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分離體分組混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也稱為集群分離分析法或混合分組分析法溉浙，是從近等基因系分析法演變而來(lái)的。常規(guī)的育種通常從近等基...

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1. 軟件安裝 軟件是python寫的几于，不需要安裝但是需要安裝需要的庫(kù)吃引。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 輸入文件要求 =====matrix格式的...

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SubPhaser原文鏈接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173[https://nph.onl...

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寫在前面 那天夏老師突然給我了一個(gè)電話，大體是提了這么一個(gè)想法际歼，亦即惶翻，「BLAST Zone」挺好的，但如果可以加上「One Step ML Tree」似乎就更好了鹅心。當(dāng)然吕粗，這...

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寫在前面 今天周末旭愧，人在貴陽(yáng)颅筋。BLAST Zone 這個(gè)功能，我太喜歡了输枯。寫出來(lái)之后议泵，基本我天天用。主要原因還是簡(jiǎn)單桃熄，他確實(shí)比以前各個(gè) BLAST GUI Wrapper 功...

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RIP和RNA pulldown都是研究RNA和蛋白相互作用的經(jīng)典方法螟深，只是出發(fā)點(diǎn)不一樣而已谐宙。 RIP，RNA 結(jié)合蛋白便宜共沉淀界弧，是從蛋白出發(fā)研究蛋白R(shí)NA相互作用的技術(shù)凡蜻。...

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測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展積累了大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，從中也發(fā)現(xiàn)了很多新的轉(zhuǎn)錄本垢箕。區(qū)分這些轉(zhuǎn)錄本是蛋白編碼序列還是非編碼序列是基因組注釋和新基因鑒定中的重要研究?jī)?nèi)容划栓。但對(duì)于大量存在的無(wú)訓(xùn)練...

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在lncRNA機(jī)制研究里，有一小眾人群在做SNP調(diào)控lncRNA表達(dá)条获，或功能改變的機(jī)制研究忠荞，不少CNS文章。SNP是突變位點(diǎn)，已報(bào)道許多重要的SNP與疾病密切關(guān)聯(lián)钻洒。那么這些S...

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前言 MEGENA是一種基于圖嵌入的方式構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的工具，相比較于WGCNA的權(quán)重分析锄开，MEGENA直接用圖對(duì)嵌入來(lái)完成素标，因此更加接近于真實(shí)情況 MEGENA理論 O...

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導(dǎo)讀 利用富集分析，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子萍悴。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)头遭。而不是說(shuō)BAX、BID癣诱、ABL1计维、...

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Ka撕予，Ks（或Dn鲫惶，Ds），這兩個(gè)值以及他們的比值分別被賦予了一定的生物學(xué)意義实抡。其中最為常用的是兩者的比值欠母，存在這么一種常見(jiàn)認(rèn)知： ka/ks>>1 正選擇 ka/ks~1 ...

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寫在寫在前面的前面 或許吆寨，沒(méi)有人知道TBtools到底是什么赏淌？能干啥。但是看完這個(gè)推文啄清，或許你就知道了其中的一部分六水。 寫在前面 TBtools對(duì)外開放兩年多，不時(shí)會(huì)有熟悉的不...

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森言森語(yǔ) TBtools是一款優(yōu)秀的生物信息學(xué)軟件掷贾，也是我最早接觸的生物信息學(xué)軟件。從接觸到現(xiàn)在差不多一年添寺，邊使用胯盯，邊積累，算是學(xué)習(xí)路上的一款啟蒙軟件计露。有幸在我寫公眾號(hào)記錄分...

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此視頻來(lái)自B站博脑，是非常好和全的的一個(gè)GWAS操作的視頻，從開始準(zhǔn)備軟件下載票罐，數(shù)據(jù)過(guò)濾叉趣，到最后的候選基因注釋。GWAS的實(shí)戰(zhàn)視頻https://www.bilibili.com...

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本文是對(duì)WGCNA英文說(shuō)明文檔的翻譯该押，英文的請(qǐng)查看這里[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/...