果表明乞娄，這些 T 細(xì)胞在腫瘤外被激活和擴(kuò)增瞬逊，并在血液中循環(huán)。與健康捐贈者相比补胚，癌癥患者的血液中含有更多的 CD8⁺ T_emra 細(xì)胞码耐。此外，在某些腫瘤中溶其，大多數(shù) pTRT 是 T_emra 細(xì)胞骚腥。此外，血液中 pTRT 最常見的細(xì)胞狀態(tài)也是 T_emra 細(xì)胞瓶逃，這種模式適用于多種癌癥適應(yīng)癥.

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總之束铭，出現(xiàn)了潛在的腫瘤反應(yīng)性 T 細(xì)胞——T_FH/T_H1 細(xì)胞、TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞厢绝、CD8⁺ISG⁺ T 細(xì)胞和四種 Tex 細(xì)胞群契沫，代表了局部抗腫瘤免疫反應(yīng)——而擴(kuò)增的 CD8⁺ T_emra 細(xì)胞也可能含有腫瘤特定的 TCR，這與全身免疫反應(yīng)的概念一致.

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Common themes of CD8⁺ T_ex cell heterogeneity and dynamics

在 CD8⁺ compartment中昔汉，主要的潛在腫瘤反應(yīng)性亞群是四個 CD8⁺ T_ex 細(xì)胞群懈万，它們都高度表達(dá)多種耗竭標(biāo)志物，包括 TOX靶病、TIGIT会通、CTLA4（細(xì)胞毒性 T 淋巴細(xì)胞相關(guān)蛋白 4）和 TNFRSF9（TNF 受體超家族 9） ，但它們在基因表達(dá)和通路活性方面存在差異娄周。主要群體是末端 T_ex 細(xì)胞涕侈，其表現(xiàn)出與末端分化相關(guān)的基因 ENTPD1（外核苷三磷酸二磷酸水解酶 1）的更高表達(dá)。末端 T_ex 細(xì)胞還高度表達(dá) IFNG（干擾素-g）和 GZMB（顆粒酶 B）煤辨，暗示其具有內(nèi)在的抗腫瘤效應(yīng)潛力裳涛，以及某些在 T 細(xì)胞耗竭中具有未知作用的基因木张，包括 MYO1E（肌球蛋白 IE）和 MYO7A（肌球蛋白 VIIA） .相對稀有的 T_ex 細(xì)胞群是 TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞，其 HAVCR2（甲型肝炎病毒細(xì)胞受體 2）和 LAG3（淋巴細(xì)胞活化 3）水平較低端三，但特異表達(dá)高水平的 TCF7舷礼。 TCF7 被認(rèn)為是腫瘤中干細(xì)胞樣 T 細(xì)胞的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子。此外郊闯，TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞高表達(dá) CD200且轨、GNG4（G 蛋白亞基 g 4）、IGFBP4（胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白 4）虚婿、IGFL2（胰島素樣生長因子家族成員 2）和與淋巴結(jié)遷移相關(guān)的基因 [如作為 CCR7（CC 基序趨化因子受體 7）和 SELL（選擇素 L）] .

