大家好啊扳躬，這里是佳奧女仰。 一直想有機(jī)會(huì)學(xué)習(xí)一下生信分析树绩，一方面是提升自己的技能面褥琐，一方面是現(xiàn)在發(fā)文章的必須要求了。（目前做植物生理方面） 所以，綜上所述，暑假是一個(gè)很好的時(shí)間與...
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【R實(shí)戰(zhàn) 入門】從安裝到散點(diǎn)圖繪制 -
利用Ensembl,UCSC,JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行斑馬魚啟動(dòng)子區(qū)域轉(zhuǎn)錄因子分析【壹】 進(jìn)入 Ensembl genome browser[http://www.baidu.com/link?url=m83OoolLmahPEMzRUaYjqrmZDP...
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DNA甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)處理（一）：數(shù)據(jù)比對(duì)前言 因?yàn)榻M里面出了一批甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)躬厌，使用的技術(shù)為BS-seq，處理的時(shí)候順帶記錄了學(xué)習(xí)過(guò)程竞帽，演示使用數(shù)據(jù)為官方提供的example.fastq。 DNA甲基化及CpG島定...
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RNA甲基化修飾m6A檢測(cè)熱門技術(shù)—MeRIP-seqm6A甲基化是轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中重要的表觀遺傳修飾方式鸿捧，它普遍存在于病毒和真核生物中屹篓。MeRIP-seq（高通量測(cè)序法）作為m6A修飾的檢測(cè)方法，其具有針對(duì)全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)m6A...
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查詢一個(gè)基因啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島
查詢某一基因啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島匙奴，一般有兩種方法：一種是查文獻(xiàn)堆巧，看您關(guān)注的基因，別人做的CpG島是哪些泼菌，這個(gè)對(duì)自己選擇位點(diǎn)有指導(dǎo)作用谍肤；另一種是UCSC數(shù)據(jù)庫(kù)中查找，這種方法可...
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安利兩個(gè)超好用的瀏覽器插件本文首發(fā)于我的公眾號(hào)「效率工具指南」文/彭宏豪 Hello 各位好哗伯，我是小豪荒揣。 以前我是一個(gè)插件控，時(shí)不時(shí)就會(huì)給瀏覽器裝各種插件焊刹。 當(dāng)然系任，插件在提升瀏覽器或上網(wǎng)體驗(yàn)的同時(shí)，也...
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如何預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子靶基因虐块！
做完轉(zhuǎn)錄組分析完之后俩滥，一般會(huì)找到一些差異表達(dá)的基因。差異表達(dá)基因中如果有轉(zhuǎn)錄因子的話贺奠，可以研究一下轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控哪些基因的表達(dá)霜旧。要預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因，需要兩個(gè)步驟： 1....
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繪制基因染色體位置圖
最近儡率，MapGene2Chrom web v2（http://mg2c.iask.in/mg2c_v2.0/）偶有“歇菜”挂据，讓我們想簡(jiǎn)單的畫畫基因的染色體位置圖都不方便以清。在這...
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5分鐘看懂KEGG代謝通路圖
做過(guò)轉(zhuǎn)錄組的同學(xué)肯定對(duì)KEGG代謝通路圖不陌生，今天就跟大家分享怎么看懂KEGG代謝通路圖棱貌，ko玖媚、map等開頭的代謝圖有啥區(qū)別？里面的點(diǎn)婚脱、線今魔、不同顏色都代表什么含義。 KEG...
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熱圖竟然還能用Excel來(lái)畫障贸？數(shù)據(jù)分析處理的過(guò)程中错森，絕大部分的科研工作者，都會(huì)存在利用數(shù)據(jù)繪制熱圖的需求篮洁。如果你會(huì)編程涩维，利用R、MATLAB等袁波，完成熱圖的繪制輕輕松松沒煩惱瓦阐，其次你還可以利用熱圖繪制軟件完...
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轉(zhuǎn)錄組文章怎么寫能發(fā)2區(qū)文章？隨著測(cè)序成本的下降篷牌，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序已經(jīng)逐步成為分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)的標(biāo)配睡蟋，每年有大量的數(shù)據(jù)產(chǎn)出，這也導(dǎo)致了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析的文章越來(lái)越難以發(fā)表枷颊。 今天小編就給大家?guī)?lái)一篇今年10月份見刊...
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如何繪制漂亮的多重序列比對(duì)圖
由于軟件的功能限制戳杀，一些比對(duì)軟件生成的比對(duì)文件，如Clustalx的*.aln文件夭苗，可讀性差信卡，無(wú)法滿足高質(zhì)量期刊的要求。因此题造，在實(shí)際操作過(guò)程中傍菇，需要對(duì)一些多重序列比對(duì)的文件進(jìn)...
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如何快速?gòu)霓D(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選目標(biāo)基因！
如何從海量高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中篩選出目標(biāo)數(shù)據(jù)界赔？這是困擾大多數(shù)老師的一個(gè)難題桥嗤！ 小編以一個(gè)excel的簡(jiǎn)單函數(shù)為例，演示一下如何從表格中快速篩選感興趣的基因等信息仔蝌。 函數(shù)的名稱是V...
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繪制差異基因kegg注釋圖
“差異基因kegg注釋圖”是轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的重要組成部分泛领，能夠幫助大家了解差異基因分屬于哪些代謝通路，文章中如果能夠插入下面這類圖來(lái)說(shuō)明樣品間的差異敛惊，一定會(huì)為你的文章增色不少...
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一個(gè)自動(dòng)獲取最新文獻(xiàn)的方法渊鞋！從事科學(xué)研究最重要的事情之一就是多讀自己研究方向相關(guān)的文獻(xiàn)，尤其是最新文獻(xiàn)。那么有沒有什么方法可以自動(dòng)獲取最新文獻(xiàn)呢锡宋？這里儡湾，小編給大家介紹NCBI上的一個(gè)自動(dòng)獲取文獻(xiàn)的方法。...
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推薦一款好用的基因結(jié)構(gòu)圖在線繪制工具！科研繪圖是一項(xiàng)基本技能役首，之前為大家分享過(guò)一期我們組學(xué)大講堂繪圖工具合集：收藏貼-繪圖工具教程合集-科研必需技能尝丐！共20類37種繪圖方法，基本涵蓋了科研常見繪圖需求衡奥，喜歡的趕緊...
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轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果閱讀指南測(cè)序容易爹袁，解讀困難 現(xiàn)在大部分同學(xué)做轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)都是讓測(cè)序公司去分析，經(jīng)過(guò)了那么多年的發(fā)展矮固，公司提供的分析結(jié)果也是越來(lái)越豐富了失息，光結(jié)題報(bào)告就有幾十頁(yè)，結(jié)果文件有幾百兆甚至超過(guò)1...
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CRISPR-Cas9基因編輯不只是剪開DNA這么簡(jiǎn)單前言 我只是搬運(yùn)工档址，這部分內(nèi)容我參考的內(nèi)容有：CRISPR Editing is All About DNA Repair MechanismsCRISPR-guideMME...
