單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞之富集分析-6：PROGENy -
基于R語(yǔ)言繪制Network幾種方式平時(shí)對(duì)于網(wǎng)絡(luò)圖的繪制砂豌，一般我們都會(huì)在R中生成邊和點(diǎn)列表后導(dǎo)入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當(dāng)中币喧，而R語(yǔ)言中也自帶有不少優(yōu)秀的包也可精美的可視化我們的數(shù)據(jù)汽畴，所...
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復(fù)現(xiàn)NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網(wǎng)絡(luò)繪制（三種方法）-應(yīng)用于細(xì)胞互作受配體展示-調(diào)控網(wǎng)絡(luò)展示等等如題巫玻，這個(gè)標(biāo)題有點(diǎn)長(zhǎng)榜配，首先我們需要展示的圖是bipartite plot极祸，中文有叫二分圖慈格、連線圖的怠晴，總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系≡±Γ可以應(yīng)用的地方有很多蒜田，不只是我們介紹的互作關(guān)...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-4：NicheNet常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體选泻、配體以及兩種相互作用...
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Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖運(yùn)行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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Linux學(xué)習(xí)筆記(五)：解決.bashrc文件每次打開(kāi)終端都需要source的問(wèn)題
為什么每次打開(kāi)Xshell終端冲粤，都要source一下.bashrc? 為了弄明白這個(gè)問(wèn)題，首先页眯，我們需要搞明白Linux啟動(dòng)時(shí)讀取配置文件的順序梯捕。在剛登錄Linux時(shí)，首先啟...
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基于Scanpy AnnData的細(xì)胞自動(dòng)注釋：SCCAF對(duì)SCCAF的基本介紹[https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA] 單細(xì)胞聚類評(píng)估框架（Single-Cell Cl...
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ROGUE：計(jì)算單細(xì)胞數(shù)據(jù)中細(xì)胞群的純度（異質(zhì)性）在非監(jiān)督的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中窝撵，給定細(xì)胞cluster的均一性往往是不清楚的傀顾，也就是說(shuō)我們并不知道分出的一個(gè)cluster中是否是一種細(xì)胞，還是依然包含了多種細(xì)胞忿族。因此有人提出了...
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R x相關(guān)性計(jì)算時(shí)缺失值的處理
我們拿到的觀測(cè)數(shù)據(jù)常常是有缺失值的锣笨，有時(shí)候基于數(shù)據(jù)分布是可以預(yù)測(cè)缺失值蝌矛。有時(shí)候卻是不能道批，比如缺失值太多，數(shù)據(jù)量太小入撒。因此隆豹，計(jì)算相關(guān)性時(shí)需要考慮到缺失值的使用。在R中的基礎(chǔ)函數(shù)...
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BBKNN：python單細(xì)胞樣本整合和批次效應(yīng)處理算法2020.09.09 本教程介紹了Scanpy包自帶的用于整合樣本茅逮，并處理批次效應(yīng)的BBKNN算法和用于對(duì)比的ingest基礎(chǔ)算法璃赡。本文主要從函數(shù)的理解、軟件包的使用和結(jié)果的...
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就當(dāng)沒(méi)有事發(fā)生
工作群里一共26人献雅，群主@了24人碉考，唯獨(dú)留一人沒(méi)有@，這個(gè)人會(huì)有想法嗎挺身？ 有沒(méi)有想法我不知道侯谁，但我的做法是當(dāng)無(wú)視。 既無(wú)視你的作法章钾，又無(wú)視你這么做的目的墙贱。 人的大腦是會(huì)受胡思...
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愛(ài)，通過(guò)食物來(lái)表達(dá)
有一好友贱傀，因?yàn)楣ぷ鞯脑虿移玻瑥钠咴轮醒腿チ速F州。 從她到貴州后府寒，每天都會(huì)在群里給我們分享她的近況魁衙。 比如报腔，她看到的風(fēng)景，天氣的變化剖淀，尤其是品嘗到的美食榄笙。 這不，今天收到了她從...
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有時(shí)候慢一點(diǎn)祷蝌，反而比較快
我們單位有個(gè)同事茅撞，兩年前辭職了 這兩年前來(lái)不停地在換賽道，昨天聽(tīng)到另一同事說(shuō)巨朦，今年投的項(xiàng)目又黃了米丘，上個(gè)月徹底結(jié)束了 他們?cè)趪?guó)慶聚餐碰面，離職同事又看到了一個(gè)新項(xiàng)目糊啡，正請(qǐng)教這個(gè)...
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如何解決心態(tài)上的“飄”
你看這個(gè)人有點(diǎn)“飄”棚蓄，當(dāng)你聽(tīng)到這樣的話時(shí)堕扶，你的看法多半是，這個(gè)人有點(diǎn)得意和驕傲了梭依。 但還有一種“飄”的表現(xiàn)形式是稍算，放棄努力，不思進(jìn)取役拴，覺(jué)得現(xiàn)狀很好糊探，躺平的心態(tài)也叫“飄”。 用...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名河闰？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中科平，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽姜性，或者說(shuō)起個(gè)別名瞪慧，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字部念，S...
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從gtf提取ENSEMBL ID和transcript ID以及SYMBOL對(duì)應(yīng)關(guān)系做可變剪切分析時(shí)弃酌，會(huì)依次進(jìn)行基因水平和轉(zhuǎn)錄本水平的差異分析，最后通常需要進(jìn)行ENSEMBL ID和 transcript ID (ENSEMBLTRANS)以及gene sy...
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使用seqkit批量替換序列ID
在進(jìn)行組裝和比對(duì)過(guò)程中印机，要將測(cè)序ID替換成物種學(xué)名矢腻，一個(gè)一個(gè)替換太慢了，發(fā)現(xiàn)seqkit有這個(gè)功能射赛。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
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SeuratData內(nèi)置數(shù)據(jù)集的安裝使用
SeuratData SeuratData是一種使用R的內(nèi)部軟件包和數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)以Seurat對(duì)象形式分發(fā)數(shù)據(jù)集的機(jī)制多柑。它為用戶提供了一種訪問(wèn)Seurat小插曲中使用的數(shù)據(jù)集...
