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[隨筆]minimap2 節(jié)約內(nèi)存
minimap2 我是用10G 以上基因組 +100G reads 默認(rèn)參數(shù)下一般消耗20-40G 內(nèi)存家卖；存入文件時(shí)消耗80G 后來(lái)思考，-I 參數(shù)庙楚，對(duì)于一些大基因組 ...
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我已經(jīng)跑了orthofinder得到了orthologs馒闷，每個(gè)基因文件里都是蛋白序列酪捡，我怎么得到每個(gè)基因包含所有物種的核酸序列呢？
從參考基因組(序列)和SNPs(位點(diǎn))入手的Ka/Ks（dN/dS）選擇分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問(wèn))
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@hayes_L 你好永罚！請(qǐng)問(wèn)juicer2產(chǎn)生的文件里沒(méi)有merged_nodups.txt，而是merged_dehup.bam和merged*.txt文件卧秘，應(yīng)該如何生成merged_nohups.txt文件來(lái)作為3d-dna的輸入mnd文件呢袱？
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大翅敌，用wtdbg2羞福、raven、mecat2哼御、flye等組裝就可以了坯临。 組裝完畢后，contig掛載成染色體恋昼，可以采用高密度遺傳連...
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Centos7安裝液肌，常用命令挟炬，軟件環(huán)境部署。
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請(qǐng)問(wèn)第4步怎么檢查?能寫詳細(xì)點(diǎn)嗎？
CentOS7 開機(jī)無(wú)法進(jìn)入圖形登陸界面
問(wèn)題：CentOS 7.3圖形界面開機(jī)一直卡在該界面谤祖，無(wú)法進(jìn)入登錄界面婿滓。 解決方案： 1.開機(jī)后等待到下圖界面，按上下鍵方向鍵停留在該界面 2. 選中第一項(xiàng)粥喜，按“e”進(jìn)入編輯...
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本號(hào)停更
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一條小咸魚
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中科院博士 Candidate<br>生信小白<br>殺蟲狂魔<br>微信公眾號(hào):顫抖吧小蟲子
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PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop<br>
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周運(yùn)來(lái)擅耽，男，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥物遇，穩(wěn)健，瀟灑憾儒，大方询兴，靠譜。一段生信緣起趾，一棵技能樹诗舰。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人训裆，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者眶根，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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你好边琉，可以把你的數(shù)據(jù)格式發(fā)出來(lái)嗎属百？我照著你的代碼試?yán)蠄?bào)錯(cuò)
8. 群落結(jié)構(gòu)差異顯著性
非參數(shù)置換的多變量方差分析(ANONIS)、相似性分析(ANOSIM)和多反應(yīng)置換法(MRPP)常被用來(lái)評(píng)估不同采樣點(diǎn)之間微生物群落組成差異的顯著性变姨。 一般來(lái)說(shuō)族扰，當(dāng)我們通過(guò)降...
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宏基因組和16s的相關(guān)分析流程、方法扩氢、所用工具
