組學(xué)分析之ChIP-Seq坑夯，蛋白質(zhì)修飾。這里是佳奧测暗，我們進(jìn)入新一篇章的學(xué)習(xí)！ 首先根據(jù)生信技能樹的課程思維導(dǎo)圖簡要列出實(shí)戰(zhàn)分析的流程： sra-tools：下載測序數(shù)據(jù) fa...
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【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】一、數(shù)據(jù)分析流程 -
【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】二磨澡、軟件安裝和公共數(shù)據(jù)下載這里是佳奧碗啄！ 到了數(shù)據(jù)下載這一步，之前我都是在NCBI上直接用瀏覽器下載稳摄，不過有的數(shù)據(jù)尋找鏈接比較耗時稚字，這一次開始我就使用sratoolkit來下載處理原始數(shù)據(jù)。 1 軟件安...
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pheatmap行標(biāo)簽順序大調(diào)整在科學(xué)論文中，我們經(jīng)常要用到熱圖胆描。我們在熱圖在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用比較系統(tǒng)地介紹了熱圖的一般規(guī)則瘫想。但是在實(shí)際操作中還是會遇到一些細(xì)節(jié)問題，如標(biāo)簽順序昌讲。 我們知道一個好的熱圖...
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謝謝分享国夜！
?RSS指數(shù)及regulon細(xì)胞類型特異性
RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡(luò)CSI評估基因關(guān)聯(lián)性及regulon聚類模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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RSS指數(shù)及regulon細(xì)胞類型特異性RSS特異性指數(shù) ??繼前一篇帖子[網(wǎng)絡(luò)CSI評估基因關(guān)聯(lián)性及regulon聚類模塊化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...
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pyscenic | 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析，原理圖文詳解pyscenic做為scenic的python版本短绸，相比R版本實(shí)現(xiàn)了分析速度上的巨大提升车吹，尤其是最耗時的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建步驟。實(shí)測時間如下醋闭，數(shù)據(jù)集1 (4257 cell x ...
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單細(xì)胞 | pySCENIC·轉(zhuǎn)錄因子分析（一）SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一種能夠從單細(xì)胞 RNA-seq 數(shù)據(jù)（S...
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R語言可視化11: (sc)RNAseq 數(shù)據(jù)可視化 - dittoSeqdittoSeq 是一款對單細(xì)胞和批量 RNA 測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和可視化的工具礼搁，提供了多種可視化效果，并且允許自定義目尖。對于單細(xì)胞數(shù)據(jù)，dittoSeq 直接處理在其他軟件包（...
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method='gsva'扎运，方法還是用的gsva瑟曲，沒有用到ssgsea呀
TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）
測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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關(guān)于limma包c(diǎn)ontract martix上誰比誰的問題在進(jìn)行數(shù)據(jù)分析時,limma作為一個功能十分強(qiáng)大的存在,而且3步（1.ImFit; 2.eBayes; 3.topTable）就能完成差異分析。但是在做差異分析的時候limm...
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seurat-AverageExpression()源碼解析前段時間豪治，一個單細(xì)胞分析同行提問洞拨，發(fā)現(xiàn)AverageExpression()和通過aggregate計(jì)算得到的基因表達(dá)均值，兩者的結(jié)果是不一樣的负拟，疑惑問題出在哪里烦衣。 這個問題...
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熱圖去掉聚類樹但是保留聚類
看到這個問題，你可能搜了好多答案掩浙，比如 熱圖如何去掉聚類樹的同時保留聚類的順序花吟？ - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/e...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組GSVA分析更新及可視化很久以前，我們在寫單細(xì)胞分析的時候厨姚，就寫過GSVA分析了衅澈，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能夠分析基因集/通路的活性程度谬墙，具體的原...
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蜂群圖今布，讓組間基因表達(dá)值的比較更優(yōu)雅（R教程）
在文獻(xiàn)中，我們經(jīng)常能夠看到這樣的散點(diǎn)圖拭抬。例如部默，通過RNA-seq或qPCR比較特定基因在不同分組樣本中的整體表達(dá)水平。 與其稱它們?yōu)樯Ⅻc(diǎn)圖造虎，其實(shí)它們是有獨(dú)自名字的—蜂群圖傅蹂。當(dāng)...
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DoHeatmap的優(yōu)化+ComplexHeatmap繪制帶特定基因的單細(xì)胞熱圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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2021-11-06 在monocle2的圖中展示某單個基因的表達(dá)在某篇文獻(xiàn)里面看到這樣的圖片，想在自己的圖里也展示一些marker基因的表達(dá)去monocle的官網(wǎng)上查了一圈累奈，都沒有看到此功能 因此贬派，決定自己畫一下 首先急但，我們需要分析一下m...
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3大差異分析r包：DESeq2、edgeR和limma做差異分析需要的數(shù)據(jù)：表達(dá)矩陣和分組信息TCGA的數(shù)據(jù)只要表達(dá)矩陣就夠了搞乏，因?yàn)槠銽CGA的樣本ID比較特殊波桩，樣本ID的第14和15位是>=10還是<10就代表了這個樣本是正常...
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我覺得這個fastq轉(zhuǎn)換命令有點(diǎn)問題，這些樣本不是單端測序嗎请敦，為什么有--split-3參數(shù)
??【ChIP-seq 實(shí)戰(zhàn)】三镐躲、得到fastq格式測試數(shù)據(jù)
這里是佳奧！ 我們開始轉(zhuǎn)化下載的sra數(shù)據(jù)侍筛。 top查看進(jìn)程萤皂，正在運(yùn)行。 fast-dump進(jìn)程結(jié)束后查看文件匣椰，轉(zhuǎn)化完成裆熙。 下一步就是質(zhì)量控制，我們下一篇再見禽笑！
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2020-01-21 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過濾二代測序數(shù)據(jù)下機(jī)后一般為rawdata僚稿，這時候含有一些低質(zhì)量測序數(shù)據(jù)和街頭污染數(shù)據(jù)，我們要將低質(zhì)量數(shù)據(jù)過濾掉獲得cleandata用于后續(xù)分析蟀伸； 本過程涉及到的軟件 Fast...