run-featurecounts.R這些腳本的具體內(nèi)容在哪里啊
RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程蛾找，適用于初學(xué)者入門閱讀阀捅，從原始測序數(shù)據(jù)開始框产，經(jīng)過質(zhì)控替劈、序列比對、定量表達舵匾、差異表達飒炎、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達信息吕粹。...
這個軟件可以批量預(yù)測嗎？
SOPMA--蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測▲蛋白質(zhì)性質(zhì)和結(jié)構(gòu)分析：序列相似的蛋白質(zhì)具有相似的三維結(jié)構(gòu)不同蛋白質(zhì)中相同的結(jié)構(gòu)域（domain）具有相似的功能▲分析蛋白質(zhì)的功能：一級結(jié)構(gòu)：氨基酸的排列順序稳其；二級結(jié)構(gòu)（se...
@就是大餅 那第三類的話應(yīng)該選擇哪個模型呢驶赏？不指定前景枝的話它可以自己test那最后軟件會告訴我它選擇了誰作為前景枝了嗎
hyphy計算選擇壓力(+pal2nal的使用)官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
我想看我的基因樹中哪些物種存在正選擇且正選擇位點是什么煤傍，應(yīng)該選擇FUBAR模型吧，這樣應(yīng)該是不指定foreground嘱蛋，那得到的文件在官網(wǎng)可視化的時候他也沒顯示哪個是他自動選擇的foreground啊
Hyphy蚯姆，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件，使用指北近幾年來洒敏，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多龄恋，雖然不及paml，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注凶伙。首先相比paml郭毕，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單。 運...
近幾年來扳肛，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml乘碑，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注挖息。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單蝉仇。 運...
我想看我的基因樹中哪些物種存在正選擇且正選擇位點是什么轿衔，應(yīng)該選擇FUBAR模型吧沉迹，這樣應(yīng)該是不指定foreground，那得到的文件在官網(wǎng)可視化的時候他也沒顯示哪個是他自動選擇的foreground啊
hyphy計算選擇壓力(+pal2nal的使用)官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
這個軟件可以不指定前景枝計算的是吧害驹，那它計算的時候會給出我們一個適合做前景枝的一個clade嗎鞭呕？
Hyphy，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件宛官，使用指北近幾年來葫松，Hyphy的使用人數(shù)越來越來多，雖然不及paml底洗，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注腋么。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點： 操作使用簡單亥揖。 運...
博主您好费变，在跑Iqtree時摧扇，總是報錯，說要加什么安全選項挚歧，是序列過多的原因嗎扛稽？
IQTREE 使用記錄什么是iqtree？ iqtree是一款構(gòu)建進化樹的軟件滑负，類似于phyml在张，raxml。文章地址：W-IQ-TREE: a fast online phylogenetic ...
這個工具在哪能找到呢
蛋白質(zhì)的跨膜螺旋結(jié)構(gòu)域預(yù)測（transmembrane helices ,TMH）膜蛋白分析：生物膜所含的蛋白叫膜蛋白，是生物膜功能的主要承擔(dān)者肠缔。生物體大約30%蛋白質(zhì)都是膜蛋白夏跷，而膜蛋白是藥物的主要靶標(biāo)哼转。許多膜蛋白是兼性分子，它們的多肽鏈可以橫穿膜一次或...
用HMM搜索和blastp分別搜索時槽华，兩個的E值應(yīng)該設(shè)置成一樣的吧壹蔓。
基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
通過這個操作怎么看出來那種基因復(fù)制方式呢猫态？
物種內(nèi)共線性圈圖繪制佣蓉，有那么難嗎？寫在前面 我受夠了亲雪！整天有人問勇凭，TBtools怎么畫這個圖 但是我其實只想回一句： 你畫這個圖干什么？有什么意義义辕？你想說談什么生物學(xué)故事虾标？ 承認吧，你什么都不知道灌砖，什么都沒搞...
這個共線性分析下來能看出來基因復(fù)制的類型嗎
用TBtools做物種內(nèi)共線性分析（僅步驟）主要是參考https://www.tinymind.net.cn/articles/64d36abc7fd091 首先我們拿到的是以下的材料 1. Blast比對 根據(jù)以下選...
寫在前面 對于沒有做過共線性分析的小伙伴撩幽，可以通過以下幾段內(nèi)容库继，了解一下，我為什么要費勁巴拉畫出這樣一張圖摸航。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
