Cutadapt安裝 基本命令 例子： 常用參數(shù) 參數(shù)詳解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：寧夏
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cutadapt 使用詳解 -
山一大在讀博区岗，立足當(dāng)下、熱愛(ài)生活毁枯、終身學(xué)習(xí)慈缔。
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生信 | 三維基因組技術(shù)（二）：Hi-C輔助組裝與Lachesis的使用寫(xiě)在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Hi-C 輔助組裝（PGA...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫(xiě)在前面 初始組裝經(jīng)過(guò)基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后种玛，就可以將其掛載到染色體上藐鹤，使其由contig/scaffold級(jí)別的基因組提升到chromoso...
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公眾號(hào) R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南悄窃，歡迎大家關(guān)注
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3D-DNA&Juicer升級(jí)單倍型基因組至染色體水平
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備：?jiǎn)伪缎突蚪M（hap1.p_ctg.fa和hap2.p_ctg.fa)和HIC數(shù)據(jù) 軟件安裝：3D-DNA纠炮、Juicer、BWA灯蝴、Juicebox（win或mac安...
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MCScanX共線(xiàn)性分析共線(xiàn)性 共線(xiàn)性片段是指一個(gè)同一個(gè)物種內(nèi)部或者兩個(gè)物種之間恢口，由基因組復(fù)制、染色體復(fù)制穷躁、大片段復(fù)制以及物種分化而產(chǎn)生的大片段同源現(xiàn)象耕肩。同源片段內(nèi)部基因排序保守，意味著功能上也可能...
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「生信」共線(xiàn)性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數(shù)據(jù)準(zhǔn)備MCScanX運(yùn)行及結(jié)果Ka & Ks 計(jì)算下游畫(huà)圖腳本最后 MCScanX有兩個(gè)主要的功能, 一是, 方便使用者發(fā)現(xiàn)共線(xiàn)性(collin...
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具狡忙，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades梳虽、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie灾茁、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega窜觉、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools北专、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS竖螃、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL逗余、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o季惩、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC录粱、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV画拾、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit啥繁、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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生信log14|生信自學(xué)不求人-靠譜學(xué)習(xí)資料總結(jié)和評(píng)價(jià)生信學(xué)習(xí)資料 自學(xué)生信不求人，現(xiàn)在網(wǎng)上資料越來(lái)越豐富适室，但是資料多也意味著魚(yú)龍混雜嫡意，并且讓人無(wú)從選擇。正確做法應(yīng)該是捣辆，找一個(gè)適合自己且完善靠譜的學(xué)習(xí)資料蔬螟，從頭到尾跟一遍，代碼敲...
