1.問題 應(yīng)該是會經(jīng)常遇到這樣的熱圖屠列，就是說它的聚類情況無法與分組信息吻合。其實這個并不是錯了，是因為用于聚類的行（選出的這部分基因）的表達(dá)模式在兩組之間沒有明顯區(qū)別诵姜。只要改...
發(fā)簡信
IP屬地：巴登-符騰堡
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R語言分析4：一致性聚類分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚類是一種提供定量證據(jù)的方法理逊，用以確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的成員及數(shù)量，例如微陣列基因表達(dá)捶惜。這種方法在癌癥基因組學(xué)中得到了廣泛應(yīng)用田藐，以發(fā)現(xiàn)了新的疾病分子亞類。一致性聚類方...
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R語言分析5：TMB分型腫瘤突變負(fù)荷（Tumor Mutational Burden, TMB）吱七，指腫瘤細(xì)胞基因組中汽久，基因的外顯子編碼區(qū)每兆堿基中發(fā)生置換和插入或缺失突變的總數(shù)。從理論上來說踊餐，高TM...
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R語言分析6：TIDE評分TIDE（http://tide.dfci.harvard.edu/[http://tide.dfci.harvard.edu/]）代表腫瘤免疫功能障礙和排斥景醇，用于評估免疫療...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下載NCBI SRA數(shù)據(jù)sratoolkit 是NCBI提供的用于處理來自SRA 數(shù)據(jù)庫測序數(shù)據(jù)的一個工具包三痰。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下載 首先吧寺，下載最...
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生物信息學(xué)流程：mRNA Analysis PipelineIntroduction 介紹 GDC mRNA定量分析管道測量 HT-Seq 原始reads統(tǒng)計中的基因表達(dá)水平撮执，F(xiàn)ragments per Kilobase of t...
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【轉(zhuǎn)】基因組比對文件（SAM/BAM） Soft Clip 與 Hard ClipClip 的含義 Clip 作為名詞講抒钱，有剪下來的東西的意義，在SAM/BAM 比對文件里面颜凯，用于描述那些一條序列上谋币，在序列兩端，比對不上的堿基序列（還是很形象的症概，一條上比對...
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轉(zhuǎn)錄組測序原理Author：ligc Date：19/5/12 1. 一代測序(Sanger sequencing) 雙脫氧鏈終止法采用DNA復(fù)制原理彼城。 Sanger測序反應(yīng)體系中包括目標(biāo)...
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下游分析無底洞
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安裝Aspera Connect工具下載sra數(shù)據(jù)
比較悲催的是現(xiàn)在下不了，查了很多沒有找到解決辦法 加上一個端口參數(shù) -P 33001舱馅，貌似可以下載了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一缰泡、下載安裝Aspera Conn...
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生信上游分析
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教你3種方法下載NCBI GEO數(shù)據(jù)1.常規(guī)下載方式：prefetch ????對于常規(guī)下載sra數(shù)據(jù)來說棘钞，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch來下載數(shù)據(jù)干毅，用fast...
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Ubuntu miniconda3安裝與環(huán)境配置
1.軟件下載宜猜，使用清華鏡像源，便于下載硝逢，進(jìn)入清華鏡像源anaconda頁面：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anacond...
