第一張圖里的相關(guān)性是按照樣本類型劃分的，再算的吧罐监，跟下面的代碼好像不一樣唉。
不同單細胞群之間的相關(guān)性分析單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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作者沒有直接注釋出細胞類型嗎追葡？
文獻學習107-IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer
1. Identification of IL-1β+ TAMs in PDAC Fig 1a-c： 作者對新鮮分離的來自naive 或 chemotherapy treat...
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多組織樣本可以匯集到一起嗎？
ChromHMM： 染色體狀態(tài)的分類
前言 ??時間過的真快坎穿，一轉(zhuǎn)眼距離上一次發(fā)帖已經(jīng)過去兩周的時間河绽，不知道這兩周時間自己都忙了些啥，時間就沒有了敢朱。真的是越窮越忙剪菱，越忙越窮啊拴签！ ??上周測試了一個軟件——Chro...
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echo孝常、print_r、print蚓哩、var_dump之間的區(qū)別
echo构灸、print是php語句，var_dump和print_r是函數(shù) echo 輸出一個或多個字符串杖剪，中間以逗號隔開冻押，沒有返回值是語言結(jié)構(gòu)而不是真正的函數(shù)，因此不能作為表...
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@fatlady 是文件里的盛嘿，那個文件好像是個腳本吧洛巢。
差異表達基因檢測 | EBSeq
寫在前面 要幫朋友做RNA-seq的分析，cases vs. controls總共4個樣本（2 vs. 2)次兆，看到文獻（實驗設計比較類似）里用的是EBSeq較為頻繁稿茉，所以用這...
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@fatlady 嗯嗯，一共三行指令還有非法字符芥炭，我看了一個人的方法是將含有非法字符的指令內(nèi)容都去掉即可漓库，但是我試了沒有成功。
差異表達基因檢測 | EBSeq
寫在前面 要幫朋友做RNA-seq的分析园蝠，cases vs. controls總共4個樣本（2 vs. 2)渺蒿，看到文獻（實驗設計比較類似）里用的是EBSeq較為頻繁，所以用這...
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@taoyan 數(shù)據(jù)沒問題彪薛，之前添加P值時候用的是anova的方法茂装，結(jié)果得到的三個P值都是一樣的，我換了t.test的方法得到的結(jié)果和單獨anova檢驗是的結(jié)果一樣了善延。
R語言可視化學習筆記之添加p-value和顯著性標記
上篇文章中提了一下如何通過ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標記,本文將詳細介紹少态。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進行演示 比較方法 R中常用的比較方...
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你好，請問我將報錯文件中的無法識別字符刪除了還是報錯易遣，可能的原因有什么彼妻。
差異表達基因檢測 | EBSeq
寫在前面 要幫朋友做RNA-seq的分析，cases vs. controls總共4個樣本（2 vs. 2)，看到文獻（實驗設計比較類似）里用的是EBSeq較為頻繁侨歉，所以用這...
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您好屋摇，我在給小提琴圖添加P值時遇到一個問題，我的樣本組有三組幽邓，使用ggpubr計算P值后得到三個P值都是一樣的摊册，可能時什么原因造成這種情況呢。
R語言可視化學習筆記之添加p-value和顯著性標記
上篇文章中提了一下如何通過ggpubr包為ggplot圖添加p-value以及顯著性標記,本文將詳細介紹颊艳。利用數(shù)據(jù)集ToothGrowth進行演示 比較方法 R中常用的比較方...
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數(shù)量生態(tài)學筆記||非約束排序||PCoA主坐標分析（Principal Coordinates Analysis ,PCoA, =Classical Multidimensional Scaling ，cMDSca...
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本科畢業(yè)于浙江大學，碩士畢業(yè)于復旦大學妒峦，浙大讀博ing重斑。<br>如果沒有及時回復可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
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Qiime1-16.LEfSe輸入文件如何生成？如何使用LEfSe肯骇？今天我們要來介紹在16S分析中經(jīng)常用到的另一個在線分析工具LEfSe窥浪。該工具是由Huttenhower小組開發(fā)的，用于通過相對豐度來發(fā)現(xiàn)2個或更多個組之間的生物標記笛丙。本節(jié)主要...
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Alpha多樣性【轉(zhuǎn)】
Alpha多樣性是指一個特定區(qū)域或生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)的多樣性漾脂，是反映豐富度和均勻度的綜合指標。Alpha多樣性主要與兩個因素有關(guān)：一是種類數(shù)目胚鸯，即豐富度骨稿；二是多樣性，群落中個體分配上...
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北京基因組所研究生在讀，實驗&生信小蝸牛一只哥桥。歡迎一起討論呀~ <br>liulinli17m@big.ac.cn
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BBQ(生物信息基礎(chǔ)問題35辙浑，36)：RNA-Seq 數(shù)據(jù)的定量之RPKM，F(xiàn)PKM和TPM??在討論RNA-seq相關(guān)方法的時候拟糕，我們有一個基本的假設判呕。就是說我們對細胞/組織/個體的不同狀態(tài)進行比較，然后就是為了尋找到差異表達的基因已卸。然后從差異表達的基因去推測其生...
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