報(bào)錯(cuò)無(wú)法構(gòu)建SimpleITK包 處理辦法比較簡(jiǎn)單，安裝一個(gè)較低版本的SimpleITK即可欢顷，實(shí)測(cè)1.2.4可用槽棍。 該報(bào)錯(cuò)處理過(guò)程來(lái)自CSDN博主@荷花姨[https://b...
IP屬地：北京
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Python安裝pyradiomics報(bào)錯(cuò) -
【影像組學(xué)從0單排】如何處理shape長(zhǎng)度大于3的圖像處理大量醫(yī)學(xué)影像的時(shí)候，可能會(huì)夾雜一些非CT或者M(jìn)RI的影像，從而導(dǎo)致批量的循環(huán)報(bào)錯(cuò)刹泄，比如在一堆CT中摻雜了一個(gè)重建圖像： 通過(guò)讀取文件的header可以看到nii的shap...
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Python中merge函數(shù)的用法
示例代碼如下： 輸出的結(jié)果如下： 總結(jié)一下外里，內(nèi)連接就是取交集，外連接取并集特石，左連接和右連接是按其中某個(gè)的行去merge。
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哪一步出的錯(cuò)鳖链？哪個(gè)函數(shù)姆蘸？
R語(yǔ)言ESTIMATE包報(bào)錯(cuò)
在運(yùn)行ESTIMATE包的時(shí)候，需要先把表達(dá)矩陣輸出成txt芙委，然后運(yùn)行filterCommonGenes函數(shù)逞敷，轉(zhuǎn)換成gct文件，在轉(zhuǎn)換這一步總是報(bào)錯(cuò)灌侣，錯(cuò)誤提示是： 排除了變量...
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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析-上游分析一推捐、認(rèn)識(shí)轉(zhuǎn)錄組 RNA作為基因組和蛋白質(zhì)組之間的鏈接部分，是分子生物學(xué)中獨(dú)特的核心活動(dòng)侧啼。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是分析某一組織中的全部RNA的表達(dá)量牛柒，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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python安裝導(dǎo)入openslide報(bào)錯(cuò)做病理組學(xué)研究，需要安裝和導(dǎo)入openslide包痊乾，但是這個(gè)包比較特殊皮壁，安裝起來(lái)比較麻煩。記錄如下哪审。 安裝 最開(kāi)始通過(guò)conda安裝蛾魄，換了幾個(gè)channel都沒(méi)有找到，最后只...
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掃描服務(wù)器上未占用的端口并用于python
掃描端口 下載好Xshell后湿滓，再下載安裝一個(gè)nmap插件滴须。下載地址： 安裝完成后，打開(kāi)shell叽奥，不用登錄服務(wù)器扔水，直接在本地運(yùn)行命令 -p 參數(shù)在nmap里意思是掃描指定的...
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在服務(wù)器上新建python環(huán)境并使用jupyterlab
連接服務(wù)器 通過(guò)xshell連接到服務(wù)器。 配置環(huán)境并安裝依賴(lài) 在xshell中新建一個(gè)環(huán)境 創(chuàng)建完環(huán)境后而线，需要執(zhí)行conda init命令來(lái)初始化shell铭污，隨后注銷(xiāo)并重新...
