學無止境……
發(fā)簡信
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Broad Institue視頻筆記：Variant Calling with HaplotypeCaller這篇筆記是幾個視頻內容的綜合，每個視頻里我只選取了幾張PPT捺檬。主講人舉例了一篇已經(jīng)發(fā)表的文章來進行具體的流程分析。這篇文章里的外顯子數(shù)據(jù)分析基本是一個比較標準的流程兑牡。樣品是來...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心鞋真，又辜負了努力
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淺淺的學習歷程<br>生信新手特幔，打工人，搬運工闸昨。<br>像王子文一樣財務自由蚯斯，才可實現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致，才可實現(xiàn)職業(yè)自由
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10X單細胞軌跡分析之回顧清明節(jié)了狈蚤，放假期間好好放松一下自己，但是我仍然記得大學老師說過的一句話募疮，放假休息的同時炫惩，總結過去，展望以后阿浓，所以說假期是一個承前啟后的時間段他嚷，今天我們不講新的東西，而是回顧一...
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【r<-包】管理你的R包——pacman包介紹
Tyler W. Rinker & Dason Kurkiewicz翻譯：詩翔 pacman包是一個整合了基礎包library相關函數(shù)的包退敦，用于更方便地對R包進行管理粘咖。該包可...
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WGS分析筆記（3）—— bam文件的處理??上一篇記錄了mapping這一步的軟件選擇瓮下，也講到了對于sam文件如何考慮MAPQ的過濾翰铡，這篇我主要想記錄一下bam文件在進行call variation之前的處理。??...
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WGS分析筆記（4）—— Call SNVs/indels??最近一直忙期末匯報和腳本編寫胀葱，沒來的及接著往下寫文章漠秋，年前把這一塊寫了，然后再往下的分析流程就比較特異性了抵屿，做一步寫一步那種庆锦，相對于這種已經(jīng)常規(guī)化的流程（除了一些細節(jié)上的...
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bcftools 替代samtools 產(chǎn)生vcf
使用samtools 1.10 發(fā)現(xiàn)不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call 中有 -c -m 參數(shù) 理解是 -c 用來call...
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【RNA-seq自學4】樣品分析之質量評估MultiQC及結果分析multiqc可以整合其它軟件的報告的軟件朝群，能將fastqc生成的多個報告整合成一個報告的軟件，這樣能方便的查看所有測序數(shù)據(jù)的質量中符。 MultiQC安裝及運行 安裝： con...
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基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作移步 github 實現(xiàn)目錄跳轉淀散，獲得更好的閱讀體驗 目錄 基因型填充1.1. 問題描述1.2. 技術來源的基因型缺失1.3. 缺失的判斷：缺失率1.4. 基因型缺失的影響1...
