軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操 -
單細(xì)胞分析實(shí)錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進(jìn)化
這一個(gè)分析衣形，我目前只在Nature Communications上面看到過(guò)兩篇文章五垮，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個(gè)比較創(chuàng)新的角度车海，我參與的課題...
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系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)簡(jiǎn)介及構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)學(xué)習(xí)筆記宪萄。 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)簡(jiǎn)介 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)（Phylogenetic tree）：用一種類似樹(shù)狀分支圖形來(lái)概括各節(jié)點(diǎn)之間的進(jìn)化關(guān)系艺谆，節(jié)點(diǎn)可以是不同物種、同一物種不同樣本...
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10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析轉(zhuǎn)錄因子的前世今生---scenic相信現(xiàn)在很多童鞋都已經(jīng)分析過(guò)了10X單細(xì)胞數(shù)據(jù)了拜英，scenic分析目前也是常見(jiàn)的一種個(gè)性化分析了静汤，很多同學(xué)都分析過(guò)， 今天我們溫故而知新居凶，深入理解scenic的分析原理和方法...
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如何優(yōu)雅展示GO富集結(jié)果圖片好像加載不出來(lái)虫给，可移步：https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/114952565[https://blog....
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GSEA和GSVA盛垦，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書(shū)里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個(gè)叫msigdbr的包湿弦，就是把MsigDB的那些基因集合都R語(yǔ)言化了。那么以后想做G...
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GTEX的數(shù)據(jù)
UCSCXenaShiny實(shí)現(xiàn)基因表達(dá)的Pancer(泛癌）展示
UCSCXenaShiny包由我和幾位小伙伴共同開(kāi)發(fā)腾夯，如果對(duì)您有幫助請(qǐng)致謝我們颊埃，并引用我們的R包，有什么問(wèn)題也可以給我們反饋蝶俱。網(wǎng)址為https://github.com/op...
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讀《研究是一門藝術(shù)》辛苦地工作班利，但也有探索的喜悅；有些挫折榨呆，但有更多的滿足罗标；有困惑的時(shí)候，但也有信心一切終會(huì)水到渠成积蜻。 這本書(shū)是寫(xiě)給剛?cè)腴T學(xué)術(shù)行業(yè)的研究生看的闯割，類似過(guò)來(lái)人給講一講哪里有糖哪里有坑...
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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讀《科研團(tuán)隊(duì)知識(shí)生產(chǎn)模式研究》讀書(shū)對(duì)我來(lái)說(shuō)是一個(gè)思考的環(huán)境，就像有的朋友隔段時(shí)間想去廟里靜修一會(huì)竿拆，書(shū)籍像是我閑暇時(shí)候的的背景音樂(lè)宙拉，所以往往讀到了什么，讀懂了沒(méi)這些都不是我關(guān)心的丙笋。我關(guān)心的是在這個(gè)過(guò)程中：我...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中的pseudocell又是什么在讀郭老師HCL（）文章的時(shí)候谢澈，有個(gè)概念：Pseudocell煌贴。 Pseudotime才搞明白，Pseudocell又是什么意思啊锥忿，cell還可以Pseudo牛郑？我們來(lái)看一下原...
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軌跡推斷中的細(xì)胞周期軌跡推斷，顧名思義是推斷細(xì)胞分化狀態(tài)的一種方法敬鬓，然而現(xiàn)行的軌跡推斷的方法都不能將周期納入其中淹朋，但是總會(huì)有人這樣想，然后實(shí)現(xiàn)了它列林。 真的還是有幾分的周期的意思，那么它是如何做的...
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PROGENy ||推斷通路活性異常細(xì)胞信號(hào)會(huì)引起癌癥等其他疾病酪惭，并且是常見(jiàn)的治療的靶點(diǎn)希痴。常可以通過(guò)基因的表達(dá)來(lái)推斷某個(gè)信號(hào)通路的活性春感。然而砌创，只考慮基因表達(dá)對(duì)通路的作用往往忽略了翻譯后修飾的作用，并且下游信...
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細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識(shí)以及常見(jiàn)細(xì)胞分泌信號(hào)通路[http://www.reibang.com/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器[https:/...
