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科研軟件81難之3---GSEA的富集分析原理
滿月拋江第三難 基因集的概念GSEA全稱Gene Set Enrichment Analysis，GSVA全稱Gene Set Variation Analysis鳄逾，它們都是...
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2022-03-20 GSEA 分析（一）GSEA分析根據(jù)測序公司返回來的分析數(shù)據(jù)，打開包含所有基因的數(shù)據(jù)的excel表 在excel 表中先進行部分操作 去除不含EntrezID的行灵莲，通過篩選去掉空的列 只保留ge...
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根據(jù)RNA-seq差異基因進行GSEA分析如果你覺得GO或KEGG不夠解釋雕凹，或許可以試試GSEA 具體內(nèi)容參考這篇[https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/deta...
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使用log2FC排序的基因集進行GSEA分析目前做GSEA主要有兩種辦法，一種是使用GSEA的java軟件政冻，另一種是使用R語言包枚抵，當時還有在線的工具做GSEA的數(shù)據(jù)也有兩種，一種是有基因表達矩陣和分組明场，另一種是使用兩列...
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一文讀懂：基因的功能富集分析富集分析 基因富集分析（gene set enrichment analysis）是在一組基因或蛋白中找到一類過表達的基因或蛋白汽摹。研究方法可分為三種：Over-Repress...
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R筆記之ggplot2畫圖ggplot2繪圖理念 圖形系統(tǒng)的核心理念是把繪圖與數(shù)據(jù)分離，把數(shù)據(jù)相關的繪圖與數(shù)據(jù)無關的繪圖分離苦锨，按圖層作圖逼泣。ggplot2可以把繪圖拆分成多個圖層，且能夠按照順序創(chuàng)建多重...
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GO廓鞠，KEGG，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會飛視頻（GO谣旁，KEGG，DO富集分析）里的筆記哦~當然有的地方加上的是我自己的理解滋早，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的榄审，自行忽略.... 市面上公...
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怎么不完整
非小細胞肺癌微環(huán)境免疫模式用以腫瘤分型和病人分層
2021年，Leader等人通過目前最大的非小細胞肺癌的單細胞測序和CITE-seq杆麸，對非小細胞肺癌的微環(huán)境進行了多組學的分析搁进，最終構建了一個包括驅動突變浪感、新生抗原、免疫狀態(tài)...
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【分享】使用limma峻堰、Glimma和edgeR，RNA-seq數(shù)據(jù)分析易如反掌原文來自這里盅视，略編輯 摘要 簡單且高效地分析RNA測序數(shù)據(jù)的能力是Bioconductor的核心優(yōu)勢捐名。 RNA-seq分析通常從基因水平的序列計數(shù)開始，涉及到數(shù)據(jù)預處理闹击，探索...
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R包——maftools 可視化神器背景介紹 隨著癌癥基因組學的進步镶蹋，突變注釋格式（MAF）被廣泛接受并用于存儲檢測到的體細胞變體。 癌癥基因組圖譜項目對30多種不同的癌癥進行了測序赏半，每種癌癥類型的樣本量超過2...
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TCGA腫瘤突變負荷分析TCGA snp數(shù)據(jù)分析總結[https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1619136053&ver=3025&signatur...
