所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
IP屬地：江蘇
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R語(yǔ)言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過的最形象的教程 -
DNA鏈方向上的小疑惑
雖然是做生物信息的，但是經(jīng)常被一些基礎(chǔ)性概念所困擾……而我又是一個(gè)強(qiáng)迫癥，于是把這些亂七八糟的東西整理了一下，強(qiáng)行寫了一篇小文章姻氨。東西太雜，但是彼此相關(guān)，實(shí)在想不到什么合適的...
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TCGA / 癌癥簡(jiǎn)稱 / 縮寫 / TCGA癌癥中英文對(duì)照
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中含有的癌癥名稱泪幌，簡(jiǎn)寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
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從RNA定向互作看基因組組織在過去的幾十年中，我們逐漸意識(shí)到調(diào)節(jié)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的過程的復(fù)雜性署照。從染色質(zhì)可及性到遠(yuǎn)距離基因組組織祸泪，細(xì)胞使用了多種機(jī)制來控制基因表達(dá)。我們最近開始了解非編碼RNA（ncR...
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tximport 將 Salmon 定量結(jié)果導(dǎo)入 DESeq2
在《Salmon 進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本定量》[http://www.reibang.com/p/f62fd85113d3]文章介紹了 Salmon 定量建芙。定量后將數(shù)據(jù)導(dǎo)入 DESeq...
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快速計(jì)算基因表達(dá)軟件：Salmon我們常見的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)分析一般都是將reads比對(duì)至參考基因組或者轉(zhuǎn)錄組上没隘，然后在基因或者轉(zhuǎn)錄本水平上定量表達(dá)豐度。 但最近在做小RNA分析時(shí)卻遇到了沒有參考基因組注釋文件（g...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡(jiǎn)單流程禁荸，適用于初學(xué)者入門閱讀右蒲，從原始測(cè)序數(shù)據(jù)開始，經(jīng)過質(zhì)控赶熟、序列比對(duì)瑰妄、定量表達(dá)、差異表達(dá)映砖、功能富集等一系列分析步驟间坐，最終獲得基因表達(dá)信息。...
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RNA-seq(2)-1:原始數(shù)據(jù)下載的幾種方法
How to download All Sra data At Once SRA: Sequence Read Archive: It belongs to NCBI (N...
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有用的UCSC tools推薦
先上網(wǎng)站鏈接邑退，這些都不需要安裝竹宋，直接下載下來就可以用，比較便捷http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 1...
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生信地基系列--bedpe格式
BEDPE 格式類似于 BED 格式地技，可用于描述成對(duì)的基因組區(qū)域蜈七。由于bed文件原則上不能表示跨染色體的信息，因此莫矗，對(duì)于結(jié)構(gòu)變異飒硅，一般采用的一種基于bed文件的變種文件bed...
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【轉(zhuǎn)】基因組比對(duì)文件（SAM/BAM） Soft Clip 與 Hard ClipClip 的含義 Clip 作為名詞講，有剪下來的東西的意義趣苏，在SAM/BAM 比對(duì)文件里面狡相，用于描述那些一條序列上，在序列兩端食磕，比對(duì)不上的堿基序列（還是很形象的尽棕，一條上比對(duì)...
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「RNA-seq分析軟件」RNA-seq比對(duì)工具STAR學(xué)習(xí)筆記STAR 軟件安裝 軟件的GitHub地址為https://github.com/alexdobin/STAR, 下載頁(yè)面為https://github.com/alexdo...
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samtools，bedtools1 samtools ? SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對(duì)或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式彬伦。無論是重測(cè)序滔悉，還是轉(zhuǎn)錄組伊诵，還是表觀組， 幾乎所有...
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RNAseq-踩坑03 -- 差異分析 要用 read_countCOUNT: 高通量測(cè)序中比對(duì)到exon上的reads數(shù)回官。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
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使用deeptools生成ChIP-seq信號(hào)熱圖與譜圖整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具曹宴。本文只對(duì)使用的工具用法進(jìn)行簡(jiǎn)單介紹。 deeptools 提供了computeMatrix命令以計(jì)算特定基因組...
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生物基礎(chǔ)知識(shí)-CDS歉提、ORF笛坦、啟動(dòng)子、終止子苔巨、轉(zhuǎn)錄因子版扩、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識(shí) 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
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精準(zhǔn)大海撈針--CRISPR screening專題由于Addgene的篇幅太長(zhǎng)侄泽，因此決定分為至少兩個(gè)部分來介紹礁芦。上期：來自Addgene的CRISPR指南（1）參考：CRISPR Guide 由于這個(gè)部分已經(jīng)不是簡(jiǎn)單的看CR...
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R語(yǔ)言GEO數(shù)據(jù)挖掘：步驟三：進(jìn)行基因差異分析進(jìn)行基因差異分析 1.讀取數(shù)據(jù) 2.檢測(cè)數(shù)據(jù) 3.為每個(gè)數(shù)據(jù)集繪制箱形圖，比較數(shù)據(jù)集中的數(shù)據(jù)分布（單一某個(gè)基因分析） 4.對(duì)某種基因在樣本中的表達(dá)情況根據(jù)分組統(tǒng)一分析（所有基...
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R | 簡(jiǎn)單的學(xué)生檢驗(yàn)（t-test）
Student's test —— 簡(jiǎn)稱t-test悼尾，據(jù)說是作者當(dāng)年為避風(fēng)頭而用‘’學(xué)生”這一筆名柿扣，所以就將該種方法稱為學(xué)生檢驗(yàn)了。百度百科：t-test 主要用于樣本含量較...
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基因干擾技術(shù)哪家強(qiáng)闺魏？CRISPRi與RNAi對(duì)比大揭秘未状！基因功能研究，尤其是在細(xì)胞系的基因功能研究舷胜，通常是從三板斧開始的——基因干擾娩践、基因過表達(dá)活翩、基因敲除烹骨。 三板斧揮出去，配合下游的轉(zhuǎn)錄譜分析材泄、表型分析沮焕，基因功能的神秘面紗，往往就...