計算每個位點的多態(tài)性迹蛤； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
IP屬地：北京
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vcftools 計算 pi、fst老充、tajima's D
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2019-03-06 Mac 復制快捷鍵失效問題Mac 復制快捷鍵失效問題 最近忽然發(fā)現(xiàn)點按 ?C 有時候無法進行進行復制了牛，狂按幾次菜單欄中的“編輯”部分才會變藍…… 開始以為是我的 Mac 按鍵失靈了，但仔細試了一下，發(fā)...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中粮坞，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化初狰，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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入門流程 | 三代測序基因組從[ 組裝 ]到[ 評估 ]- Pacbio莫杈、Flye、Quast寫在前面 最近奢入，帶一個師妹了解并做了簡單的基因組組裝工作筝闹，感覺其上手速度還可以。慢慢地有初窺生物信息學數(shù)據(jù)分析門徑的樣式腥光，于是....還是鼓勵她整理整理流程关顷，分享分享（其實....
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Bioperl安裝
安裝 conda install -c bioconda perl-bioperl安裝完成如果不能正常調(diào)用bioperl出現(xiàn)Can‘t locate Bio/Perl.pm[...
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Biopython之gbff轉(zhuǎn)gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因組數(shù)據(jù)庫常見的基因組genebank格式文件，在實際分析中武福，常常需要gff格式或者gtf格式议双，所以就存在gbff轉(zhuǎn)換gff格式的需求image.png ...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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conda安裝bioperl模塊之后還是不能調(diào)用其中的模塊
我第一次遇到這種情況的時候，在網(wǎng)上查了很多的教程捉片，試過各種方法平痰，以及重新安裝相應(yīng)的模塊還是不能解決，在各種折磨之后終于找到了原因界睁。 查看conda安裝bioperl后的存儲的...
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使用pyGenomeTracks繪制表觀展示圖pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前觉增， 先說幾個常用的表觀組學數(shù)據(jù)展示工具，IGV翻斟，UCSC和WashU逾礁。其中大家用的最多的應(yīng)該就是...
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bam轉(zhuǎn)fq文件 避坑網(wǎng)上主要有兩種方法： bedtools 里的bamToFastqbamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq samtools bam2fqbam2fq XX...
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iTAK：在線預(yù)測全基因組轉(zhuǎn)錄因子TF嘹履，轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子TR與蛋白激酶PK前言 康奈爾大學腻扇，F(xiàn)eiLab的一個預(yù)測工具。 iTAK 是依賴于數(shù)據(jù)庫的用于從蛋白質(zhì)或核苷酸序列中識別植物轉(zhuǎn)錄因子 (TF)砾嫉、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)幼苛，...
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計算分子進化-搞懂PAML的正選擇分析許多基因組的文章里都會提到使用PAML進行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進行分析。無論是文章焕刮，還是教程舶沿，大多只...
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quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit（補充）
quarTeT軟件報錯情況及處理 依賴tidk，但是安裝的tidk不能是最新最高版本的配并。如果是括荡，需要對其進行降級處理。降級的方式也很簡單
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quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能軟件溉旋。)
功能 參考引導的基因組組裝 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于長讀長的填縫 2.GapFiller: ...
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安裝和運行DeepTE時報錯的解決辦法
DeepTE是一款非常實用的轉(zhuǎn)座子分類工具畸冲，一般在跑完EDTA重復序列注釋后可以運行一下DeepTE對unknown的轉(zhuǎn)座子進行進一步分類。然而观腊，我在安裝這個軟件時遇到了報錯...
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生信阿拉丁梧油，為實用而生
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不做無條件咨詢儡陨，見諒
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位點頻譜(SFS)計算1. 什么是位點頻譜(site frequency spectrum)? 位點頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學的術(shù)語迄委，用...