接下來，結(jié)合基因表達(dá)和 TCR 數(shù)據(jù)來剖析 T 細(xì)胞耗竭的軌跡泳挥。首先然痊，in global，擴(kuò)散圖和 RNA velocyto表明 CD8⁺ T 細(xì)胞可以從幼稚 T 細(xì)胞發(fā)育為 T_emra 或 T_ex 細(xì)胞屉符，這與之前的報告一致剧浸。其次，對于 T_ex 分支矗钟，結(jié)合 Monocle3唆香、RNA velocyto和基于均勻流形近似和投影 (UMAP) 和 STARTRAC 成對轉(zhuǎn)換索引 (pTrans) 的圖推理，推斷出從初始細(xì)胞到 T_ex 細(xì)胞的兩條路徑：第一條路徑 (P1)通過 GZMK⁺ T_em 細(xì)胞 [初始細(xì)胞到 IL7R⁺ 記憶 T 細(xì)胞（Tm 細(xì)胞）到 GZMK⁺ T 細(xì)胞到終端 Tex 細(xì)胞]吨艇，第二個（P2）通過 ZNF683⁺ T_rm 細(xì)胞（初始細(xì)胞到 IL7R⁺ Tm 細(xì)胞到 ZNF683⁺CXCR6⁺ T_rm 細(xì)胞）到終端 T_ex 細(xì)胞）躬它。在單個腫瘤中也可以觀察到從兩條路徑到 T_ex 細(xì)胞的狀態(tài)轉(zhuǎn)變。盡管某些腫瘤表現(xiàn)出優(yōu)先使用 P1 或 P2东涡，但在其他腫瘤中冯吓，這兩條路徑的狀態(tài)轉(zhuǎn)換都很高，這意味著 T_em 和 T_rm 細(xì)胞都參與了這些腫瘤的抗腫瘤免疫疮跑。末端 T_ex 細(xì)胞具有中等 pTrans 和 ISG⁺ T 細(xì)胞组贺，而 ISG⁺ T 細(xì)胞又與多個metaclsuter高度連接。 ISG⁺狀態(tài)不是一個獨(dú)立的狀態(tài)祖娘，而是T_em失尖、T_rm和其他細(xì)胞的混合體。此外渐苏，包含多種細(xì)胞狀態(tài)的 TCR 克隆型——包括 ZNF683⁺CXCR6⁺ T_rm 細(xì)胞或 GZMK⁺ Tex 細(xì)胞掀潮、ISG⁺ T 細(xì)胞和終端 T_ex 細(xì)胞——可以在腫瘤中被清楚地識別出來。因?yàn)?ISG⁺ 狀態(tài)代表一種可能由 TCR 觸發(fā)的干擾素-g (IFN-g) 驅(qū)動或由干擾素直接誘導(dǎo)的激活狀態(tài)整以，這些觀察表明 P1 或 P2 中未耗盡的 T 細(xì)胞可能會在進(jìn)入“耗盡胧辽， ”這讓人想起在慢性病毒感染中的觀察，其中 CD8⁺ T 細(xì)胞 - 內(nèi)在 I 型干擾素信號使分化偏向于更末端的效應(yīng)狀態(tài)或衰竭狀態(tài)公黑。

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假設(shè)表達(dá) CXCR5 或 TCF7 的祖細(xì)胞產(chǎn)生終端 T_ex 細(xì)胞邑商。我們發(fā)現(xiàn) TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞與 GZMK⁺ T_ex 細(xì)胞甚至終端 T_ex 細(xì)胞有很強(qiáng)的狀態(tài)轉(zhuǎn)換連接摄咆。一部分 GZMK⁺ 早期 T_em 細(xì)胞也表達(dá)高水平的 CXCR5 或 TCF7。這些來自 GZMK⁺ 早期 T_em 細(xì)胞的 CXCR5⁺ 或 TCF7⁺ 細(xì)胞位于 T_emra 或 T_ex 細(xì)胞的分支點(diǎn)附近人断，代表具有不同命運(yùn)的發(fā)育潛力的細(xì)胞吭从。相比之下，TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞更可能代表具有一定干性的定型 Tex 細(xì)胞恶迈。與 GZMK+ 早期 T_em 細(xì)胞相比涩金，來自 TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞群的那些 CXCR5⁺ 或 TCF7⁺ 細(xì)胞具有更高頻率的細(xì)胞表達(dá) TOX 和抑制性受體，如 PDCD1暇仲、TIGIT 和 CTLA4步做。 TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞與 GZMK⁺ 早期 T_em 細(xì)胞沒有強(qiáng)烈的狀態(tài)轉(zhuǎn)變，但與 NME1⁺（NME/NM23 核苷二磷酸激酶 1）T 細(xì)胞高度相關(guān)奈附。由于這兩種細(xì)胞群的稀缺性全度，TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞是否源自 NME1⁺ 細(xì)胞還有待觀察。因此斥滤，我們確定了不能單獨(dú)用 CXCR5 或 TCF7 定義的 T 細(xì)胞耗竭路徑将鸵。總之佑颇，我們證明了一種更復(fù)雜的 T 細(xì)胞耗竭細(xì)胞途徑顶掉。

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Distinct paths to T cell exhaustion across different cancer types

為了檢查癌癥類型中主要衰竭路徑的prevalence，進(jìn)一步按癌癥類型對 TCR 共享進(jìn)行了分層挑胸。 在末端 T_ex 細(xì)胞和其他metacluster之間具有強(qiáng) TCR 共享的 12 種癌癥類型中的 11 種中痒筒，末端 T_ex 細(xì)胞與 GZMK⁺ T_ex 細(xì)胞、ZNF683⁺ T_rm 細(xì)胞或 P1 或 P2 中的其他metacluster表現(xiàn)出高 pTrans 值嗜暴， 暗示 P1 和 P2 作為 T 細(xì)胞耗竭的通用路徑凸克。 我們還觀察到，在某些癌癥類型中闷沥，末端 T_ex 細(xì)胞和不在 P1 或 P2 中的metacluster之間存在強(qiáng)烈的 TCR 共享萎战，包括那些在胰腺癌中具有 KIR⁺TXK⁺ NK 樣 T 細(xì)胞的細(xì)胞和在乳腺癌中具有 Tc17 的那些。 這些 TCR 共享模式表明舆逃，除了通過 T_em 和 T_rm 細(xì)胞的共同路徑外蚂维，還存在導(dǎo)致 T 細(xì)胞衰竭的異質(zhì)路徑。