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@凡夫俗子張之維 你要不就在重采樣的image上勾畫(huà)，要不就勾畫(huà)完之后把mask和image再配準(zhǔn)一下
pyradiomics報(bào)錯(cuò)“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一個(gè)新報(bào)錯(cuò)膀篮，記錄一下還是在提取特征的時(shí)候嘹狞，彈出了報(bào)錯(cuò)： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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@凡夫俗子張之維 你這個(gè)好像是mask和image沒(méi)配準(zhǔn)？
pyradiomics報(bào)錯(cuò)“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一個(gè)新報(bào)錯(cuò)誓竿，記錄一下還是在提取特征的時(shí)候磅网，彈出了報(bào)錯(cuò)： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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@zzg_60df 我也是校園網(wǎng)，但是沒(méi)掛梯子筷屡，如果是這樣的話(huà)涧偷，會(huì)不會(huì)是包的原因簸喂？您這個(gè)curl包的版本號(hào)是多少？要不要考慮把這個(gè)包卸了重新裝一下燎潮？如果還是解決不了喻鳄，并且您不嫌麻煩的話(huà)，不妨試一下把R确封、Rstudio和Rtools全都卸掉重新裝一遍除呵，之前我KEGG報(bào)錯(cuò)一直解決不了，重新卸了所有依賴(lài)包爪喘，清空了所有緩存颜曾，從頭開(kāi)始裝，最后搞定了秉剑，我水平有限只能想到這個(gè)笨辦法了哈哈
R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事泛豪，公司給了新一批的數(shù)據(jù)，但是批次效應(yīng)比較重侦鹏，需要去批次诡曙。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值种柑，但是counts在很多分析里不能直接用岗仑，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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@zzg_60df 我今天試了一下聚请，沒(méi)有遇到您這個(gè)報(bào)錯(cuò)荠雕，不過(guò)我的host是ensemble.org，具體代碼如下：
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
您能用瀏覽器打開(kāi)ensemble.org么驶赏？是校園網(wǎng)么炸卑？R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)煤傍，但是批次效應(yīng)比較重盖文，需要去批次。去批次之后蚯姆，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值五续，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm龄恋。目...
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是哪一步報(bào)錯(cuò)的呢疙驾？好奇怪啊這個(gè)報(bào)錯(cuò)
R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事，公司給了新一批的數(shù)據(jù)郭毕，但是批次效應(yīng)比較重它碎，需要去批次。去批次之后，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值扳肛，但是counts在很多分析里不能直接用傻挂，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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R語(yǔ)言biomart包獲取小鼠的基因長(zhǎng)度
接上回的故事挖息，公司給了新一批的數(shù)據(jù)金拒，但是批次效應(yīng)比較重，需要去批次旋讹。去批次之后殖蚕，fpkm出現(xiàn)了負(fù)值，但是counts在很多分析里不能直接用沉迹，所以需要counts轉(zhuǎn)fpkm。目...
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R語(yǔ)言讀入表格報(bào)錯(cuò)
師姐發(fā)我新的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)讓我處理害驹，是一個(gè)103M的txt文件鞭呕，我的小電腦跑得慢，就嘗試直接用R讀進(jìn)來(lái)試一下宛官。 但是出現(xiàn)了如下的報(bào)錯(cuò)： 我一開(kāi)始沒(méi)注意看報(bào)錯(cuò)葫松，以為是因?yàn)橛锌罩档脑?..
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生存分析（2）之前寫(xiě)過(guò)生存分析的數(shù)學(xué)相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí)，這次直接使用R語(yǔ)言進(jìn)行生存分析的實(shí)戰(zhàn)演練底洗。 1. 生存分析 導(dǎo)入示例需要的數(shù)據(jù) 看一看這個(gè)數(shù)據(jù)里面都有什么 有這幾項(xiàng)數(shù)據(jù) 這幾項(xiàng)數(shù)據(jù)的含義...
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@cbndufbreijgn 哈哈能幫上忙就最好腋么！
R語(yǔ)言ESTIMATE包報(bào)錯(cuò)
在運(yùn)行ESTIMATE包的時(shí)候，需要先把表達(dá)矩陣輸出成txt亥揖，然后運(yùn)行filterCommonGenes函數(shù)珊擂，轉(zhuǎn)換成gct文件，在轉(zhuǎn)換這一步總是報(bào)錯(cuò)费变，錯(cuò)誤提示是： 排除了變量...
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pyradiomics報(bào)錯(cuò)“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一個(gè)新報(bào)錯(cuò)摧扇，記錄一下還是在提取特征的時(shí)候，彈出了報(bào)錯(cuò)： 關(guān)鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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pyradiomics報(bào)錯(cuò)“Image/Mask geometry mismatch”
在pyradiomics提取特征的過(guò)程中彈出報(bào)錯(cuò)： ValueError: Image/Mask geometry mismatch. Potential fix: incr...