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有用的UCSC tools推薦
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生信地基系列--bedpe格式
BEDPE 格式類似于 BED 格式冠桃，可用于描述成對的基因組區(qū)域。由于bed文件原則上不能表示跨染色體的信息，因此，對于結(jié)構(gòu)變異鬓梅，一般采用的一種基于bed文件的變種文件bed...
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【轉(zhuǎn)】基因組比對文件（SAM/BAM） Soft Clip 與 Hard ClipClip 的含義 Clip 作為名詞講，有剪下來的東西的意義谨湘，在SAM/BAM 比對文件里面绽快，用于描述那些一條序列上，在序列兩端紧阔，比對不上的堿基序列（還是很形象的谎僻，一條上比對...
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「RNA-seq分析軟件」RNA-seq比對工具STAR學(xué)習(xí)筆記STAR 軟件安裝 軟件的GitHub地址為https://github.com/alexdobin/STAR, 下載頁面為https://github.com/alexdo...
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samtools，bedtools1 samtools ? SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式寓辱。無論是重測序，還是轉(zhuǎn)錄組赤拒，還是表觀組秫筏， 幾乎所有...
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RNAseq-踩坑03 -- 差異分析 要用 read_countCOUNT: 高通量測序中比對到exon上的reads數(shù)诱鞠。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
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使用deeptools生成ChIP-seq信號熱圖與譜圖整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹这敬。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計算特定基因組...
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生物基礎(chǔ)知識-CDS航夺、ORF、啟動子崔涂、終止子阳掐、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)冷蚂，一般是先在DNA序列中...
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精準(zhǔn)大海撈針--CRISPR screening專題由于Addgene的篇幅太長缭保，因此決定分為至少兩個部分來介紹。上期：來自Addgene的CRISPR指南（1）參考：CRISPR Guide 由于這個部分已經(jīng)不是簡單的看CR...
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R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟三：進(jìn)行基因差異分析進(jìn)行基因差異分析 1.讀取數(shù)據(jù) 2.檢測數(shù)據(jù) 3.為每個數(shù)據(jù)集繪制箱形圖蝙茶，比較數(shù)據(jù)集中的數(shù)據(jù)分布（單一某個基因分析） 4.對某種基因在樣本中的表達(dá)情況根據(jù)分組統(tǒng)一分析（所有基...
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R | 簡單的學(xué)生檢驗（t-test）
Student's test —— 簡稱t-test艺骂，據(jù)說是作者當(dāng)年為避風(fēng)頭而用‘’學(xué)生”這一筆名，所以就將該種方法稱為學(xué)生檢驗了隆夯。百度百科：t-test 主要用于樣本含量較...
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基因干擾技術(shù)哪家強(qiáng)钳恕？CRISPRi與RNAi對比大揭秘！基因功能研究蹄衷，尤其是在細(xì)胞系的基因功能研究忧额，通常是從三板斧開始的——基因干擾、基因過表達(dá)愧口、基因敲除睦番。 三板斧揮出去，配合下游的轉(zhuǎn)錄譜分析调卑、表型分析抡砂，基因功能的神秘面紗，往往就...
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R語言統(tǒng)計5：方差分析（ANOVA恬涧，F(xiàn)- test）方差分析(Analysis of Variance注益，簡稱ANOVA)，又稱“變異數(shù)分析”溯捆，是R.A.Fisher發(fā)明的丑搔，用于兩個及兩個以上樣本均數(shù)差別的顯著性檢驗。根據(jù)影響實(shí)...
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使用R語言rstatix包進(jìn)行ANOVA并自動兩兩比較可視化關(guān)于單因素方差分析提揍，網(wǎng)上有很多方法啤月，比如使用R語言進(jìn)行單因素方差分析以及結(jié)果可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/PDbuql_ANZVu14Sk6V...
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表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（eQTL）的概念及其相關(guān)分析
表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（expression quantitative trait locus, eQTL）是一類能夠影響基因表達(dá)量的遺傳位點(diǎn)（大部分都是單核苷酸多態(tài)性，SNP）劳跃，...
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學(xué)習(xí)一篇NC的單細(xì)胞文章（六）：Gene expression signatures學(xué)習(xí)一篇NC的單細(xì)胞文章（一）：質(zhì)控[http://www.reibang.com/p/98437c8f86f7]學(xué)習(xí)一篇NC的單細(xì)胞文章（二）：標(biāo)準(zhǔn)化[https://w...
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【數(shù)據(jù)庫-2】COSMIC遺傳資源數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注公眾號：oddxix 1.簡介 COSMIC是一個在人類癌癥中發(fā)現(xiàn)的體細(xì)胞獲得性突變的在線數(shù)據(jù)庫谎仲。體細(xì)胞突變是在非生殖細(xì)胞中發(fā)生的，不是由兒童遺傳的刨仑。 COSMIC是...
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COSMIC數(shù)據(jù)庫介紹——癌癥研究者必看這是Sanger 研究所 2018 年 發(fā)表的在《Nucleic Acids Research》上的關(guān)于COSMIC v86 新版本的一篇文章郑诺，對 COSMIC 數(shù)據(jù)庫功能和...
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理解并操作BAM文件經(jīng)過了第四節(jié)的長文夹姥，我想大家基本上已經(jīng)知道了一個WGS流程該如何構(gòu)建起來了吧。但在那一節(jié)中限于篇幅有兩個很重要的文件我沒能展開來講辙诞，分別是：BAM和VCF文件辙售。這篇我們先說B...