除了cluster間 TCR 共享之外路狮，終端 T_ex 細(xì)胞和其他細(xì)胞群之間的發(fā)育聯(lián)系可以通過終端 T_ex 細(xì)胞中非耗竭狀態(tài)的部分特征的表達(dá)來證實(shí)虫啥。卵巢癌的一個終末 T_ex 細(xì)胞亞群表達(dá)了 T_reg 細(xì)胞主導(dǎo)的 TF FOXP3，這些 CD8⁺FOXP3⁺ T 細(xì)胞傾向于與表達(dá) CXCL13 的細(xì)胞共享 TCR奄妨，這意味著 CD8⁺FOXP3⁺ T 細(xì)胞和CXCL13 表達(dá)細(xì)胞涂籽。類似地，卵巢癌末端 T_ex細(xì)胞的一個子集表達(dá) KIR2DL3（殺傷細(xì)胞免疫球蛋白樣受體砸抛、兩個 Ig 結(jié)構(gòu)域和長胞質(zhì)尾 3）和 TXK（TXK 酪氨酸激酶）评雌，它們是 KIR⁺TXK⁺ T 標(biāo)志基因的一部分树枫。細(xì)胞，這些細(xì)胞與表達(dá) CXCL13 的細(xì)胞共享 TCR景东。此外砂轻，KIR2DL3+細(xì)胞的RNA速度指向CXCL13⁺細(xì)胞，表明KIR⁺TXK⁺向衰竭轉(zhuǎn)變斤吐。這種狀態(tài)轉(zhuǎn)變也可能發(fā)生在其他癌癥類型中搔涝，因?yàn)樵诙喾N癌癥類型的 Tex 細(xì)胞中可以發(fā)現(xiàn)表達(dá) FOXP3 的細(xì)胞、KIR⁺ T 細(xì)胞特征和類似的 TCR 共享模式和措，盡管它們的頻率因癌癥類型而異庄呈。

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進(jìn)一步鑒定了末端 T_ex細(xì)胞中具有癌癥類型偏好的基因，包括 IL26（白介素 26）派阱、IL17A 和 RORC（RAR 相關(guān)孤兒受體 C）抒痒。這些基因主要在 CD4⁺ TH17 細(xì)胞或 CD8⁺ Tc17 中表達(dá)。我們證實(shí)了它們在 Tc17 中的表達(dá)颁褂，但在食管癌、鱗狀細(xì)胞癌和胃腺癌的某些腫瘤中傀广，它們也在一部分終末 T_ex 細(xì)胞中表達(dá)颁独，尤其是 IL26。此外伪冰，包含表達(dá) IL26誓酒、IL17A 或 RORC 的 T_ex 細(xì)胞的擴(kuò)增克隆型傾向于包含表達(dá) CXCL13 的 T_ex 細(xì)胞，這意味著表達(dá) IL26贮聂、IL17A 和 RORC 的細(xì)胞與表達(dá) CXCL13 的細(xì)胞之間存在狀態(tài)轉(zhuǎn)換連接靠柑。此外，一部分末端 T_ex 細(xì)胞表達(dá)了半不變的 MAIT 鏈吓懈、衰竭的特征以及 Tc17 的部分特征歼冰。因此，似乎有一部分 T_ex 細(xì)胞具有分泌 17 型反應(yīng)細(xì)胞因子的能力耻警，這些細(xì)胞因子很可能來自 Tc17隔嫡。這些基因的優(yōu)先表達(dá)——以 IL26 為例，它作為炎癥介質(zhì)甘穿，誘導(dǎo)粘膜組織中炎性細(xì)胞因子的產(chǎn)生——暗示了 Tex 細(xì)胞在某些癌癥類型中的多功能特征腮恩。

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Universal and cancer type–specific transcriptional regulation of CD8⁺ T cell exhaustion

