使用這個(gè)軟件的原因主要在于前面使用MACS2進(jìn)行m6A peak calling尤溜，下游沒有可用的現(xiàn)成的方法銜接此部分結(jié)果進(jìn)行差異peak分析，可能得自己根據(jù)文獻(xiàn)想辦法使用什么...
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exomePeak使用過程疑問 -
ArchR官網(wǎng)教程學(xué)習(xí)筆記1：Getting Started with ArchR前面的學(xué)習(xí)筆記里旁理，對(duì)于scATAC-seq的分析绢片，使用的是signac R包進(jìn)行的逾滥。前幾天在一次偶然的機(jī)會(huì)里掂榔，有幸和一個(gè)專門做生信的老外聊了聊（紐約某校的PI）窒百，從他那里聽說...
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小鬼的MeRIPseqPipe分析拆解04-rRNA去除數(shù)據(jù)預(yù)處理之后是rRNA去除词裤，這一步驟是可選步驟刺洒。 使用Hisat2去除數(shù)據(jù)中的rRNA的原代碼，摳出來看看： 一吼砂、rRNA序列下載 在之前的教程中逆航，我使用的NCBI的rRN...
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歡迎學(xué)習(xí)交流
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UCSC官網(wǎng)下載TSS.bed文件1.進(jìn)入U(xiǎn)CSC官網(wǎng)（ 2.進(jìn)入table browser工具后進(jìn)行選擇： track里可以選擇NCBI RefSeq或者UCSC gene纸泡，這里選了NCBI group一般...
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下載小鼠rRNA序列m6A圖文復(fù)現(xiàn)03-測序數(shù)據(jù)去除rRNA序列并且比對(duì)到參考基因組 - 云+社區(qū) - 騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/d...
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解決RStudio Server: R is taking longer to start than usual
主要原因：當(dāng)使用RStudio Server處理占內(nèi)存極大的數(shù)據(jù)后女揭，長時(shí)間不清理內(nèi)存，不關(guān)閉rstudio栏饮，可能會(huì)產(chǎn)生此種問題吧兔，建議計(jì)算完畢后，盡快清理內(nèi)存袍嬉。 當(dāng)再次打開rs...
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cellranger更新到6.0啦（全新使用教程）
cellranger是10X GENOMICS單細(xì)胞上游分析的軟件境蔼，主要有4個(gè)流程 mkfastq、定量 count伺通、組合 aggr箍土、reanalyze。如果是bcl原始測序...
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熱圖3：熱圖行列分組信息注釋久等了罐监，接上一次內(nèi)容吴藻。這次我們要讓熱圖更加復(fù)雜化。 實(shí)際上弓柱，有些情況下做熱圖可能只需要標(biāo)注對(duì)照組沟堡、實(shí)驗(yàn)組即可。但是大多時(shí)候矢空，可以在熱圖上體現(xiàn)更多信息航罗，比如，除了分組屁药，還有不同...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組流程一：安裝運(yùn)行cellranger及結(jié)果解讀
單細(xì)胞分析流程之Cell Ranger 相信做單細(xì)胞的小伙伴對(duì)Cell Ranger這個(gè)軟件都不陌生，我們今天就來了解一下Cell Ranger的安裝和使用方法立莉。Cell R...
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專注WGBS Chipseq等數(shù)據(jù)分析<br>perl python R腳本編輯處理數(shù)據(jù)
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MACS2 Call Peak 參數(shù)詳細(xì)學(xué)習(xí)
隨著測序技術(shù)的進(jìn)步蜓耻，染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)被廣泛用于研究全基因組蛋白-DNA互作。macs 基于一種新的模型可以很好的識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)械巡。macs 可以直接應(yīng)用于ChIP-Se...
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FATAL: could not open image /public/home/li/software/FitHiChIP/aylab/fithichip: failed to retrieve path for /public/home/li/software/FitHiChIP/aylab/fithichip: lstat /public/home/li/software/FitHiChIP/aylab: no such file or directory 請(qǐng)問在運(yùn)行時(shí)這樣報(bào)錯(cuò)如何處理刹淌？
FitHiChIP--從HiChIP/PLAC-seq data計(jì)算 calling loop
寫在前面，這個(gè)軟件需要依賴HiC-PRO軟件的輸出文件作為輸入文件讥耗！ 官網(wǎng)有非常詳細(xì)的用戶手冊(cè)有勾，這里只簡單介紹用法.1.1 創(chuàng)建虛擬環(huán)境 1.1 下載 1.2 下載依賴環(huán)境及...
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FitHiChIP--從HiChIP/PLAC-seq data計(jì)算 calling loop寫在前面，這個(gè)軟件需要依賴HiC-PRO軟件的輸出文件作為輸入文件古程！ 官網(wǎng)有非常詳細(xì)的用戶手冊(cè)蔼卡，這里只簡單介紹用法.1.1 創(chuàng)建虛擬環(huán)境 1.1 下載 1.2 下載依賴環(huán)境及...
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NCBI官方基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換工具(二)不同版本基因組坐標(biāo)的轉(zhuǎn)換，常用的方法有： 1. NCBI的 Remap 參見上一篇文章 ： http://www.reibang.com/p/41e5280f59c3 2....
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最近不常登陸簡書，若評(píng)論問題沒有及時(shí)回復(fù)茁裙，可以發(fā)郵件交流 bioinfortime@163.com
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給博主一個(gè)大大的贊
day27 ChIP-seq 對(duì)peak進(jìn)行注釋R語言ChIPseeker包
學(xué)習(xí)linux常用命令塘砸，并且實(shí)戰(zhàn)ChIP-seq已經(jīng)一個(gè)月了。現(xiàn)在需要用R包ChIPseeker進(jìn)行注釋晤锥，發(fā)現(xiàn)R已經(jīng)忘了大半掉蔬。補(bǔ)課R語言。矾瘾。對(duì)peak的注釋分為兩個(gè)部分——結(jié)...
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day27 ChIP-seq 對(duì)peak進(jìn)行注釋R語言ChIPseeker包學(xué)習(xí)linux常用命令女轿，并且實(shí)戰(zhàn)ChIP-seq已經(jīng)一個(gè)月了。現(xiàn)在需要用R包ChIPseeker進(jìn)行注釋壕翩，發(fā)現(xiàn)R已經(jīng)忘了大半蛉迹。補(bǔ)課R語言。戈泼。對(duì)peak的注釋分為兩個(gè)部分——結(jié)...
