請(qǐng)問(wèn)有小鼠的腫瘤免疫浸潤(rùn)基因集嗎？
干貨分享|使用ssGSEA分析腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞上次的干貨分享我們給大家介紹的是如何利用TIDE預(yù)測(cè)腫瘤免疫逃逸（推文鏈接）次慢，本期推文更加重磅趴生，我們將給大家詳細(xì)講解生信文章免疫分析必做的——腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞。 在學(xué)習(xí)腫瘤浸...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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獨(dú)立開(kāi)發(fā)者讼昆，終身學(xué)習(xí)者蒙袍，喜歡交朋友，歡迎討論玄坦，共同成長(zhǎng)血筑，一起進(jìn)步。
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單細(xì)胞HLA分型工具 scHLAcountscHLAcount允許我們使用個(gè)性化的參考基因組計(jì)算HLA I類基因HLA-A煎楣、B和C的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)豺总；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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請(qǐng)問(wèn)這款軟件可以做BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的HLA分型分析嗎
scHLAcount || 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組HLA等位基因分析
scHLAcount允許我們使用個(gè)性化的參考基因組計(jì)算HLA I類基因HLA-A、B和C的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)择懂；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA...
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請(qǐng)問(wèn)這個(gè)工具可以做BD Rhasody的HLA分型分析嗎
單細(xì)胞HLA分型工具 scHLAcount
scHLAcount允許我們使用個(gè)性化的參考基因組計(jì)算HLA I類基因HLA-A喻喳、B和C的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列數(shù)據(jù)中的分子數(shù)；和HLA II類基因DPA1, DPB1, DRA1...
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想請(qǐng)問(wèn)一下困曙，兩個(gè)測(cè)序細(xì)胞量表伦，測(cè)序深度有很大差異的單細(xì)胞數(shù)據(jù)想要合并在一起，這個(gè)推薦用什么整合方法呢慷丽？如果我先分別各自標(biāo)準(zhǔn)化蹦哼，再進(jìn)行直接merge，可以嘛要糊？
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@5dfe154afb28 請(qǐng)問(wèn)你解決了嗎纲熏？我現(xiàn)在也是有兩套數(shù)據(jù)集，其中一套只提供了標(biāo)準(zhǔn)化之后的矩陣锄俄，另一套數(shù)據(jù)是原始counts局劲，但我想比較兩套數(shù)據(jù)集中某些基因的表達(dá)水平高低，請(qǐng)問(wèn)可以比較嗎奶赠？
單細(xì)胞測(cè)序-scRNA-seq數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化處理
我們都知道鱼填，從數(shù)據(jù)質(zhì)控開(kāi)始已經(jīng)進(jìn)入了scRNA分析階段，在這個(gè)階段開(kāi)始測(cè)試代碼毅戈，進(jìn)行實(shí)操是很重要的苹丸。測(cè)試過(guò)程中出現(xiàn)的各種問(wèn)題可能成為你學(xué)習(xí)路上的攔路虎塑猖。作圖丫為大家總結(jié)單細(xì)胞...
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@Chen_7867 您好，我遇到了同樣的問(wèn)題谈跛，請(qǐng)問(wèn)您解決這個(gè)問(wèn)題了嗎羊苟？
（二）單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之?dāng)?shù)據(jù)質(zhì)控與歸一化
如果大家沒(méi)有自己的數(shù)據(jù)或者沒(méi)有選到合適的數(shù)據(jù)集的話，可以直接拿示例數(shù)據(jù)（10X官網(wǎng)演示數(shù)據(jù)）就行了感憾。10X官網(wǎng)里多個(gè)演示數(shù)據(jù)：https://support.10xgenom...