將 TOX 鑒定為 T 細(xì)胞耗竭的關(guān)鍵 TF，激發(fā)了人們對尋找其他調(diào)節(jié)劑的興趣温兼。我們系統(tǒng)地確定了與耗竭相關(guān)的 TF秸滴。編碼 TF 的末端 T_ex 細(xì)胞的特征基因在 > 80% 的癌癥類型中具有顯著高表達(dá) [效應(yīng)大小 > 0.15，錯誤發(fā)現(xiàn)率 (FDR) < 0.01募判，meta-analysis] 被指定為通用 T_ex 細(xì)胞調(diào)節(jié)劑荡含。 TOX咒唆、TOX2、RBPJ（免疫球蛋白 k J 區(qū)的重組信號結(jié)合蛋白）内颗、ZBED2（鋅指 BED 型含 1）钧排、PRDM1（PR 域鋅指蛋白 1）、VDR（維生素 D 受體）均澳、IKZF4（IKAROS 家族鋅）finger 4)恨溜、BATF（基本亮氨酸拉鏈 ATF 樣轉(zhuǎn)錄因子）、STAT3（信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和轉(zhuǎn)錄激活因子 3）和 IFI16（干擾素 g 誘導(dǎo)蛋白 16）按效果大小排名前 10 位通用 TF找前。例如糟袁，TOX 在所有癌癥類型中都顯示出統(tǒng)計學(xué)顯著性。此外躺盛，重建調(diào)節(jié)子（TF 及其靶基因）的 SCENIC 分析確定了靶向 TOX 的 TF项戴，包括 NR5A2（核受體亞家族 5 A 組成員 2）、ETV1（ETS 變異轉(zhuǎn)錄因子 1）和 ARID5B（富含 AT相互作用域 5 B)槽惫，其在末端 T_ex 細(xì)胞中表現(xiàn)出高調(diào)節(jié)子特異性周叮，并在 > 50% 的癌癥類型中顯示出統(tǒng)計學(xué)顯著性。支持這樣的 TOX 調(diào)控界斜，使用基底細(xì)胞癌的高通量測序 (scATAC-seq) 數(shù)據(jù)對轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)的單細(xì)胞測定進(jìn)行再分析顯示仿耽，TOX 啟動子或不同基因內(nèi)增強(qiáng)子中的高可及性峰值終端 T_ex 細(xì)胞與這三個 TF 相匹配。盡管 T_em 和 T_rm 細(xì)胞的耗竭共享多個上調(diào)的 TF——例如 TOX各薇、RBPJ 和 ETV1——指出這些是 T 細(xì)胞耗竭的共同驅(qū)動力项贺，但不同的耗竭路徑在 TF 的使用上也可能不同。例如峭判，BHLHE40（基本helixloop-helix家族成員E40）和ZBTB32（鋅指和BTB結(jié)構(gòu)域包含32個）在P1后期出現(xiàn)开缎，而STAT1和IKZF3在P2后期較高。這些觀察結(jié)果揭示了耗竭的更精細(xì)調(diào)節(jié)過程林螃。

還確定了以前未知的與 T 細(xì)胞耗竭相關(guān)的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子奕删，包括 SOX4 和 FOXP3。特別是 SOX4疗认，具有高調(diào)節(jié)子特異性評分急侥，并在所有癌癥類型的三分之二中顯示出統(tǒng)計學(xué)顯著性。作為轉(zhuǎn)化生長因子-b (TGF-b) 的下游靶標(biāo)侮邀，據(jù)報道 SOX4 在產(chǎn)生 CXCL13 的 TH 細(xì)胞中發(fā)揮重要作用坏怪，并上調(diào) T_reg 細(xì)胞中耗竭標(biāo)志物 ENTPD1 (CD39) 的表達(dá)。因此绊茧，推斷 SOX4 在 T_ex 細(xì)胞中發(fā)揮了類似的功能铝宵，盡管這還需要進(jìn)一步驗(yàn)證。 FOXP3 同樣具有高調(diào)節(jié)子特異性評分，僅在 47% 的所有癌癥類型中顯示出統(tǒng)計學(xué)顯著性鹏秋。由于 FOXP3 對 T_reg 細(xì)胞功能很重要尊蚁，因此 CD8⁺FOXP3⁺ T 細(xì)胞（CD8⁺ T_reg 細(xì)胞）與衰竭之間的聯(lián)系值得進(jìn)一步研究。表達(dá) SOX4 或 FOXP3 的細(xì)胞頻率在癌癥類型之間顯著不同（P < 0.01侣夷，Kruskal-Wallis 檢驗(yàn)）横朋，反映了不同 TME 對 Tex 細(xì)胞表型的不同影響。

