1：前言介紹 quanTIseq**是一個計算管道悠鞍，用于從人類 RNA測序數(shù)據(jù)中量化腫瘤免疫背景。quanTIseq 將來自腫瘤樣本或其他細(xì)胞混合物的 RNA-seq 讀取的...
發(fā)簡信
IP屬地：青海
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quanTIseq分析
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微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）钧唐、錯配修復(fù)（MMR）和腫瘤突變負(fù)荷（TMB
1. 胚系突變 胚系突變（Germline Mutation）是指在人的胚胎發(fā)育期已經(jīng)攜帶的變異（幾乎全部遺傳自父母）酸纲，存在于生殖細(xì)胞內(nèi)具有遺傳性姑裂，構(gòu)成人與人的遺傳多樣性搔啊。 ...
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fastp常用參數(shù)說明
1. fastp 簡介 fastp是用于處理fastq文件憔杨，基于C++，支持多線程淤毛，包含[fastQC]和Trimmomatic的一些功能。這里主要給出常用參數(shù)的一些說明算柳。 ...
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rsync 使用方式
一、簡介rsync 是一個常用的 Linux 應(yīng)用程序囱淋，用于文件同步猪杭。 它可以在本地計算機(jī)與遠(yuǎn)程計算機(jī)之間，或者兩個本地目錄之間同步文件（但不支持兩臺遠(yuǎn)程計算機(jī)之間的同步）妥衣。...
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2023-07-31
FastQC使用與結(jié)果解讀1.1 FastQC 使用參數(shù)指令：fastqc -f inputfile -o outputfile-o 結(jié)果文件輸出路徑皂吮，需要自己事先建立好文件...
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全外顯子測序（WES）分析流程
全外顯子測序（WES）分析流程 構(gòu)建數(shù)據(jù)文件夾 創(chuàng)建一個WES項目的日期目錄和存放每個步驟生成文件的子目錄raw, clean, align, genome 此流程包含兩個r...
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生物信息學(xué)：第一章：歷史簡介和概論
第一章：歷史簡介和概論 1. 前言導(dǎo)論 1.1 生物信息學(xué)的概念 1.1.1 生物信息學(xué)是一門收集戒傻、分析遺傳數(shù)據(jù)以及分發(fā)給研究機(jī)構(gòu)的新學(xué)科。 1.1.2 生物信息學(xué)特指數(shù)據(jù)庫...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實很多作者已經(jīng)探索的差不多了蜂筹，相關(guān)腳本需纳、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧艺挪。有時候感覺是浪費時間不翩，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思麻裳，也...
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@超人立志做國王 能給我完善下嗎口蝠？
KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數(shù)據(jù)庫)，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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@1b65993b33a2 這個有用嗎津坑？
KEGG pathway 注釋整理
KEGG pathway 注釋整理 獲得KEGG注釋 通過eggnog-mapper和interproscan兩個軟件(或數(shù)據(jù)庫)妙蔗，可以獲得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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R語言pheatmap熱圖色條控制小技巧本期介紹一個控制熱圖顏色范圍并規(guī)定指定值顏色的小技巧灭必。 使用的是R語言的pheatmap包，先生成隨機(jī)數(shù)據(jù)： data1如下： 查看數(shù)據(jù)范圍： 使用上面的矩陣做熱圖乃摹，要求低值...
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測序了孵睬，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析播歼，就需要知道每個基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系掰读，以及基因與G...
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fasta文件與fastq文件相互轉(zhuǎn)化
fastq轉(zhuǎn)化為fasta 一般應(yīng)該是由fastq轉(zhuǎn)化為fasta(給出四種): fasta改為fastq fasta文件缺失信息秘狞，假設(shè)quality score of 40...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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R數(shù)據(jù)可視化7:氣泡圖 Bubble Plot“氣泡圖”這個名字聽著就很可愛是不是减响！今天讓我們來看看這個氣泡圖長什么樣，可以展示什么樣的數(shù)據(jù)郭怪，以及如何用R作圖支示。 什么是氣泡圖 氣泡圖（Bubble Plot）就是由一個個...
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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數(shù)（Fst）鄙才，fst是由F統(tǒng)計量演變而來颂鸿，F(xiàn)統(tǒng)計量主要有三種（FIS，F(xiàn)IF攒庵，F(xiàn)ST）嘴纺。Fst...
