@小熊_wh 你好請(qǐng)問(wèn)是需要什么樣的文件導(dǎo)入呢，類似于一列是TF一列是基因的表格
pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]环础、py...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：澳門
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@小熊_wh 成功的，沒(méi)有報(bào)錯(cuò)
pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）
參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]宏侍、py...
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您好，請(qǐng)教一下蜀漆，遇到了這樣的報(bào)錯(cuò)Error in calcRSS(AUC = getAUC(sub_regulonAUC), cellAnnotation = cellTypes[colnames(sub_regulonAUC), :
could not find function "calcRSS"pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（三）
參考生信技能樹：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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@Bio_Infor 謝謝咱旱！
單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?
前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)确丢，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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您的分享對(duì)我很有幫助吐限，想請(qǐng)問(wèn)這篇文章的復(fù)現(xiàn)有全部流程嗎鲜侥，方便分享嗎
單細(xì)胞分析踩坑實(shí)錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?
前段時(shí)間在生信技能樹單細(xì)胞學(xué)習(xí)小分隊(duì)分享單細(xì)胞文章復(fù)現(xiàn)，一不小心就踩了一個(gè)坑……記錄在這兒和大家一起分享诸典。 背景 主要是想復(fù)現(xiàn)2020年發(fā)表在 PNAS 上的一篇題為 Sin...
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R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記簡(jiǎn)介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法肌蜻。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測(cè)序(scRNA-se...
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單細(xì)胞 | 單細(xì)胞數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個(gè)組織的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)豆挽，雖然FCA組織提供了多個(gè)在線平臺(tái)（例如SCope）進(jìn)行非常方便的可視化和多種分析...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 聯(lián)合使用尋找hub基因今天是不用學(xué)代碼利用生信軟件聯(lián)合“點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)”就可以取得hub基因的“白癡”實(shí)操育谬，趕快點(diǎn)起來(lái)～ Hub基因（關(guān)鍵基因）是在生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮重要作用的基因，它往往在通路中為主導(dǎo)地位...
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@myshu 好的謝謝
seurat對(duì)象中g(shù)ene symbol的替換（自定義R包）
我們?cè)谔幚韘eurat對(duì)象的時(shí)候經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)R對(duì)象會(huì)自動(dòng)把我們的gene symbol給替換掉，比如所有的下劃線被替換成了短橫線。會(huì)出現(xiàn)如下warning 這樣的結(jié)果就是畫出來(lái)...
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您好宿刮，為什么我找不到這個(gè)R包呢
seurat對(duì)象中g(shù)ene symbol的替換（自定義R包）
我們?cè)谔幚韘eurat對(duì)象的時(shí)候經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)R對(duì)象會(huì)自動(dòng)把我們的gene symbol給替換掉互站，比如所有的下劃線被替換成了短橫線。會(huì)出現(xiàn)如下warning 這樣的結(jié)果就是畫出來(lái)...
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計(jì)算兩個(gè)單細(xì)胞dataset的相關(guān)性日常掰瞎 ??對(duì)于bulk-RNA來(lái)說(shuō)自脯，計(jì)算兩個(gè)樣本的相關(guān)性可以選取共有基因的表達(dá)值直接來(lái)計(jì)算相關(guān)系數(shù)之景，從而得到兩個(gè)樣本的關(guān)系性。那么單細(xì)胞如何計(jì)算呢膏潮？首先锻狗，我們需要明白一點(diǎn)...
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答讀者問(wèn)(1)：非模式物種找marker；如何根據(jù)marker定義細(xì)胞類型下午花了兩個(gè)小時(shí)回答讀者的疑問(wèn)焕参，覺(jué)得可以記錄下來(lái)轻纪，也許能幫到一部分人。 第一位讀者做的是非模式物種的單細(xì)胞叠纷。 一開始以為是想問(wèn)我非模式物種的marker基因在哪兒找刻帚，讀者朋友...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋
前面已經(jīng)講解了：?jiǎn)渭?xì)胞分析實(shí)錄(1): 認(rèn)識(shí)Cell Hashing[http://www.reibang.com/p/02b70bda5d0a]單細(xì)胞分析實(shí)錄(2): 使...
