@aa3a06a0be54 vxgzh：生命數(shù)據(jù)科學(xué)钥顽》爻澹回復(fù)關(guān)鍵詞有相應(yīng)的Rproject。最近畢業(yè)季邪蛔，暫時不運營平臺急黎，抱歉
3.GEO的ID轉(zhuǎn)換已經(jīng)通關(guān)了如果不太清楚如何挖掘GEO數(shù)據(jù)庫的，可以先看1. 四文搞定GEO數(shù)據(jù)庫轉(zhuǎn)錄組差異分析之簡介[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzk0MDI4M...
該數(shù)據(jù)庫致力于收集、整理和提供規(guī)范化的miRNA命名信息叁熔，為學(xué)術(shù)界提供方便快捷的查詢工具委乌。通過使用這個數(shù)據(jù)庫床牧，研究者能夠迅速找到所需的miRNA在不同數(shù)據(jù)庫中的命名信息荣回，避免...
是的嘞，很有道理戈咳，TCGA臨床原始文件基本到2013年就停止更新了心软，但是GDC后面幾年陸陸續(xù)續(xù)還有更新的隨訪數(shù)據(jù)，其實是不一樣的
TCGA數(shù)據(jù)庫 | 臨床數(shù)據(jù)不僅僅只有clinical.tsv其實經(jīng)常分析TCGA數(shù)據(jù)庫時會發(fā)現(xiàn)著蛙，clinical.tsv中基本沒什么可用信息删铃，大部分?jǐn)?shù)據(jù)都是缺失的，那么踏堡，如何獲取比較全面的臨床數(shù)據(jù)猎唁，有哪些常用方法和數(shù)據(jù)庫，一塊來看看吧...
發(fā)不出來顷蟆，得私信
KEGG數(shù)據(jù)庫 | 通路結(jié)果分類展示在做完KEGG通路富集之后诫隅，紛繁復(fù)雜的通路映入眼簾，略微有些雜亂無章帐偎，缺乏一個有序的排列逐纬，因此，本推送依據(jù)KEGG一級類目削樊，將不同的通路歸納總結(jié)豁生，分類排列，使結(jié)果更加規(guī)整漫贞，幫...
好久不見， 最近一直沒更新迅脐， 日更幻想破滅了摇肌， 不過還是很開心， 建庫成功了 建庫背景： 又逢一年畢業(yè)季仪际， 每次引文都要一篇一篇復(fù)制粘貼去Pubmed或者谷歌學(xué)術(shù)上查围小， 再復(fù)...
手敲一篇推文，昨天搭了個數(shù)據(jù)庫树碱，主要用于存放和檢索PubMed中出現(xiàn)過的數(shù)據(jù)庫~ 地址： https://haoran-chen.shinyapps.io/Database_...
其實經(jīng)常分析TCGA數(shù)據(jù)庫時會發(fā)現(xiàn)肯适，clinical.tsv中基本沒什么可用信息，大部分?jǐn)?shù)據(jù)都是缺失的成榜，那么框舔，如何獲取比較全面的臨床數(shù)據(jù)，有哪些常用方法和數(shù)據(jù)庫，一塊來看看吧...
在STRING數(shù)據(jù)庫中提交基因刘绣，獲取PPI網(wǎng)絡(luò)是比較常規(guī)的操作樱溉，包括下游使用cytoscape進(jìn)行美化和hub網(wǎng)絡(luò)的提取，但過程還是比較麻煩纬凤，本期介紹通過R語言來挖掘STRI...
今天又是學(xué)習(xí)的一天恋技，學(xué)習(xí)了用R自制服務(wù)器生信小程序拇舀，想想以前實習(xí)學(xué)了兩周的perl，真是時光催人老蜻底。 其實想要把R腳本變成鍵入式的小程序也很簡單骄崩，只需在R腳本下添加參數(shù)： 然...
在GEO檢索時，總能見到一些奇怪命名的樣本薄辅，這或許與測序時的脫敏相關(guān)要拂，但這也給后續(xù)數(shù)據(jù)使用時的篩選帶來不便，本期主要介紹一個數(shù)據(jù)庫长搀，能大大提高樣本篩選時的效率 1. 擬解決的...
本系列主要定期集中記錄一些實用的生信操作 1. 第一列作為行名宇弛，構(gòu)建數(shù)值矩陣 假如我剛讀取了一個表達(dá)譜矩陣gene_exp，第一列為基因名源请，其余列為基因表達(dá)量 然后就可以將第...
我個人看法舅踪，不一定對哈，首先良蛮，GSEA和GSVA不是一回事抽碌，不能放在一起說。 GSVA主要是通過感興趣的基因集來劃分樣本决瞳，有樣本基因表達(dá)譜和一個感興趣的基因集的情況下選GSV...
基線表顯示了研究中包含的研究對象的特征。根據(jù)研究設(shè)計皮胡，它們可能有特定目的痴颊，但通常它們顯示所包含的人群是否符合研究的資格標(biāo)準(zhǔn)。它們還表明結(jié)果可以推廣到哪些人群屡贺。在病例對照研究中...
前段時間，Rstudio宣布了更新泻仙，同時也改名成了Posit糕再，功能更新的不多，但這個趨勢確實給了我們一個提醒玉转，同時對于有作圖需求的小伙伴突想，我覺得還是很有幫助的~ 安裝地址：h...
