seurat涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟。之前只顧著干活兒括尸，也沒有系統(tǒng)的整理過分析中的具體內(nèi)容雕崩。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子，來梳理一下蜡豹。 1捂齐、讀入數(shù)據(jù)甘桑。 這個(gè)函數(shù)就是根據(jù)輸...
IP屬地：廣西
-
單細(xì)胞seurat包的原理解析 -
10X單細(xì)胞軌跡分析（擬時(shí)分析）之cytotracehello焙贷，大家好撵割，這次我們來分享一下做軌跡分析的軟件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...
-
AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
-
跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細(xì)胞基因評(píng)分|AUCell評(píng)分
更多精彩請(qǐng)至我的公眾號(hào)《KS科研分享與服務(wù)》 第一次接觸基因評(píng)分是在一篇文章中辙芍，也不知道這樣的叫法對(duì)不對(duì)啡彬，作者選定了幾個(gè)炎癥基因，利用seurat包的一個(gè)打分函數(shù)AddMod...
-
AUCell | 識(shí)別單細(xì)胞對(duì)“基因集”的響應(yīng)AUCell可以識(shí)別sc-RNA數(shù)據(jù)中具有活躍基因集或基因模塊的細(xì)胞,即可以將某個(gè)通路的富集情況展現(xiàn)在聚類的細(xì)胞上沸手，從而可以鑒定具有特定基因特征的細(xì)胞群外遇。AUCell使用“A...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用契吉，這兒，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用诡渴，遇到的問題做一個(gè)詳細(xì)的講解說明捐晶，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助菲语。 SC...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程回顧一下：什么是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)？ 細(xì)胞異質(zhì)性是生物組織的普遍特征惑灵。由于傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)技術(shù)的測序水平是在個(gè)體或群體水平上對(duì)數(shù)萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序山上，因...
-
Nature Communications最新項(xiàng)目文章 ｜小膠質(zhì)細(xì)胞在小鼠脊髓修復(fù)過程中協(xié)調(diào)細(xì)胞相互作用2022年7月14日，來自俄亥俄州立大學(xué)的 Phillip G Popovich 團(tuán)隊(duì)在《Nature Communications》上發(fā)表了題為“Microglia coo...
-
IF 41英支！腫瘤單細(xì)胞研究新思路：乳腺癌中新巨噬細(xì)胞類群發(fā)現(xiàn)與研究在我國佩憾，乳腺癌發(fā)病率呈逐漸上升趨勢，是嚴(yán)重危害婦女健康的惡性腫瘤干花。巨噬細(xì)胞是乳腺癌微環(huán)境的主要細(xì)胞類型妄帘。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞通常具有促癌和免疫抑制功能，與不良預(yù)后相關(guān)池凄，但也有報(bào)道...
