其實(shí)這一部分在前面就已經(jīng)涉及到一些，不過官網(wǎng)既然把這部分拿出來(lái)單獨(dú)作為一大塊講解，可能也是因?yàn)檫@一部分可供選擇的可視化方法有很多抖格。對(duì)于圖片的優(yōu)化上也有比較詳細(xì)的介紹准脂。 官網(wǎng)這...
IP屬地：云南
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利用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序分析（三）Marker基因的可視化 -
7.合并數(shù)據(jù)集：合并與聯(lián)合
Pandas很出眾的一個(gè)特性就是高性能的占锯，內(nèi)存內(nèi)的聯(lián)合和合并操作移稳。如果你曾經(jīng)使用過數(shù)據(jù)庫(kù)走诞，你將會(huì)對(duì)這種類型的數(shù)據(jù)交互很熟悉摔笤。主要接口是pd.merge函數(shù)够滑，將會(huì)看到幾個(gè)實(shí)際工...
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重磅綜述：三萬(wàn)字長(zhǎng)文讀懂單細(xì)胞RNA測(cè)序分析的最佳實(shí)踐教程 （原理彰触、代碼和評(píng)述）
原文鏈接： https://www.embopress.org/doi/10.15252/msb.20188746 主編評(píng)語(yǔ) 這篇文章最好的地方不只在于推薦了工具，提供了一套...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：使用ingest和BBKNN整合多樣本單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：PAGA軌跡推斷 隨著單細(xì)胞技術(shù)的成熟，測(cè)序成本的降低吮龄，單細(xì)胞的數(shù)據(jù)量和...
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Seurat常規(guī)聚類和SCTransform腳本匯總2022-05-26
前沿 單細(xì)胞常規(guī)分析用得最多的軟件非R語(yǔ)言的Seurat包莫屬漓帚，當(dāng)然還有Python語(yǔ)言的Scanpy母债，但是對(duì)于入門者來(lái)說(shuō)，R語(yǔ)言更容易上手尝抖，而且很多單細(xì)胞分析的擴(kuò)展包也是基...
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python數(shù)據(jù)框數(shù)據(jù)缺失值的指定昧辽、查找衙熔、補(bǔ)齊、刪除等操作
缺失值處理： 01 指定要查找的NA值搅荞，ahebdf=read_csv('D:\DATA\pycase\4.4缺失值處理\data2.csv',engine='python'...
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從Scanpy的Anndata對(duì)象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.reibang.com/p/48a6886...
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python--pandas讀取excel
對(duì)excel文件的讀取是數(shù)據(jù)分析中常見的喇嘱，在python中，pandas庫(kù)的read_excel方法能夠讀取excel文件塞栅，包括xls和xlsx格式者铜。本文介紹使用pandas...
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我的生信自學(xué)心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學(xué)生物信息放椰，那個(gè)時(shí)候作烟，為了加深自己學(xué)習(xí)，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學(xué)習(xí)筆記庄敛。 我有一個(gè)自己的博客俗壹，xu...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-1-課程框架介紹劉小澤寫于19.6.10-課程框架介紹 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/...
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單細(xì)胞交響樂1-理解scRNA常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment劉小澤寫于19.10.26-27，更新于2020-06-23藻烤，最近會(huì)繼續(xù)整理這本資料為何取名叫“交響樂”绷雏？因?yàn)閱渭?xì)胞分析就像一個(gè)大樂團(tuán)，需要各個(gè)流程的協(xié)同配合分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)怖亭，...
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單細(xì)胞基礎(chǔ)分析之多樣本整合篇作者，追風(fēng)少年i 時(shí)下的單細(xì)胞分析倾芝，都以大樣本量著稱讨勤，擺在面前的第一道難題，便是多樣本的整合分析晨另，隨之帶來(lái)的就是通常講到的批次問題潭千。而分析的目的，是要尋找真正的生物學(xué)差異借尿，避...
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老師您好刨晴，想請(qǐng)教您下，我想整合公共數(shù)據(jù)庫(kù)的一些PBMC數(shù)據(jù)路翻，在選擇高變基因的時(shí)候狈癞，我是先把這些樣本merge起來(lái)選高變基因，還是每個(gè)樣本單獨(dú)算高變基因求交集茂契？
云養(yǎng)江停 評(píng)論自單細(xì)胞基礎(chǔ)分析之多樣本整合篇
