@aquaculture_man 不好意思剛看到你的留言。我后來用的是DESeq2做差異分析。ballgown做完之后是不是也產(chǎn)生了差異基因列表呢？如果是，從這些基因著手分析呜投？
轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集寫在前面：本文是新手學(xué)習全記錄加匈，僅供參考，歡迎交流仑荐！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計 調(diào)用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
統(tǒng)一回復(fù)雕拼，希望能幫到大家：query時2) Query parameters選擇數(shù)據(jù)庫latest就會出現(xiàn)detailed list和heatmap不對的情況，但是選擇1.0就沒問題粘招！
廣而告之啥寇！
cMAP新版clue的使用——query之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站，一個是build2 洒扎；另一個是CLUE平臺辑甜。bulid2在cMAP在線分析...
同問 help！??
cMAP新版clue的使用——Touchstone之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站袍冷，一個是build2 磷醋；另一個是CLUE平臺。bulid2在cMAP在線分析...
之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站，一個是build2 二汛；另一個是CLUE平臺匪蝙。bulid2在cMAP在線分析...
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我的也是這樣 而且heatmap一欄并沒有熱圖
cMAP新版clue的使用——query之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站千元，一個是build2 苫昌；另一個是CLUE平臺。bulid2在cMAP在線分析...
之前Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（一）和Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）簡單介紹了下分析平臺幸海，展示形式等內(nèi)容祟身。同時還介紹...
上篇Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（一）中簡單提及以下兩種做法：一是提供了cMAP的在線分析網(wǎng)站：www.broad.mit.edu/cmap （需要...
ggsci是R中的一個包，提供了一系列顏色給ggplot2調(diào)色物独。里面包括了一些知名雜志期刊或者軟件（甚至是知名科幻電影袜硫、動畫等）的經(jīng)典配色風格，對于科研繪圖是相當有幫助的挡篓。下...
導(dǎo)讀 以前總是借助PS來為新鮮出爐的R圖添加統(tǒng)計顯著標識婉陷，但是現(xiàn)在可以不用了帚称，因為ggbubr可以一站式解決，而且畫的圖堪比SCI級別秽澳。話不多說闯睹，擼起袖子搞起來 工作流程 包...
1.Tidy data原則 當我們進行數(shù)據(jù)整理時，同樣的數(shù)據(jù)担神，可以整理成不同的形式楼吃，在下面的例子中，我們可以把GeneId作為行妄讯，樣品名稱作為列孩锡，也可以顛倒過來，以樣品名稱為...
你好感謝分享亥贸！請問identifyCommunicationPatterns這一步展示的通路條目太多如何篩選一下躬窜？最開始subsetCommunication之后的結(jié)果，pval大部分都是0如何解釋砌函？（我都是按照默認的代碼）
CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析 自從周運來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程斩披，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
CellChat三部曲1：使用CellChat對單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析 自從周運來在簡書寫了一篇cellchat的中文介紹教程讹俊，然后R包作者也在B站做了直播介紹垦沉，cel...
CellChat 三部曲3：具有不同細胞類型成分的多個數(shù)據(jù)集的細胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比較分析具...
厲害?(???????)?
CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
CellChat 三部曲2：使用CellChat 對多個數(shù)據(jù)集細胞通訊進行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
@Hayley筆記 嗯吶謝謝！仔細看了seurat的subset函數(shù) 已解決仍劈！
單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后厕倍，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置贩疙，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣讹弯。修改Defau...
你好請問雙細胞DoubletFinder預(yù)測之后怎樣去除？應(yīng)該是存儲在metadata$DF.classifications里面这溅，但是沒想到怎樣去除组民、或者過濾掉。悲靴。謝謝臭胜！
單細胞數(shù)據(jù)處理小細節(jié)匯總1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認會變成SCT矩陣癞尚，如果不加設(shè)置耸三，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后浇揩，矩陣默認會變成SCT矩陣仪壮，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣胳徽。修改Defau...
