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CytoTRACE 原理及代碼解釋CytoTRACE是一款基于單細(xì)胞計(jì)數(shù)矩陣推測(cè)細(xì)胞間活性和細(xì)胞間相對(duì)分化狀態(tài)的一款軟件塌碌，這里我們結(jié)合實(shí)際代碼例子，解釋CytoTRACE的數(shù)學(xué)原理： step 1:這一步先將...
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周運(yùn)來，男秕噪，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥钳降，穩(wěn)健，瀟灑腌巾，大方遂填，靠譜。一段生信緣澈蝙，一棵技能樹吓坚。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人灯荧，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者礁击，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家建车。
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轉(zhuǎn)載ATAC-Seq看彼、ChIP-Seq卧斟、RNA-Seq整合分析
轉(zhuǎn)自：生信技能樹這是目前發(fā)現(xiàn)不錯(cuò)的ATAC系列社搅，原作者在簡(jiǎn)書也有更新http://www.reibang.com/u/d5b900bea027 ATAC系列連載： ATAC...
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Seurat4.0系列教程22：空間轉(zhuǎn)錄組的分析、可視化與整合Seurat4.0系列教程告一段落更耻，但這決不是終點(diǎn)测垛。這個(gè)系列教程是給大家打開一扇窗，讓大家知道Seurat4.0有這些功能可用秧均，少走彎路食侮。后續(xù)還要自己深入研究。學(xué)目胡，然后知不足...
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使用ArchR分析單細(xì)胞ATAC-seq數(shù)據(jù)(第一章)本文首發(fā)于我的個(gè)人博客锯七， http://xuzhougeng.top/ 第1章: ArchR基礎(chǔ)入門 這一章將會(huì)介紹如何導(dǎo)入數(shù)據(jù)，如何構(gòu)建Arrow文件誉己，這是后續(xù)ArchR分...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（四）細(xì)胞比例餅圖單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（一）批量讀取數(shù)據(jù)[http://www.reibang.com/p/c9da06d451b9]單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘?qū)崙?zhàn)：文獻(xiàn)復(fù)現(xiàn)（二）批量創(chuàng)建Seu...
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劉小澤學(xué)習(xí)組合多個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)劉小澤寫于19.10.8前幾天單細(xì)胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章：使用seurat3的merge功能整合8個(gè)10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣本這次根據(jù)推送眉尸，再結(jié)合自己的理解寫一...
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基于R語言繪制VennPlot圖 | 可以繪制大于等于7個(gè)類別的碼今天在繪圖時(shí)，打算繪制vennplot巨双，我的第一反應(yīng)就是使用軟件來繪制噪猾，比如是TBtools工具，以及相關(guān)的網(wǎng)站筑累。這些都是比較方便的袱蜡，但是有弊端就是這些只能繪制小于等于6個(gè)類...
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scRNAseq靈活的點(diǎn)圖繪制：FlexDotPlot單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細(xì)胞亞群差異基因火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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單細(xì)胞兩個(gè)數(shù)據(jù)集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數(shù)據(jù)集的產(chǎn)生，在它們之間進(jìn)行比較就顯得非常關(guān)鍵慢宗。一個(gè)核心的應(yīng)用是比較不同實(shí)驗(yàn)室收集的類似生物來源的數(shù)據(jù)集坪蚁，以確保...
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單細(xì)胞36計(jì)
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第07周-時(shí)間序列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析時(shí)間序列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析 文章是: Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport ana...
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Scillus：一個(gè)R包解決單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的所有美圖說在前面 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析發(fā)展到現(xiàn)在越來越平民化了缅茉，如今對(duì)于很多小伙伴來說嘴脾，入門單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析要比幾年前簡(jiǎn)單多了，這主要得利于很多輕便而且一站式的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析軟件的使用蔬墩，其中...
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Cellrank：細(xì)胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細(xì)胞分化軌跡的推斷译打，想必很多小伙伴第一會(huì)想到的是monocle2這個(gè)軟件，但是它只能做到oneshot筹我，不能捕捉到細(xì)胞分化的動(dòng)態(tài)過程。另一種高階的算法是RNA速...
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轉(zhuǎn)錄組分析6——GO/KEGG富集分析莎莎寫于2020.5.2這是5月堅(jiān)持的第2天帆离，要一直堅(jiān)持寫啊蔬蕊，加油! 差異基因的功能注釋和富集分析: ? GO和KEGG富集分析? 基因集富集分析? MsigDB數(shù)據(jù)庫(kù)? G...
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復(fù)現(xiàn)《Cell》文章圖表：氣泡熱圖展示基因表達(dá)+分組添加今天我們來復(fù)現(xiàn)一下一篇《cell》文章中的圖標(biāo)，圖如下： （Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeut...
