定閱號(hào)

你好毅臊，請(qǐng)問(wèn)一下榕吼，這個(gè)bedgraph文件第二列和第三列是起始位置和終止位置嗎饿序？ 哪個(gè)代表C，哪個(gè)代表G呢羹蚣？
以及這個(gè)bedgraph是0-based還是1-based呀原探？如果是0-based的，是不是說(shuō)chr1 10496 10497 94 16 1中：
chr1：10497是C甲基化位點(diǎn)呢蝗砾？

其次凳谦，我有點(diǎn)疑問(wèn)的地方是：
chr1 10524 10525 88 15 2
chr1 10525 10526 86 13 2

這里第一行的chr1:10524 -10525如果代表10525處是一個(gè)C堿基充择，
那么第二行的chr1:10525-10526也代表10526處是一個(gè)C堿基席噩，加上C后面會(huì)跟一個(gè)G癌幕，那么從10525-10527不就變成了CCG了嗎鹏漆？ 是可以這樣理解嗎褪迟？這樣還滿足第一行的CG結(jié)構(gòu)嗎美浦？

還是說(shuō)這里不區(qū)分正負(fù)鏈输莺，chr1:10524 -10525-10526是正鏈xCGx戚哎，然后chr1:10524-10525 -10526-10527是負(fù)鏈xGCx

這樣在做callDML的時(shí)候，pos:10525需要考慮正負(fù)鏈嗎嫂用？ 即把
chr1 10524 10525 88 15 2
chr1 10525 10526 86 13 2
這兩行的beta信息考慮進(jìn)去當(dāng)成一個(gè)位點(diǎn)呢型凳，但是我看up主你的代碼pos = T1[,3]，只考慮了后面這列嘱函，所以是不是當(dāng)成10525和10526兩個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行計(jì)算了甘畅？

這里我感到有些疑惑，困擾了好久了往弓，請(qǐng)up主指教

R語(yǔ)言 -- 尋找差異甲基化區(qū)域（DMR）-- DSS 包

最好的文檔其實(shí)還是官方文檔疏唾。。函似。http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DSS/inst/doc/DS...

生信擺渡

9371 8 10

定閱號(hào)

沒(méi)有看到GQ，只有GERMQ蔑担，這個(gè)是GQ嘛牌废？

基因突變檢測(cè)之Mutect2

寫(xiě)在前面的話 今天是2021年1月3號(hào)，年底一番瞎忙活啤握，停更了好長(zhǎng)一段時(shí)間的簡(jiǎn)書(shū)鸟缕。人生中有個(gè)很重要伯樂(lè)導(dǎo)師告訴我，在這個(gè)事多的工作環(huán)境下排抬，沒(méi)人愿意看你太多的廢話懂从。直奔重點(diǎn)才是...

靜小沐

24876 6 41

定閱號(hào)

接著上一次內(nèi)容繼續(xù)介紹，BBTools蹲蒲、BBMap中的一些實(shí)用的小工具莫绣。 BBMap Read Merger 合并雙末端（PE）reads,在預(yù)期中這些reads有重疊的位置...

定閱號(hào)

想問(wèn)一下，就是一個(gè)qseqid對(duì)應(yīng)多個(gè)taxid的這種悠鞍，應(yīng)該怎么處理呢？ 應(yīng)該給它歸為哪個(gè)物種呢？

宏基因組之物種注釋（基于nr庫(kù)）

昨天下午搗鼓了一下宏基因組物種注釋過(guò)程(基于nr庫(kù))咖祭，現(xiàn)在將整個(gè)流程記錄一下掩宜。軟件需求：blast，diamond么翰，taxonkit(安裝自行百度) 構(gòu)建細(xì)菌子庫(kù) blast...