Properties of potentially tumor-reactive T cells in the CD4⁺ compartment

在 CD4⁺ compartment中百拓，主要的潛在腫瘤反應(yīng)性metacluster是 IFNG⁺ T_FH/T_H1 和 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞琴锭。全局?jǐn)U散圖和 RNA velocyto分析表明，CD4⁺ T 細(xì)胞可以從幼稚 T 細(xì)胞分別發(fā)育為 T_emra 細(xì)胞衙传、T_FH/T_H1 細(xì)胞或 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞决帖。為了獲得更精細(xì)的發(fā)展軌跡分辨率，分別對每個方向進(jìn)行了軌跡推斷蓖捶。兩個與 T_FH 細(xì)胞相關(guān)的metacluster顯示出從經(jīng)典的 IL21⁺ T_FH 細(xì)胞到 IFNG⁺ T_FH/T_H1 細(xì)胞的逐漸轉(zhuǎn)變過程地回。在這個轉(zhuǎn)變過程中，I 型反應(yīng)相關(guān)的細(xì)胞因子和細(xì)胞毒性效應(yīng)分子——包括 IFNG俊鱼、GZMB 和 PRF1——顯著增加（FDR < 0.01刻像，廣義加性模型）。此外并闲，TF RUNX3（runt 相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子 3）在出現(xiàn)高密度 T_FH/T_H1 細(xì)胞時表現(xiàn)出升高的表達(dá)绎速，這與之前的報告一致，即 RUNX3 調(diào)節(jié) CD4⁺ 細(xì)胞毒性 T 細(xì)胞中的細(xì)胞毒性表型焙蚓。 TF TP73（腫瘤蛋白 P73）出現(xiàn)在較早的假時間點(diǎn)，并被鑒定為在 T_FH/T_H1 細(xì)胞中具有高度特異性的調(diào)節(jié)子的調(diào)節(jié)子洒宝。這些觀察結(jié)果表明在獲取和維持 T_FH/T_H1 細(xì)胞表型方面的其他關(guān)鍵參與者购公。

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對于 T_reg 細(xì)胞，出現(xiàn)了從 TNFRSF9^- T_reg 細(xì)胞到 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞的軌跡雁歌，表明從靜止?fàn)顟B(tài) (TNFRSF9^- ) 逐漸過渡到激活狀態(tài) (TNFRSF9⁺ )宏浩。 ISG⁺ T_reg 細(xì)胞位于軌跡的中心，表明一部分 T_reg 細(xì)胞在激活過程中對 TME 中的 I 型干擾素有反應(yīng)靠瞎，這與最近的一份報告一致比庄，表明高 ISG 作為 CD4⁺ T 細(xì)胞期間的中間狀態(tài)特征激活。這種 T_reg 細(xì)胞發(fā)育軌跡在癌癥類型中很常見乏盐。在泛癌水平佳窑，沒有觀察到從非T_reg細(xì)胞常規(guī)T_H細(xì)胞明顯誘導(dǎo)T_reg細(xì)胞，但TNFRSF9⁺ T_reg細(xì)胞在一些癌癥類型中與非T_reg細(xì)胞表現(xiàn)出一定的狀態(tài)轉(zhuǎn)換電位父能。例如神凑，TNFRSF9⁺ T_reg細(xì)胞在B細(xì)胞淋巴瘤中主要與CCR6⁺ TH17和T_FH/T_H1細(xì)胞相連，而在子宮體部子宮內(nèi)膜癌和胰腺癌中則與T_FH細(xì)胞相連。因此溉委，各種傳統(tǒng)的 CD4⁺ T 細(xì)胞群與 Treg 細(xì)胞存在轉(zhuǎn)化關(guān)系鹃唯，但這種轉(zhuǎn)化模式因癌癥類型而異。

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鑒定了多個先前未發(fā)現(xiàn)的 TNFRSF9⁺ Treg 細(xì)胞特征基因瓣喊，包括那些編碼具有激酶活性的膜蛋白 [CAMK1（鈣/鈣調(diào)蛋白依賴性蛋白激酶 I）和 IGF2R（胰島素樣生長因子 2 受體）]坡慌、細(xì)胞因子受體 [IL15RA （白細(xì)胞介素 15 受體 a）]、已知藥物靶點(diǎn) [IFNAR2（干擾素 a 和 b 受體亞基 2）和 TOP1（DNA 拓?fù)洚悩?gòu)酶 I）]藻三，以及 TFs [TGIF2（TGFB 誘導(dǎo)因子 2 蛋白）和 HIVEP1（HIVEP 鋅指 1） )]洪橘。 HIVEP1 被推斷為 143 個靶基因的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子，其中大部分也是 TNFRSF9⁺ Treg 細(xì)胞的特征基因趴酣，包括 TNFRSF4梨树、TNFRSF9、ID3（DNA 結(jié)合 3 的抑制劑）岖寞、IL21R 和 VDR抡四。 HIVEP1 在 Treg 細(xì)胞軌跡的后期加速其表達(dá)，這與其他已知的 Treg 細(xì)胞 TF（如 FOXP3 和 BATF）在 Treg 細(xì)胞軌跡的早期階段“開啟”的模式不同仗谆。

