前言在日常分析中嵌施，我們經(jīng)常會(huì)遇到對(duì)同一物種基因ID和symbol之間的互轉(zhuǎn)郊尝，或者是不同物種之間同源基因的互轉(zhuǎn)。雖然目前已經(jīng)有幾個(gè)包损搬，比如：biomaRt，easyConver...
IP屬地：北京
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babelgene：滿足你對(duì)基因互轉(zhuǎn)的所有想象
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seurat-ScaleData()源碼解析一咬腕、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后壶硅，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化。ScaleData()[http...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后瓦呼，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣喂窟，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣央串。修改Defau...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名磨澡？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋质和，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽稳摄，或者說起個(gè)別名，這些信息都存在@meta.data信息里饲宿，所以不用特意去更改細(xì)胞名字厦酬，S...
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空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡介 ??目前，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速瘫想，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平仗阅，但卻無法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息」梗空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
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STOmics-seq：Stereopy教程（一）一减噪、背景介紹 大家其實(shí)對(duì)華大測序的原理什么的都知道，但是以下概念是比較重要的车吹，什么是DNB筹裕，bin，我們怎么選擇binsize的大小等問題就至關(guān)重要了窄驹。首先解釋以下DNB和b...
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Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析1朝卒、scDRS的計(jì)算原理如下所示： 圖片來源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distingui...
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MAGMA軟件實(shí)現(xiàn)gene-based & gene-set-based關(guān)聯(lián)分析
作者：Bio_gevin審稿：童蒙編輯：amethyst 隨著全基因組關(guān)聯(lián)分析使用樣本數(shù)量的增加，人們也逐漸認(rèn)識(shí)到很多感興趣的性狀在本質(zhì)上是由微效多基因控制馒吴。單個(gè)SNP的關(guān)聯(lián)...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義肝臟分區(qū)和結(jié)構(gòu)成分的轉(zhuǎn)錄模式hello扎运，大家好瑟曲，又是周一，新一周的開始豪治，今天我們要繼續(xù)分析我們的空間轉(zhuǎn)錄組的個(gè)性化分析洞拨，文章在Spatial Transcriptomics to define tran...
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