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科研軟件81難之3---GSEA的富集分析原理
滿月拋江第三難 基因集的概念GSEA全稱Gene Set Enrichment Analysis，GSVA全稱Gene Set Variation Analysis，它們都是...
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2022-03-20 GSEA 分析（一）GSEA分析根據(jù)測(cè)序公司返回來的分析數(shù)據(jù)馅闽，打開包含所有基因的數(shù)據(jù)的excel表 在excel 表中先進(jìn)行部分操作 去除不含EntrezID的行际长，通過篩選去掉空的列 只保留ge...
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根據(jù)RNA-seq差異基因進(jìn)行GSEA分析如果你覺得GO或KEGG不夠解釋，或許可以試試GSEA 具體內(nèi)容參考這篇[https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/deta...
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使用log2FC排序的基因集進(jìn)行GSEA分析目前做GSEA主要有兩種辦法析命，一種是使用GSEA的java軟件主卫，另一種是使用R語言包逃默，當(dāng)時(shí)還有在線的工具做GSEA的數(shù)據(jù)也有兩種，一種是有基因表達(dá)矩陣和分組簇搅，另一種是使用兩列...
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一文讀懂：基因的功能富集分析富集分析 基因富集分析（gene set enrichment analysis）是在一組基因或蛋白中找到一類過表達(dá)的基因或蛋白完域。研究方法可分為三種：Over-Repress...
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R筆記之ggplot2畫圖ggplot2繪圖理念 圖形系統(tǒng)的核心理念是把繪圖與數(shù)據(jù)分離，把數(shù)據(jù)相關(guān)的繪圖與數(shù)據(jù)無關(guān)的繪圖分離瘩将，按圖層作圖吟税。ggplot2可以把繪圖拆分成多個(gè)圖層，且能夠按照順序創(chuàng)建多重...
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GO泽艘，KEGG，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會(huì)飛視頻（GO镐依，KEGG匹涮，DO富集分析）里的筆記哦~當(dāng)然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的槐壳，自行忽略.... 市面上公...
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怎么不完整
非小細(xì)胞肺癌微環(huán)境免疫模式用以腫瘤分型和病人分層
2021年然低，Leader等人通過目前最大的非小細(xì)胞肺癌的單細(xì)胞測(cè)序和CITE-seq，對(duì)非小細(xì)胞肺癌的微環(huán)境進(jìn)行了多組學(xué)的分析务唐，最終構(gòu)建了一個(gè)包括驅(qū)動(dòng)突變雳攘、新生抗原、免疫狀態(tài)...
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【分享】使用limma喧兄、Glimma和edgeR，RNA-seq數(shù)據(jù)分析易如反掌原文來自這里啊楚，略編輯 摘要 簡(jiǎn)單且高效地分析RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的能力是Bioconductor的核心優(yōu)勢(shì)吠冤。 RNA-seq分析通常從基因水平的序列計(jì)數(shù)開始，涉及到數(shù)據(jù)預(yù)處理特幔，探索...
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R包——maftools 可視化神器背景介紹 隨著癌癥基因組學(xué)的進(jìn)步咨演，突變注釋格式（MAF）被廣泛接受并用于存儲(chǔ)檢測(cè)到的體細(xì)胞變體。 癌癥基因組圖譜項(xiàng)目對(duì)30多種不同的癌癥進(jìn)行了測(cè)序蚯斯，每種癌癥類型的樣本量超過2...
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腫瘤突變負(fù)荷計(jì)算0.腫瘤突變負(fù)荷(TMB)[http://222.70.95.243:6893/files/TMB/TMB.html#%E8%82%BF%E7%98%A4%E7%AA%81%...
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TCGA腫瘤突變負(fù)荷分析TCGA snp數(shù)據(jù)分析總結(jié)[https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1619136053&ver=3025&signatur...
