一致性聚類是一種提供定量證據(jù)的方法，用以確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的成員及數(shù)量，例如微陣列基因表達(dá)针姿。這種方法在癌癥基因組學(xué)中得到了廣泛應(yīng)用绩卤，以發(fā)現(xiàn)了新的疾病分子亞類捏悬。一致性聚類方...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
-
R語(yǔ)言分析4：一致性聚類分析（ConsensusClusterPlus） -
R語(yǔ)言分析5：TMB分型腫瘤突變負(fù)荷（Tumor Mutational Burden, TMB）修然，指腫瘤細(xì)胞基因組中戈毒，基因的外顯子編碼區(qū)每兆堿基中發(fā)生置換和插入或缺失突變的總數(shù)硼啤。從理論上來(lái)說(shuō)议经，高TM...
-
R語(yǔ)言分析6：TIDE評(píng)分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表腫瘤免疫功能障礙和排斥，用于評(píng)估免疫療...
-
-
SRA Toolkit - prefetch 快速下載NCBI SRA數(shù)據(jù)sratoolkit 是NCBI提供的用于處理來(lái)自SRA 數(shù)據(jù)庫(kù)測(cè)序數(shù)據(jù)的一個(gè)工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下載 首先嗓袱，下載最...
-
生物信息學(xué)流程：mRNA Analysis PipelineIntroduction 介紹 GDC mRNA定量分析管道測(cè)量 HT-Seq 原始reads統(tǒng)計(jì)中的基因表達(dá)水平渠抹，F(xiàn)ragments per Kilobase of t...
-
【轉(zhuǎn)】基因組比對(duì)文件（SAM/BAM） Soft Clip 與 Hard ClipClip 的含義 Clip 作為名詞講，有剪下來(lái)的東西的意義耸黑，在SAM/BAM 比對(duì)文件里面桃煎，用于描述那些一條序列上，在序列兩端大刊，比對(duì)不上的堿基序列（還是很形象的为迈，一條上比對(duì)...
-
中科院博士 Candidate<br>生信小白<br>殺蟲(chóng)狂魔<br>微信公眾號(hào):顫抖吧小蟲(chóng)子
-
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序原理Author：ligc Date：19/5/12 1. 一代測(cè)序(Sanger sequencing) 雙脫氧鏈終止法采用DNA復(fù)制原理葫辐。 Sanger測(cè)序反應(yīng)體系中包括目標(biāo)...
-
下游分析無(wú)底洞
-
安裝Aspera Connect工具下載sra數(shù)據(jù)
比較悲催的是現(xiàn)在下不了焊傅，查了很多沒(méi)有找到解決辦法 加上一個(gè)端口參數(shù) -P 33001剂陡，貌似可以下載了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一、下載安裝Aspera Conn...
-
生信上游分析
-
教你3種方法下載NCBI GEO數(shù)據(jù)1.常規(guī)下載方式：prefetch ????對(duì)于常規(guī)下載sra數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō)，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)握巢，其中用prefetch來(lái)下載數(shù)據(jù)晕鹊，用fast...
-
Ubuntu miniconda3安裝與環(huán)境配置
1.軟件下載，使用清華鏡像源暴浦，便于下載溅话，進(jìn)入清華鏡像源anaconda頁(yè)面：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anacond...
-
conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過(guò)conda安裝，省去了很多的安裝歌焦、修bug的煩惱飞几。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了独撇。前兩天有個(gè)胖友問(wèn)我gatk 3.8的版本在哪里...
-
RNA-seq(2)-1:原始數(shù)據(jù)下載的幾種方法
How to download All Sra data At Once SRA: Sequence Read Archive: It belongs to NCBI (N...