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TME shaping the landscape of tumor-infiltrating T cells

檢查了與腫瘤中不同 T 細(xì)胞組成相關(guān)的外在因素指巡。 雖然沒有發(fā)現(xiàn)每個metacluster的頻率與年齡、性別或臨床分期之間存在緊密關(guān)聯(lián)隶垮，但發(fā)現(xiàn) IL21⁺ T_FH 細(xì)胞的頻率與體重指數(shù) (BMI) 之間存在很強(qiáng)的關(guān)聯(lián) [方差比例解釋了 ( PVE) > 20%]藻雪。 此外，某些metacluster明顯表現(xiàn)出組織特異性狸吞，支持宿主組織的作用勉耀，特別是富含肝臟的 Tc17 細(xì)胞.

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癌癥類型對 T 細(xì)胞群的頻率產(chǎn)生廣泛的影響，因?yàn)橛^察到不同癌癥類型的不同 T 細(xì)胞分布模式蹋偏。 例如便斥，末端 T_ex 細(xì)胞的中位頻率范圍從食管中高豐度（CD8⁺ T 細(xì)胞的 26.64%）在多發(fā)性骨髓瘤中幾乎檢測不到癌 (0.15%) [方差分析 (ANOVA) P = 0.00072, PVE 13.1%]。類似地威始，盡管 TNFRSF9⁺ T_reg細(xì)胞的中位頻率在所有癌癥類型中都很高（> 10%）枢纠，但癌癥類型之間的變異性仍然很高（ANOVA P = 0.003，PVE 13.2%）黎棠，包括食管癌和頭頸癌顯示出大約兩倍于乳腺癌和胃癌的頻率晋渺。此外，盡管 TCF7⁺ T_ex 細(xì)胞是一個罕見的群體脓斩，頭頸部鱗狀細(xì)胞癌顯示出最高的中值 (2.63%)木西，但黑色素瘤樣本的一個子集可以達(dá)到 12.5% 的頻率。此外随静，盡管 CD8⁺ T_emra 細(xì)胞在腫瘤中的代表性不足户魏，但肺癌和黑色素瘤的少數(shù)腫瘤樣本以及大部分腎腫瘤顯示此類細(xì)胞的頻率要高得多。因此，針對上述細(xì)胞亞型的治療策略應(yīng)考慮不同癌癥類型的變異性叼丑。

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腫瘤突變負(fù)荷 (TMB) 與 ICB 的療效有關(guān)关翎。 通過將腫瘤分為 TMB 高組和 TMB 低組，我們發(fā)現(xiàn)只有 CD4⁺ T_FH/T_H1 細(xì)胞的頻率與 TMB 顯示出強(qiáng)相關(guān)性（FDR < 0.001鸠信，PVE > 26.3%）纵寝。 可以使用bulk TCGA（癌癥基因組圖譜）數(shù)據(jù)在泛癌和多種個體癌癥類型中驗(yàn)證這種關(guān)聯(lián)。 還確定了 FAT1（脂肪酸轉(zhuǎn)葡萄糖酶 1）突變與 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞之間的正相關(guān)星立。 因此爽茴，腫瘤中的 T 細(xì)胞組成不僅受 TMB 反映的潛在新抗原數(shù)量的影響，還受癌細(xì)胞的特定體細(xì)胞突變的影響绰垂。

