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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的轉(zhuǎn)化
一矾利、什么是RPKM溪烤、 FPKM眉厨、TPM贴硫、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
2023-07-21使用Trinity進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組De novo組裝(無參)軟件安裝與下載 運行數(shù)據(jù) 功能注釋 組裝后的文件就是轉(zhuǎn)錄本文件在未消除樣品之間的差異之前趁蕊，用TPM來比較勉強可以槐壳，但是FPKM不行然低。
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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orthofinder安裝及使用教程安裝orthofinder 使用conda安裝 安裝軟件前雳攘，先設(shè)置一個小環(huán)境，不要直接在自己賬戶的當(dāng)前環(huán)境內(nèi)安裝軟件枫笛；你可以創(chuàng)建很多小環(huán)境名吨灭，有的小環(huán)境壞了，你不要就可以了...
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中科院研究生在讀吠冤，努力學(xué)習(xí)中
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小弟讀過兩年書，塵世中一個迷途小書僮<br><br>歡迎訪問: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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理論 | edgeR -- TMM normalization 詳細(xì)計算過程
最近在看差異分析當(dāng)中原始read counts是如何被校正的薄风，自然就不會放過差異分析的經(jīng)典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法稱為trimmed mean of...
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張紅祥遭赂，中國科學(xué)院植物研究所循诉。<br>交流，分享撇他。
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基于重測序數(shù)據(jù)計算 iHS 選擇信號
Integrated Haplotype Score (iHS) (Voight et al., 2006) 是基于單倍型的選擇信號檢測軟件茄猫。iHS 通過比較單倍型頻率的衰減...
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很多帖子被下架了划纽。以后開直播帶貨吧。寫不動技術(shù)貼了锌畸。
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SIFT4G:預(yù)測氨基酸取代是否會影響蛋白質(zhì)功能
SIFT4G[https://sift.bii.a-star.edu.sg/sift4g/Commandline.html] 使用方法：1.下載對應(yīng)物種的SIFT數(shù)據(jù)庫htt...
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每日paper - 20220216 - Review - 基于基因組數(shù)據(jù)的遺傳負(fù)荷研究Genetic load: genomic estimates and applications in non-model animals[https://www.natur...
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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生信 | Circos的安裝寫在前面的碎碎念 最近在嘗試Cricos這款優(yōu)秀的可視化軟件潭枣，但是在安裝的時候有一些問題比默，記錄一下。首先我是conda的忠實用戶盆犁，因此下載軟件的第一反應(yīng)就是去Bioconda...
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生信 | Circos實戰(zhàn)寫在前面 由于circos官網(wǎng)的教程太全面了命咐，雖然好但反而感覺比較復(fù)雜，難易上手谐岁，因此我將他們精簡了一下醋奠。由于官網(wǎng)的教程中包含的數(shù)據(jù)太雜了，所以我精簡了數(shù)據(jù)與代碼放到了扣扣群...
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TBtools | 全基因組 - 基因密度統(tǒng)計伊佃，充實你的圖片摘要 兩張圖總結(jié)本文窜司，以方便大家確定是否還有看下去的興趣 寫在前面 Emmm... 今天開放一個舊功能，全基因組基因密度統(tǒng)計锭魔。雖然是早前就寫好的例证，但我一直沒開放路呜，主要是考慮到...
