前面給零星的給大家介紹過一些miRNA相關(guān)的數(shù)據(jù)庫，包括 1. miRBase數(shù)據(jù)庫介紹及miRNA數(shù)據(jù)下載[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=...
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miRNA數(shù)據(jù)庫簡介及miRNA靶基因批量預(yù)測
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫在前面：新手老菜鳥苔巨，個(gè)人心得弯屈，不足之處歡迎交流指正；寫作不易恋拷，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意，謝謝厅缺。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 package for dif...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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修改stringtie蔬顾、ballgown 結(jié)果中部分gene_id為ref_gene_id
問題：stringtie組裝轉(zhuǎn)錄本后會改變原本參考基因組注釋文件中的gene_id stringtie 組裝宴偿、merge的stringtie_merged.gtf注釋文件中的...
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轉(zhuǎn)錄組測序分析-上游分析一、認(rèn)識轉(zhuǎn)錄組 RNA作為基因組和蛋白質(zhì)組之間的鏈接部分诀豁，是分子生物學(xué)中獨(dú)特的核心活動窄刘。轉(zhuǎn)錄組測序是分析某一組織中的全部RNA的表達(dá)量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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fastp文件合并追加
省流操作： fastq文件格式解讀http://www.reibang.com/p/39115d21ee17[http://www.reibang.com/p/39115...
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【施工中】常用數(shù)據(jù)庫下載參考基因組及注釋文件參考：Jimmy老師博客：基因組各種版本對應(yīng)關(guān)系目前常用的人類參考基因組是GRCh37和GRCh38舷胜，在三大常用數(shù)據(jù)庫對應(yīng)關(guān)系如下： NCBIUCSCENSEMBLGRCh3...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測序分析報(bào)告中最為核心的圖片之一娩践。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等烹骨，本文主要運(yùn)用ggplot2和ggrepel兩個(gè)R包演示[1][2]翻伺。橫坐標(biāo)為Fol...
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【R語言】pheatmap包繪制熱圖教程
本篇文章介紹基于R語言的熱圖(heatmap)可視化教程，該教程為個(gè)人筆記沮焕，不足之處歡迎大家批評指正吨岭！ pheatmap，全稱Pretty Heatmaps峦树，直譯“完美的熱圖...
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如何給Seurat對象的基因重命名魁巩？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中急灭，必要的一步是對每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽谷遂，或者說起個(gè)別名葬馋，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字埋凯，S...
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使用merge整合多組單細(xì)胞數(shù)據(jù)開始操作 第一步：準(zhǔn)備原始測序數(shù)據(jù) 我們下載第一個(gè)：GSE106273_RAW.tar（183.5 Mb）[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后点楼，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置白对，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣掠廓。修改Defau...
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seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者甩恼。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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單細(xì)胞 | 單細(xì)胞數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蠅的多個(gè)組織的單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)蟀瞧，雖然FCA組織提供了多個(gè)在線平臺（例如SCope）進(jìn)行非常方便的可視化和多種分析...
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Scanpy可視化函數(shù)匯總Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.reibang.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類[https://...
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單細(xì)胞兩個(gè)數(shù)據(jù)集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數(shù)據(jù)集的產(chǎn)生，在它們之間進(jìn)行比較就顯得非常關(guān)鍵条摸。一個(gè)核心的應(yīng)用是比較不同實(shí)驗(yàn)室收集的類似生物來源的數(shù)據(jù)集悦污，以確保...
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空間組數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序異扯て眩火爆切端，而與其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測序很有可能成為...
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計(jì)算兩個(gè)單細(xì)胞dataset的相關(guān)性日常掰瞎 ??對于bulk-RNA來說，計(jì)算兩個(gè)樣本的相關(guān)性可以選取共有基因的表達(dá)值直接來計(jì)算相關(guān)系數(shù)顷啼，從而得到兩個(gè)樣本的關(guān)系性踏枣。那么單細(xì)胞如何計(jì)算呢昌屉？首先，我們需要明白一點(diǎn)...
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神兵利器——單細(xì)胞細(xì)胞類群基因marker鑒定新方法：COSG在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析當(dāng)中茵瀑，當(dāng)我們聚類分群完成之后间驮，緊接著就是細(xì)胞類型注釋，細(xì)胞類型的注釋就離不開 基因marker 马昨，即在目標(biāo)細(xì)胞類群和其它細(xì)胞類群之間呈現(xiàn)出不同表達(dá)模式特征的基...