為了揭示不同癌癥類型的 T 細(xì)胞組成的整體模式室奏，檢查了腫瘤中metacluster之間的頻率相關(guān)性，并確定了幾個高度相關(guān)的metacluster模塊劲装。一個模塊由三個 ISG⁺ metacluster組成胧沫，而四個 CD8⁺ T_ex 細(xì)胞群、T_FH/T_H1 細(xì)胞和 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞形成另一個模塊占业。具有相似基因特征但來自不同compartments（CD8⁺ Tc绒怨、CD4⁺ TH 和CD4⁺ T_reg 細(xì)胞）的metacluster傾向于聚集在一起（例如，CD8⁺ Tc17 和CD4⁺ TH17 細(xì)胞）谦疾。潛在的腫瘤反應(yīng)性metaclusters與某些metaclusters呈負(fù)相關(guān)南蹂，這可以用幾種機(jī)制來解釋，包括metaclusters之間的動態(tài)狀態(tài)轉(zhuǎn)換念恍。例如六剥，CD8⁺ 末端 Tex metacluster與 CD8⁺ZNF683⁺ T_rm 和 CD8⁺GZMK⁺ T_em metacluster呈負(fù)相關(guān)，并表現(xiàn)出上述狀態(tài)轉(zhuǎn)換關(guān)系峰伙。正相關(guān)的metacluster通常在特征基因之間有顯著的重疊（P < 0.01疗疟，超幾何檢驗(yàn)），表明相同的調(diào)節(jié)因子在不同的 T 細(xì)胞群中誘導(dǎo)了相似的轉(zhuǎn)錄程序词爬。

使用這些重疊的特征基因和 NicheNet 算法來尋找共享配體，我們發(fā)現(xiàn) RORC 和其他 17 型反應(yīng)相關(guān)基因在 TH17 和 Tc17 中可能被 IL23A 和 IL15 等配體誘導(dǎo)权均。確定了潛在的腫瘤反應(yīng)性metacluster的共享配體顿膨。對于 ISG⁺ metacluster，通過 NicheNet 分析叽赊，I 型干擾素編碼基因有望被列為頂級配體恋沃。對于末端 T_ex、T_FH/T_H1 和 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞必指，共鑒定了 325 個共享特征基因囊咏，其中 18 個是 TF（例如，TOX、TOX2梅割、VDR霜第、ZBED2、ETV7户辞、ZNF282 和 HIVEP1）泌类。因此，三種不同的細(xì)胞群可能使用類似的轉(zhuǎn)錄機(jī)制來響應(yīng) TME 刺激底燎。此外刃榨，末端 T_ex 和 T_FH/T_H1 細(xì)胞均產(chǎn)生 CXCL13 和 1 型反應(yīng)細(xì)胞因子，并且 TGFB1 被推斷為誘導(dǎo)其共享特征基因的最佳潛在配體之一双仍。同時枢希，TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞高度表達(dá) TGF-b 誘導(dǎo)的 TF，包括 SOX4 和 TGIF2朱沃。此外苞轿，IFNB1 被推斷為誘導(dǎo) TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞和末端 T_ex 或 T_FH/T_H1 細(xì)胞之間共享特征基因的最有潛力的配體之一。這些觀察結(jié)果表明为流，TGF-b 和干擾素可能會影響潛在的腫瘤反應(yīng)性 T 細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄程序和豐度呕屎。

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Immune types of pan-cancer defined by the composition of T cells

接下來，使用這些相關(guān)metacluster的頻率敬察，發(fā)現(xiàn)腫瘤樣本可以分為八組（C1 到 C8）秀睛。 C1 和 C2 具有高頻率的終末 T_ex 細(xì)胞，C1 也具有最高頻率的 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞莲祸。 C3至C8的腫瘤具有低頻率的終末T_ex細(xì)胞和高頻率的CD8⁺ZNF683⁺CXCR6⁺ T_rm細(xì)胞蹂安，可進(jìn)一步分為以幼稚T細(xì)胞（C7）、富集幼稚T細(xì)胞（C8）锐帜、富集T_emra為主的組細(xì)胞 (C6)田盈、富集的 Tc17 或 TH17 細(xì)胞 (C4) 以及低頻 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞 (C5)。在線性模型分析的基礎(chǔ)上缴阎，發(fā)現(xiàn)我們的分組可以解釋比其他因素更多的腫瘤 T 細(xì)胞組成的變異性允瞧。盡管每種免疫類型都包括混合癌癥類型，但某些癌癥類型表現(xiàn)出明顯的偏好蛮拔。例如述暂，近一半的食管癌和鼻咽癌腫瘤屬于 C1。相比之下建炫，甲狀腺癌和子宮內(nèi)膜癌富含 C3畦韭，表明這兩種具有高 T 細(xì)胞抑制的癌癥類型中的很大一部分可能仍然受益于免疫治療，因?yàn)?ISG⁺ 激活 T 細(xì)胞的存在和低豐度的終末期特克斯細(xì)胞肛跌。超過一半的黑色素瘤屬于 C2艺配，其具有高 T_ex 細(xì)胞但較低的 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞頻率察郁，這與其對 ICB 的反應(yīng)趨勢一致∽Γ基底細(xì)胞癌和肝細(xì)胞癌都富含 C4皮钠，表明它們傾向于通過產(chǎn)生 IL17 的 T 細(xì)胞引起炎癥。這些基于 T 細(xì)胞的免疫類型為了解腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞的整體特性提供了參考酝掩，這可能有助于指導(dǎo)新療法的開發(fā)和患者分層鳞芙，而不是傳統(tǒng)的癌癥類型指標(biāo)。

