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CytoTRACE 原理及代碼解釋CytoTRACE是一款基于單細胞計數(shù)矩陣推測細胞間活性和細胞間相對分化狀態(tài)的一款軟件邻邮，這里我們結合實際代碼例子磕仅，解釋CytoTRACE的數(shù)學原理： step 1:這一步先將...
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轉載ATAC-Seq析恋、ChIP-Seq良哲、RNA-Seq整合分析
轉自：生信技能樹這是目前發(fā)現(xiàn)不錯的ATAC系列，原作者在簡書也有更新http://www.reibang.com/u/d5b900bea027 ATAC系列連載： ATAC...
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Seurat4.0系列教程22：空間轉錄組的分析助隧、可視化與整合Seurat4.0系列教程告一段落筑凫，但這決不是終點。這個系列教程是給大家打開一扇窗并村，讓大家知道Seurat4.0有這些功能可用巍实，少走彎路。后續(xù)還要自己深入研究哩牍。學棚潦，然后知不足...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 第1章: ArchR基礎入門 這一章將會介紹如何導入數(shù)據(jù)膝昆，如何構建Arrow文件丸边，這是后續(xù)ArchR分...
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單細胞數(shù)據(jù)挖掘實戰(zhàn)：文獻復現(xiàn)（四）細胞比例餅圖單細胞數(shù)據(jù)挖掘實戰(zhàn)：文獻復現(xiàn)（一）批量讀取數(shù)據(jù)[http://www.reibang.com/p/c9da06d451b9]單細胞數(shù)據(jù)挖掘實戰(zhàn)：文獻復現(xiàn)（二）批量創(chuàng)建Seu...
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劉小澤學習組合多個單細胞轉錄組數(shù)據(jù)劉小澤寫于19.10.8前幾天單細胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章：使用seurat3的merge功能整合8個10X單細胞轉錄組樣本這次根據(jù)推送叠必，再結合自己的理解寫一...
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基于R語言繪制VennPlot圖 | 可以繪制大于等于7個類別的碼今天在繪圖時，打算繪制vennplot妹窖，我的第一反應就是使用軟件來繪制纬朝，比如是TBtools工具，以及相關的網(wǎng)站骄呼。這些都是比較方便的共苛，但是有弊端就是這些只能繪制小于等于6個類...
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scRNAseq靈活的點圖繪制：FlexDotPlot單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細胞亞群差異基因火山圖單細胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細胞兩個數(shù)據(jù)集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數(shù)據(jù)集的產生，在它們之間進行比較就顯得非常關鍵蜓萄。一個核心的應用是比較不同實驗室收集的類似生物來源的數(shù)據(jù)集隅茎，以確保...
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單細胞36計
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第07周-時間序列單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析時間序列單細胞轉錄組數(shù)據(jù)分析 文章是: Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport ana...
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Scillus：一個R包解決單細胞數(shù)據(jù)分析的所有美圖說在前面 單細胞數(shù)據(jù)分析發(fā)展到現(xiàn)在越來越平民化了耻蛇，如今對于很多小伙伴來說踪蹬，入門單細胞數(shù)據(jù)分析要比幾年前簡單多了，這主要得利于很多輕便而且一站式的單細胞數(shù)據(jù)分析軟件的使用臣咖，其中...
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Cellrank：細胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細胞分化軌跡的推斷跃捣，想必很多小伙伴第一會想到的是monocle2這個軟件，但是它只能做到oneshot夺蛇，不能捕捉到細胞分化的動態(tài)過程疚漆。另一種高階的算法是RNA速...
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轉錄組分析6——GO/KEGG富集分析莎莎寫于2020.5.2這是5月堅持的第2天，要一直堅持寫啊刁赦，加油! 差異基因的功能注釋和富集分析: ? GO和KEGG富集分析? 基因集富集分析? MsigDB數(shù)據(jù)庫? G...
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復現(xiàn)《Cell》文章圖表：氣泡熱圖展示基因表達+分組添加今天我們來復現(xiàn)一下一篇《cell》文章中的圖標娶聘，圖如下： （Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeut...
