1. 軟件簡介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語言的matplotlib庫和PySide2庫進行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件嘉冒，主要用于生物信...
發(fā)簡信
IP屬地：青海
-
CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進化樹+啟動子圖的單獨或組合圖 -
PlantCARE預測植物啟動子-順式作用元件啟動子 啟動子是RNA 聚合酶識別辣恋、結(jié)合和開始轉(zhuǎn)錄的一段DNA 序列瞭空，它含有RNA 聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列杆兵，多數(shù)位于結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄起始點的上游,啟動子本身不被...
-
9.4 GWAS：顯著性閾值確定——GEC常用的顯著性閾值確定方法是：Bonferroni correction = 顯著性水平（0.01/0.05）/檢驗次數(shù)（number of detected markers）...
-
-
R語言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
-
phASER 計算等位基因表達
等位基因的特定表達（allelespecificexpression琐脏，ASE）數(shù)據(jù)是后續(xù)分多分析的基礎攒砖。利用它可以識別印記基因、研究蛋白截斷變異以及用于量化順式（cis）調(diào)...
-
-
Read count、CPM昂拂、 RPKM受神、FPKM和TPM的區(qū)別1. 為什么我們要進行Normalization 測序深度：某些低表達量的基因只有在較高的測序深度時才能檢測到。一般而言格侯，隨著測序深度的增加鼻听，基因種類以及可變剪接體的數(shù)目也會...
-
RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標準化方法目錄 1. 標準化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
-
生物信息說人話系列-GWAS分析
-
GWAS分析-說人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析前言 來到這里撑碴，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計這輩子我也沒有想到，我把我最厭惡的東西寫出來朝墩， 居然是最多人看的...... 分析方法很多醉拓，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請...
-
Motif和domain的區(qū)別Protein domain： 結(jié)構(gòu)域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出收苏，他定義結(jié)構(gòu)域為可以自動折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位亿卤。過去，結(jié)構(gòu)域被描述為鹿霸，折疊單位怠噪，致密結(jié)...
-
RNA-seq數(shù)據(jù)的基因共表達網(wǎng)絡分析劉小澤寫于18.10.24最近開始寫第一篇英文小論文，練練手杜跷，為將來寫英文大論文做準備 目錄 1 背景 Background Types of biological netw...
-
如何區(qū)分基因的顯性效應(Dominance effect)和上位性效應(Epistatic effect)基因的上位性效應和顯性效應聽名字就覺得挺繞的傍念，聽起來就是一個基因?qū)α硪粋€基因的壓制效果，網(wǎng)上的介紹看起來云里霧里葛闷，還搬來染色體憋槐，標記的性狀，感覺更加復雜了淑趾。 基因的顯性效應 ...
-
Matrix eQTL分析目前針對QTL分析有很多軟件阳仔，比如Plink、 Merlin、R/qtl近范、FastMap等等,今天給大家分享一下如何使用Matrix eQTL進行分析嘶摊。首先我們先了解一下什么...
-
GWAS質(zhì)控要點GWAS質(zhì)控對于后續(xù)關(guān)聯(lián)分析及曼哈頓圖和QQ圖的結(jié)果至關(guān)重要，本文參考多種資料评矩，試圖評價質(zhì)控對結(jié)果的影響叶堆，為大家分析GWAS結(jié)果做一個參考。 首先文獻中認為從成千上萬的病例和...
-
SnapGene軟件教程之分子克隆功能&技術(shù)原理最近在做克隆載體斥杜，入手了一款非常好用的軟件SnapGene虱颗。網(wǎng)上教程挺多的，其中最推崇四方居士的視頻教程蔗喂，在優(yōu)酷上可以直接觀看忘渔。 這款軟件用來繪制圖譜，編輯序列缰儿，設計引物畦粮，重...
-
-
R語言可視化（十六）：PCA圖繪制16. PCA圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進行PCA分析 使用基礎plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
-
R語言常用配色大全R內(nèi)置基本配色 R自帶的grDevices包含有以下調(diào)色板： R中色彩相關(guān)的函數(shù) 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函數(shù)可以擴展顏色...