這種免疫類型分類可能具有臨床意義期虾。使用免疫類型特征對 TCGA 癌癥患者進(jìn)行分層原朝，我們發(fā)現(xiàn) T_ex^loT_rm ^hi（C3 至 C8）腫瘤在跨癌癥類型或多種個體癌癥類型中具有比 T_ex^hiT_rm ^lo 腫瘤（C1 和 C2）更好的總體存活率，包括肺腺癌镶苞、肝細(xì)胞癌和腎乳頭狀細(xì)胞癌喳坠。由于 T 細(xì)胞是許多免疫療法的直接目標(biāo)，因此基于 T 細(xì)胞的免疫類型在邏輯上可能與治療效果相關(guān)茂蚓。對已發(fā)表的黑色素瘤 PD-1 抗體治療數(shù)據(jù)的重新分析表明壕鹉，響應(yīng)性腫瘤具有較低頻率的終末 Tex 細(xì)胞和較高頻率的初始 T 細(xì)胞。在另一個數(shù)據(jù)集中復(fù)制了 T_ex 細(xì)胞連接聋涨，表明響應(yīng)者組比無響應(yīng)者富含更多的T_ex^loT_rm ^hi腫瘤（Fisher 的精確檢驗(yàn)晾浴，P = 0.025）。應(yīng)答者的治療前腫瘤也具有較高的 Tc17 頻率牍白，暗示 Tc17 在 ICB 治療中的重要作用脊凰。需要進(jìn)一步調(diào)查來揭示這一發(fā)現(xiàn)與 Tc17 也可能在腫瘤中耗盡的概念有何關(guān)聯(lián)。

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Discussion

系統(tǒng)地表征了來自各種人類癌癥的 T 細(xì)胞茂腥，研究了從基因表達(dá)特征和異質(zhì)性到狀態(tài)轉(zhuǎn)換和調(diào)節(jié)的不同方面狸涌。 多個富含腫瘤的metacluster——包括 T_ex、T_FH/T_H1 和 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞——值得特別關(guān)注最岗，因?yàn)樗鼈兙哂袧撛诘哪[瘤反應(yīng)性帕胆。 我們的分析揭示了 T 細(xì)胞耗竭的多種途徑以及這些途徑的癌癥類型偏好。 這種landscope描繪加深了我們對癌癥免疫的理解般渡，并將促進(jìn)治療發(fā)展懒豹。

腫瘤中的 T 細(xì)胞狀態(tài)和浸潤受到多方面因素的影響，例如腫瘤內(nèi)在和代謝因素驯用。在數(shù)據(jù)中脸秽，TMB 與 T_FH/T_H1 細(xì)胞呈正相關(guān)，而 BMI 與 T_FH 細(xì)胞呈正相關(guān)晨汹。因?yàn)橹?TMB 和 BMI 都與 ICB 反應(yīng)有關(guān)豹储，我們的研究結(jié)果強(qiáng)調(diào)了 T_FH 相關(guān)細(xì)胞群在抗腫瘤反應(yīng)中的重要性贷盲。此外淘这，特定的突變可能會影響 TME 中的 T 細(xì)胞組成剥扣。 FAT1 突變與 TNFRSF9⁺ T_reg 細(xì)胞頻率呈正相關(guān)。這種關(guān)聯(lián)可能是由癌細(xì)胞中的 FAT1-Hippo-YAP1通路功能障礙介導(dǎo)的铝穷。腫瘤突變對浸潤免疫細(xì)胞的影響正在顯現(xiàn)钠怯，未來可能會積極探索這種聯(lián)系的機(jī)制苞七。此外婴削，我們的研究表明，不同癌癥類型的不同 TME 中 T 細(xì)胞組成存在顯著差異嗅绸，并提出了一種利用整體腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞特性的免疫分型方案宁脊。復(fù)雜的腫瘤浸潤性 T 細(xì)胞特性断国，我們將在開發(fā)可以個性化以實(shí)現(xiàn)最大臨床益處的未來免疫療法時獲得更好的信息。

生活很好榆苞，有你更好