1. 軟件簡(jiǎn)介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語(yǔ)言的matplotlib庫(kù)和PySide2庫(kù)進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件蹲蒲，主要用于生物信...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹+啟動(dòng)子圖的單獨(dú)或組合圖 -
PlantCARE預(yù)測(cè)植物啟動(dòng)子-順式作用元件啟動(dòng)子 啟動(dòng)子是RNA 聚合酶識(shí)別、結(jié)合和開始轉(zhuǎn)錄的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列蓝谨，多數(shù)位于結(jié)構(gòu)基因轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)的上游,啟動(dòng)子本身不被...
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9.4 GWAS：顯著性閾值確定——GEC常用的顯著性閾值確定方法是：Bonferroni correction = 顯著性水平（0.01/0.05）/檢驗(yàn)次數(shù)（number of detected markers）...
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R語(yǔ)言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過(guò)的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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phASER 計(jì)算等位基因表達(dá)
等位基因的特定表達(dá)（allelespecificexpression慎王，ASE）數(shù)據(jù)是后續(xù)分多分析的基礎(chǔ)。利用它可以識(shí)別印記基因宙橱、研究蛋白截?cái)嘧儺愐约坝糜诹炕樖剑╟is）調(diào)...
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Read count师郑、CPM环葵、 RPKM、FPKM和TPM的區(qū)別1. 為什么我們要進(jìn)行Normalization 測(cè)序深度：某些低表達(dá)量的基因只有在較高的測(cè)序深度時(shí)才能檢測(cè)到宝冕。一般而言张遭，隨著測(cè)序深度的增加，基因種類以及可變剪接體的數(shù)目也會(huì)...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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生物信息說(shuō)人話系列-GWAS分析
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GWAS分析-說(shuō)人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析前言 來(lái)到這里缔恳，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒有想到，我把我最厭惡的東西寫出來(lái)洁闰， 居然是最多人看的...... 分析方法很多歉甚，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請(qǐng)...
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Motif和domain的區(qū)別Protein domain： 結(jié)構(gòu)域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出扑眉，他定義結(jié)構(gòu)域?yàn)榭梢宰詣?dòng)折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位纸泄。過(guò)去，結(jié)構(gòu)域被描述為腰素，折疊單位聘裁，致密結(jié)...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析劉小澤寫于18.10.24最近開始寫第一篇英文小論文，練練手弓千，為將來(lái)寫英文大論文做準(zhǔn)備 目錄 1 背景 Background Types of biological netw...
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如何區(qū)分基因的顯性效應(yīng)(Dominance effect)和上位性效應(yīng)(Epistatic effect)基因的上位性效應(yīng)和顯性效應(yīng)聽名字就覺得挺繞的审胸，聽起來(lái)就是一個(gè)基因?qū)α硪粋€(gè)基因的壓制效果宫静，網(wǎng)上的介紹看起來(lái)云里霧里涨椒，還搬來(lái)染色體斑司，標(biāo)記的性狀，感覺更加復(fù)雜了捌显。 基因的顯性效應(yīng) ...
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Matrix eQTL分析目前針對(duì)QTL分析有很多軟件茁彭，比如Plink、 Merlin扶歪、R/qtl、FastMap等等,今天給大家分享一下如何使用Matrix eQTL進(jìn)行分析摄闸。首先我們先了解一下什么...
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GWAS質(zhì)控要點(diǎn)GWAS質(zhì)控對(duì)于后續(xù)關(guān)聯(lián)分析及曼哈頓圖和QQ圖的結(jié)果至關(guān)重要善镰，本文參考多種資料，試圖評(píng)價(jià)質(zhì)控對(duì)結(jié)果的影響年枕，為大家分析GWAS結(jié)果做一個(gè)參考炫欺。 首先文獻(xiàn)中認(rèn)為從成千上萬(wàn)的病例和...
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SnapGene軟件教程之分子克隆功能&技術(shù)原理最近在做克隆載體，入手了一款非常好用的軟件SnapGene熏兄。網(wǎng)上教程挺多的品洛，其中最推崇四方居士的視頻教程，在優(yōu)酷上可以直接觀看摩桶。 這款軟件用來(lái)繪制圖譜桥状，編輯序列，設(shè)計(jì)引物硝清，重...
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R語(yǔ)言可視化（十六）：PCA圖繪制16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...
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R語(yǔ)言常用配色大全R內(nèi)置基本配色 R自帶的grDevices包含有以下調(diào)色板： R中色彩相關(guān)的函數(shù) 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函數(shù)可以擴(kuò)展顏色...
