seurat涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟胞枕。之前只顧著干活兒巫延，也沒有系統(tǒng)的整理過分析中的具體內(nèi)容欢揖。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子，來梳理一下丈积。 1穷缤、讀入數(shù)據(jù)夫壁。 這個函數(shù)就是根據(jù)輸...
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單細(xì)胞seurat包的原理解析 -
10X單細(xì)胞軌跡分析（擬時分析）之cytotracehello丹壕，大家好庆械，這次我們來分享一下做軌跡分析的軟件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...
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AUCell：計算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細(xì)胞基因評分|AUCell評分
更多精彩請至我的公眾號《KS科研分享與服務(wù)》 第一次接觸基因評分是在一篇文章中菌赖，也不知道這樣的叫法對不對干奢，作者選定了幾個炎癥基因，利用seurat包的一個打分函數(shù)AddMod...
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AUCell | 識別單細(xì)胞對“基因集”的響應(yīng)AUCell可以識別sc-RNA數(shù)據(jù)中具有活躍基因集或基因模塊的細(xì)胞,即可以將某個通路的富集情況展現(xiàn)在聚類的細(xì)胞上盏袄，從而可以鑒定具有特定基因特征的細(xì)胞群忿峻。AUCell使用“A...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用辕羽，這兒逛尚，針對我自己對SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問題做一個詳細(xì)的講解說明刁愿，希望能對大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助绰寞。 SC...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程回顧一下：什么是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)？ 細(xì)胞異質(zhì)性是生物組織的普遍特征铣口。由于傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)技術(shù)的測序水平是在個體或群體水平上對數(shù)萬個細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序滤钱，因...
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Nature Communications最新項目文章 ｜小膠質(zhì)細(xì)胞在小鼠脊髓修復(fù)過程中協(xié)調(diào)細(xì)胞相互作用2022年7月14日，來自俄亥俄州立大學(xué)的 Phillip G Popovich 團(tuán)隊在《Nature Communications》上發(fā)表了題為“Microglia coo...
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IF 41脑题！腫瘤單細(xì)胞研究新思路：乳腺癌中新巨噬細(xì)胞類群發(fā)現(xiàn)與研究在我國件缸，乳腺癌發(fā)病率呈逐漸上升趨勢，是嚴(yán)重危害婦女健康的惡性腫瘤叔遂。巨噬細(xì)胞是乳腺癌微環(huán)境的主要細(xì)胞類型他炊。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞通常具有促癌和免疫抑制功能，與不良預(yù)后相關(guān)已艰，但也有報道...
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8.4分哩掺，基于M2巨噬細(xì)胞相關(guān)基因的分型文章凿叠，可結(jié)合單細(xì)胞對本文進(jìn)一步升級！生信小課堂 本文的思路是通過WGCNA分析識別了某種免疫細(xì)胞相關(guān)的marker基因嚼吞，然后利用這些基因進(jìn)行預(yù)后模型的構(gòu)建盒件。事實上，預(yù)后模型的文章已經(jīng)不好發(fā)了誊薄，甚至有的審稿人看到...
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七福飲：（白叔）遠(yuǎn)歸履恩，當(dāng)?shù)厝顺矗ㄋ釛棧?白術(shù)、遠(yuǎn)志呢蔫、當(dāng)歸切心，熟地黃飒筑、人參、甘草绽昏、酸棗仁 普濟(jì)消毒飲：陳勝巧攔截牛和馬协屡，才將秦（國老）聯(lián)系 =陳皮、（勝=升=升麻）全谤、連翹肤晓、板藍(lán)根...
