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0.NMF NMF是非負矩陣分解弟头，也是常用的劃分亞組（亞型）的聚類方法之一咯绽昼。 代碼主要參考了幫助文檔和曾老板的博客：http://www.bio-info-trainee....

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HPA數(shù)據(jù)庫（Human Protein Atlas）是基于蛋白組學,轉(zhuǎn)錄組學以及系統(tǒng)生物學數(shù)據(jù)，可以繪制組織献起、細胞躲惰、器官等圖譜奸焙。不僅收錄了腫瘤組織嫌术，也涵蓋了正常組織的蛋白表...

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0.需求解讀 這是富集分析比較常見的一個圖，左圖右表曙求。 圖的最外層是GOterm的編號碍庵，中間灰色背景層表示基因的logFC分布映企，可以看到每個term對應(yīng)到的市上調(diào)基因還是下調(diào)...

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歡迎關(guān)注公眾號“生信小課堂” TCGA數(shù)據(jù)分析課程：生物信息學教學 今天繼續(xù)我們TCGA在線數(shù)據(jù)庫系列。今天介紹的數(shù)據(jù)庫是LinkedOmic,http://www.link...

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Cox 回歸模型 寫在最開頭：誠心推薦解螺旋麥子的Cox回歸模型R教學視頻９场７倌印！如果你對cox還稀里糊涂的漓骚，下面的鏈接蝌衔，點！15分鐘就能GET超級舒爽的代碼~【Cox回歸的R...

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參考：山東大學 基礎(chǔ)醫(yī)學院 之前的博客我們講了生物數(shù)據(jù)庫之核酸數(shù)據(jù)庫蝌蹂。這次我們來講蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫胚委。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫的種類比核酸數(shù)據(jù)庫要多，但它的注釋要比核酸數(shù)據(jù)庫直白得多叉信。像核酸數(shù)...

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一.問題描述：windows本地調(diào)試Hadoop程序時報錯錯誤信息： 其原因是需要在windows本地搭建Hadoop環(huán)境，下載winutils文件艘希，并將hadoop-2.8...

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日常掰蝦 ??前面學習了DNA甲基化的基礎(chǔ)知識，也了解了它的重要性撒顿，不知道的同學看這里丑罪，DNA甲基化知識概述[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz...

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Consensus Clustering(一致性聚類)，無監(jiān)督聚類方法凤壁，可根據(jù)不同組學數(shù)據(jù)集將樣本區(qū)分成幾個亞型吩屹，從而發(fā)現(xiàn)新的疾病亞型或者對不同亞型進行比較分析。 Conse...

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原文鏈接：關(guān)聯(lián)分析(3):Apriori R語言實現(xiàn) 微信公眾號：機器學習養(yǎng)成記 搜索添加微信公眾號：chenchenwings 在關(guān)聯(lián)分析(1):概念及應(yīng)用中我們介紹了關(guān)...

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熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學習使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...

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TCGA的樣品編碼方式（barcode)

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在我們的工作中拧抖，常常會有將一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻譯成氨基酸序列的需求煤搜。如果編程基礎(chǔ)過硬的話，自己寫個代碼翻譯三聯(lián)密碼子唧席，正義鏈和反義鏈各三個移碼閱讀框擦盾。...

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1.生存曲線 基礎(chǔ)包survival+擴展包survminer辽故。 survival包內(nèi)置肺癌數(shù)據(jù)集lung。 生存曲線進一步修飾腐碱。 其他類型生存曲線繪制誊垢。fun參數(shù)默認pct...

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1. Odds Odds 的意思為機率喻杈、可能性彤枢，是指某事件發(fā)生的可能性(概率)與不發(fā)生的可能性（概率）之比。假如某藥物有療效的比例為p1筒饰，則無效的比為1-p1缴啡，則odds的計...