scHLAcount允許我們使用個性化的參考基因組計算HLA I類基因HLA-A、B和C的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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IP屬地：廣西
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單細(xì)胞HLA分型工具 scHLAcount -
下載GEO數(shù)據(jù)，R語言-做個基因的差異分析并且畫個熱圖展示1、下載GSE115850數(shù)據(jù) 2环疼、讀取數(shù)據(jù)且處理數(shù)據(jù)蹋嵌，數(shù)據(jù)格式是這樣的： 接下來是要把行名改成基因名芽隆，又因為行名只能是唯一的不能有重復(fù)询微，所以要把多個Ensembl對應(yīng)的同一...
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R語言分析1：RNA-seq的批次效應(yīng)校正批次效應(yīng)（batch effect）崖瞭，表示樣品在不同批次中處理和測量產(chǎn)生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關(guān)的技術(shù)差異。其既可能來自實驗撑毛，也可能是來自分析流程书聚。實驗中樣品收集、...
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sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測量結(jié)果中的一部分藻雌，它們因為實驗條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式雌续，并且與我們研究的變量沒有關(guān)系。不同平臺的數(shù)據(jù)胯杭，同一平臺的不同時期的數(shù)據(jù)西雀，同一個樣品不同試劑...
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使用Palantir進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分化發(fā)育軌跡推斷的算法，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上歉摧。Palantir將細(xì)胞分化模擬為一個隨機的過程...
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擬時分析軟件Palantir今天給大家分享一個用于擬時分析的軟件Palantir艇肴，當(dāng)然，目前擬時分析的軟件已經(jīng)有很多了叁温，至于哪個適合于你再悼，就要看你的目的和結(jié)果是否符合你的預(yù)期了。Palantir是202...
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使用Palantir進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分化發(fā)育軌跡推斷的算法膝但，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上冲九。Palantir將細(xì)胞分化模擬為一個隨機的過程...
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從Scanpy的Anndata對象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對象轉(zhuǎn)成Seurat對象 h5文件讀寫 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.reibang.com/p/48a6886...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