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您好蜡励，我在啟用交互式的SpatialDimPlot圈定特定區(qū)域的細(xì)胞時(shí)，右上角并沒(méi)有顯示縮放裁剪等工具阻桅，所以沒(méi)辦法選中特定區(qū)域只能看單獨(dú)的spot凉倚，請(qǐng)問(wèn)這是什么原因呢？是shiny或者rstudio的問(wèn)題嗎嫂沉？我使用了Seurat v5和shiny v1.8.0
Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展稽寒，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時(shí)代，作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時(shí)俱進(jìn)趟章，也相應(yīng)地開(kāi)發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)杏糙，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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您好，我在啟用交互式的SpatialDimPlot圈定特定區(qū)域的細(xì)胞時(shí)蚓土，右上角并沒(méi)有顯示縮放裁剪等工具宏侍，所以沒(méi)辦法選中特定區(qū)域只能看單獨(dú)的spot，請(qǐng)問(wèn)這是什么原因呢蜀漆？是shiny的問(wèn)題嗎
【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實(shí)操
舊號(hào)無(wú)故被封谅河，小號(hào)再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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下載GEO數(shù)據(jù)，R語(yǔ)言-做個(gè)基因的差異分析并且畫個(gè)熱圖展示1确丢、下載GSE115850數(shù)據(jù) 2绷耍、讀取數(shù)據(jù)且處理數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)格式是這樣的： 接下來(lái)是要把行名改成基因名鲜侥，又因?yàn)樾忻荒苁俏ㄒ坏牟荒苡兄貜?fù)褂始，所以要把多個(gè)Ensembl對(duì)應(yīng)的同一...
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R語(yǔ)言分析1：RNA-seq的批次效應(yīng)校正批次效應(yīng)（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測(cè)量產(chǎn)生的與試驗(yàn)期間記錄的任何生物變異無(wú)關(guān)的技術(shù)差異剃毒。其既可能來(lái)自實(shí)驗(yàn)病袄，也可能是來(lái)自分析流程搂赋。實(shí)驗(yàn)中樣品收集赘阀、...
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君子之心事宋欺，天青日白轰豆；不可使人不知胰伍；君子之才華，玉韞珠藏酸休，不可使人易知骂租。
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sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測(cè)量結(jié)果中的一部分，它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式斑司，并且與我們研究的變量沒(méi)有關(guān)系渗饮。不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)，同一平臺(tái)的不同時(shí)期的數(shù)據(jù)宿刮，同一個(gè)樣品不同試劑...
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請(qǐng)問(wèn)可以用log2（TPM+1）進(jìn)行批次矯正分析嗎
sva ComBat去除GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)
批次效應(yīng) 批次效應(yīng)是測(cè)量結(jié)果中的一部分互站，它們因?yàn)閷?shí)驗(yàn)條件的不同而具有不同的表現(xiàn)形式，并且與我們研究的變量沒(méi)有關(guān)系僵缺。不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)胡桃，同一平臺(tái)的不同時(shí)期的數(shù)據(jù)，同一個(gè)樣品不同試劑...
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從per base sequence content的結(jié)果來(lái)看是5‘端有接頭磕潮，請(qǐng)問(wèn)為什么沒(méi)有進(jìn)行切除接頭的分析呢翠胰？這樣對(duì)后續(xù)分析會(huì)有影響嗎？
測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控 2023-03-16
原先就想仔細(xì)研究一下fastqc和fastp的質(zhì)控報(bào)告自脯，對(duì)比一下到底有多大區(qū)別亡容。正好現(xiàn)在對(duì)一個(gè)公開(kāi)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，還正好發(fā)現(xiàn)質(zhì)控前后有明顯的指標(biāo)變化冤今。（SRR5809347）首...
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你好闺兢，我的reads在質(zhì)控之前都是150bp，遇到了和您一樣的質(zhì)控不過(guò)關(guān)的情況戏罢，于是我也去除了3’端12個(gè)bp的序列以及去除重復(fù)序列屋谭，之后reads的長(zhǎng)度不做要求的話，長(zhǎng)度變成在1-135bp之間了龟糕，請(qǐng)問(wèn)這種情況是為什么呀桐磁，過(guò)短的序列對(duì)后續(xù)分析有影響嗎？
轉(zhuǎn)錄組質(zhì)控
質(zhì)控過(guò)濾軟件有cutadapte trimmomatic trim_galore fastp 等讲岁，在選擇對(duì)數(shù)據(jù)處理的軟件時(shí)我擂，要根據(jù)質(zhì)控結(jié)果選擇最優(yōu)的。 剛開(kāi)始對(duì)轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)...
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使用Palantir進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析
Palantir是一種對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分化發(fā)育軌跡推斷的算法缓艳，于2019年發(fā)表在Nature Biotechnology上校摩。Palantir將細(xì)胞分化模擬為一個(gè)隨機(jī)的過(guò)程...
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擬時(shí)分析軟件Palantir今天給大家分享一個(gè)用于擬時(shí)分析的軟件Palantir，當(dāng)然阶淘，目前擬時(shí)分析的軟件已經(jīng)有很多了衙吩，至于哪個(gè)適合于你，就要看你的目的和結(jié)果是否符合你的預(yù)期了溪窒。Palantir是202...
