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分離體分組混合分析法（Bulked Sergeant Analysis, BSA）也稱為集群分離分析法或混合分組分析法凛膏，是從近等基因系分析法演變而來的聘芜。常規(guī)的育種通常從近等基...

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1. 軟件安裝 軟件是python寫的天揖，不需要安裝但是需要安裝需要的庫。 Numpy, Scipy, Matplotlib. 2. 輸入文件要求 =====matrix格式的...

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SubPhaser原文鏈接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173[https://nph.onl...

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寫在前面 那天夏老師突然給我了一個(gè)電話，大體是提了這么一個(gè)想法，亦即雄坪，「BLAST Zone」挺好的，但如果可以加上「One Step ML Tree」似乎就更好了屯蹦。當(dāng)然维哈，這...

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寫在前面 今天周末登澜，人在貴陽阔挠。BLAST Zone 這個(gè)功能，我太喜歡了帖渠。寫出來之后谒亦，基本我天天用。主要原因還是簡單，他確實(shí)比以前各個(gè) BLAST GUI Wrapper 功...

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RIP和RNA pulldown都是研究RNA和蛋白相互作用的經(jīng)典方法，只是出發(fā)點(diǎn)不一樣而已谐腰。 RIP孕豹，RNA 結(jié)合蛋白便宜共沉淀，是從蛋白出發(fā)研究蛋白R(shí)NA相互作用的技術(shù)十气。...

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測序技術(shù)的飛速發(fā)展積累了大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)励背，從中也發(fā)現(xiàn)了很多新的轉(zhuǎn)錄本。區(qū)分這些轉(zhuǎn)錄本是蛋白編碼序列還是非編碼序列是基因組注釋和新基因鑒定中的重要研究內(nèi)容砸西。但對于大量存在的無訓(xùn)練...

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在lncRNA機(jī)制研究里叶眉，有一小眾人群在做SNP調(diào)控lncRNA表達(dá)，或功能改變的機(jī)制研究芹枷，不少CNS文章衅疙。SNP是突變位點(diǎn)，已報(bào)道許多重要的SNP與疾病密切關(guān)聯(lián)鸳慈。那么這些S...

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前言 MEGENA是一種基于圖嵌入的方式構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的工具饱溢，相比較于WGCNA的權(quán)重分析，MEGENA直接用圖對嵌入來完成走芋，因此更加接近于真實(shí)情況 MEGENA理論 O...

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導(dǎo)讀 利用富集分析绩郎，我們可以把很多看著雜亂的差異基因總結(jié)出一個(gè)比較整體反應(yīng)事件發(fā)生的概述性的句子。 例如：TP53信號(hào)通路和胃癌的發(fā)生有關(guān)绿聘。而不是說BAX嗽上、BID、ABL1熄攘、...

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Ka彼念，Ks（或Dn挪圾，Ds），這兩個(gè)值以及他們的比值分別被賦予了一定的生物學(xué)意義逐沙。其中最為常用的是兩者的比值哲思，存在這么一種常見認(rèn)知： ka/ks>>1 正選擇 ka/ks~1 ...

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寫在寫在前面的前面 或許吩案，沒有人知道TBtools到底是什么棚赔？能干啥。但是看完這個(gè)推文，或許你就知道了其中的一部分靠益。 寫在前面 TBtools對外開放兩年多丧肴，不時(shí)會(huì)有熟悉的不...

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森言森語 TBtools是一款優(yōu)秀的生物信息學(xué)軟件胧后，也是我最早接觸的生物信息學(xué)軟件芋浮。從接觸到現(xiàn)在差不多一年，邊使用壳快，邊積累纸巷，算是學(xué)習(xí)路上的一款啟蒙軟件。有幸在我寫公眾號(hào)記錄分...

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此視頻來自B站眶痰，是非常好和全的的一個(gè)GWAS操作的視頻瘤旨，從開始準(zhǔn)備軟件下載，數(shù)據(jù)過濾竖伯，到最后的候選基因注釋裆站。GWAS的實(shí)戰(zhàn)視頻https://www.bilibili.com...

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本文是對WGCNA英文說明文檔的翻譯，英文的請查看這里[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/...