凱凱何_Boy

14608 14 10

定閱號(hào)

樓主討論的這個(gè)是不是目標(biāo)序列是同一條染色體的情況啊牺汤，如果目標(biāo)序列是不同物種的不同序列，而這個(gè)指標(biāo)都一樣的情況該怎么辦呢浩嫌？

我是想看自己的序列與哪個(gè)物種最相似檐迟，來(lái)判斷有沒(méi)有目標(biāo)菌種存在。這種情況怎么辦呀码耐？ 請(qǐng)陳老師指教

「JCVI」如何篩選得到最優(yōu)blast比對(duì)結(jié)果追迟？

JCVI，包含了太多的功能骚腥，但是我感覺(jué)好像又沒(méi)有一個(gè)特別好的說(shuō)明文檔（小聲bb敦间，感謝唐老師的開(kāi)發(fā)的好用工具） blast比對(duì) 未過(guò)濾的blast比對(duì)結(jié)果，所使用參數(shù)是：-ou...

陳有樸

2524 1 11

定閱號(hào)

你好束铭，請(qǐng)問(wèn)廓块，如果只想返回最好的一個(gè)序列結(jié)果，比如query3和query1只保留一條最好的契沫。有沒(méi)有參數(shù)設(shè)置啊带猴，還是只能自己寫(xiě)代碼篩選。

如果用一致性懈万，覆蓋度拴清，比對(duì)得分進(jìn)行排序后，依舊還是有很多序列的排名一樣钞速，比如100%匹配贷掖，得分都是278. 那么應(yīng)該再怎么進(jìn)行篩選呢？ 我是想看我的序列有多少條比對(duì)到了某個(gè)細(xì)菌上渴语。我希望一個(gè)序列只有一個(gè)物種結(jié)果苹威，這樣就方便后續(xù)統(tǒng)計(jì)，這種應(yīng)該怎么辦呀驾凶？請(qǐng)洲更老師指教

如何讓BLAST返回最優(yōu)的一個(gè)搜索結(jié)果牙甫，看看你沒(méi)有有進(jìn)坑

大部分時(shí)候，我們都是看著別人的教程调违，然后嘗試處理自己的數(shù)據(jù)窟哺，結(jié)果跑完了，如果和預(yù)期相符合就不會(huì)懷疑這個(gè)工具有啥問(wèn)題技肩。如果你要學(xué)習(xí)生物信息學(xué)且轨，那么有一個(gè)信條一定要記住，不要盲目...

xuzhougeng

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定閱號(hào)

你好，我想請(qǐng)問(wèn)旋奢，我star比對(duì)完的bam文件泳挥，我想提取沒(méi)有比對(duì)上的序列，但是samtools view -f 4那個(gè)命令不行至朗，不知道怎么提取了屉符。samtools flagstat unmapped_reads.bam說(shuō)我百分百比對(duì)上了，但是實(shí)際上我這個(gè)樣本的比對(duì)率只有16%锹引，log文件里提示矗钟，短序列比對(duì)失敗的有40%多。

比對(duì)軟件STAR的使用

在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里嫌变，比對(duì)這一步我使用過(guò)bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)）吨艇，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...

生信start_site

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定閱號(hào)

你好呀初澎，之前的推送看不到了秸应，有其他平臺(tái)的，比如公眾號(hào)嗎碑宴？如何篩選感興趣的GO和KEGG進(jìn)行繪圖~這個(gè)推送

KEGG數(shù)據(jù)庫(kù) | 通路結(jié)果分類(lèi)展示

在做完KEGG通路富集之后软啼，紛繁復(fù)雜的通路映入眼簾，略微有些雜亂無(wú)章延柠，缺乏一個(gè)有序的排列祸挪，因此，本推送依據(jù)KEGG一級(jí)類(lèi)目贞间，將不同的通路歸納總結(jié)贿条，分類(lèi)排列，使結(jié)果更加規(guī)整增热，幫...

生命數(shù)據(jù)科學(xué)

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定閱號(hào)

您好整以，想咨詢一下，在做交叉驗(yàn)證之前峻仇，需要先挑選好較少的特征嗎公黑？即最終的模型特征？然后再進(jìn)行交叉驗(yàn)證摄咆？

56-caret包學(xué)習(xí)：模型訓(xùn)練與調(diào)優(yōu)

1凡蚜、模型訓(xùn)練與參數(shù)優(yōu)化 在進(jìn)行建模時(shí)，需對(duì)模型的參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化吭从，在caret包中其主要函數(shù)是train朝蜘。一旦定義了模型和調(diào)優(yōu)參數(shù)值，就應(yīng)該指定重采樣的類(lèi)型涩金。目前谱醇，k折交叉驗(yàn)證重...

wonphen

4544 4 11

定閱號(hào)

老師您好暇仲，我有一個(gè)問(wèn)題，在選到13作為最佳超參數(shù)后枣抱，是不是需要回到所有訓(xùn)練集中熔吗，再使用這個(gè)超參數(shù)后訓(xùn)練一個(gè)分類(lèi)模型。由于超參數(shù)是13佳晶，是不是就是意味著保留13個(gè)特征對(duì)于這個(gè)模型的分類(lèi)效果最好呀。這個(gè)時(shí)候是不是選擇重要性前13個(gè)特征作為最終的特征讼载，然后預(yù)測(cè)測(cè)試集呢轿秧？因?yàn)槲也粫?huì)python，然后這個(gè)k鄰近模型也不懂咨堤，用的是R語(yǔ)言和隨機(jī)森林的理解方式理解的菇篡，不知道有沒(méi)有理解錯(cuò)誤，請(qǐng)老師指正

單一驗(yàn)證一喘、k折交叉驗(yàn)證（特例：留一法（LOOCV））驱还、交叉驗(yàn)證確定最優(yōu)超參數(shù)

一、單一驗(yàn)證 1凸克、單一訓(xùn)練集和測(cè)試集 最簡(jiǎn)單的樣本集劃分就是只有訓(xùn)練集和測(cè)試集议蟆，而沒(méi)有驗(yàn)證集，因此無(wú)法利用驗(yàn)證集反過(guò)來(lái)對(duì)模型參數(shù)進(jìn)行調(diào)整萎战。只能先給定一組超參數(shù)C咐容，然后訓(xùn)練得到...

馬爾代夫Maldives

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定閱號(hào)

數(shù)據(jù)在人工智能技術(shù)里是非常重要的戳粒！本篇文章將詳細(xì)給大家介紹3種數(shù)據(jù)集：訓(xùn)練集、驗(yàn)證集虫啥、測(cè)試集蔚约。同時(shí)還會(huì)介紹如何更合理的講數(shù)據(jù)劃分為3種數(shù)據(jù)集。最后給大家介紹一種充分利用有限數(shù)...

定閱號(hào)

1998 -- 2002 | 0歲 -- 4歲 話說(shuō)我也不是從出生就開(kāi)始記事兒的呀涂籽，前幾年關(guān)于我的事情只能靠我家人跟我講述的了苹祟，今年過(guò)年要好好采訪我的家人關(guān)于我幼兒時(shí)對(duì)...

定閱號(hào)

今天在看碩士與博士的區(qū)別時(shí)看到下面一段話： 對(duì)博士而言又活，最大的挑戰(zhàn)其實(shí)是克服自我厭惡苔咪，然而在讀碩士時(shí)很少會(huì)有這種情緒的體現(xiàn)。太多焦慮的博士柳骄，并非沒(méi)有學(xué)術(shù)能力团赏，而是無(wú)法克服這種...

定閱號(hào)

您好，請(qǐng)問(wèn)一下耐薯，您下載mixcr的時(shí)候舔清，使用的時(shí)候丝里，它有要許可證嗎？我這邊下載了3的版本和4的版本都需要有許可證体谒，不知道怎么回事

mixcr3.0?軟件使用

MiXCR是一個(gè)通用的框架杯聚，處理從原始測(cè)序數(shù)據(jù)到定量clonotype的免疫組數(shù)據(jù)。 支持PE和SE的reads抒痒，考慮測(cè)序質(zhì)量幌绍，糾正PCR錯(cuò)誤，還能識(shí)別生殖系高突變故响。 支持部...

11的霧

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