作業(yè)要求: 根據(jù)給定的兩個(gè)數(shù)據(jù)文件genefile.txt(基因表達(dá)譜)和geneid(基因ID號)狮暑,利用熵值評價(jià)各個(gè)基因的表達(dá)穩(wěn)定性,并找出前10個(gè)表達(dá)最不穩(wěn)定的基因(可能...
作業(yè)要求: 根據(jù)給定的兩個(gè)數(shù)據(jù)文件genefile.txt(基因表達(dá)譜)和geneid(基因ID號)狮暑,利用熵值評價(jià)各個(gè)基因的表達(dá)穩(wěn)定性,并找出前10個(gè)表達(dá)最不穩(wěn)定的基因(可能...
數(shù)據(jù)來源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236[https://www.ncbi.nlm.n...
經(jīng)常有小伙伴問如何繪制下圖這樣代謝通路與熱圖的組合圖准给,其中的代謝通路一般都需要經(jīng)過“簡化合并”响巢,而熱圖一般使用通路中部分關(guān)鍵基因的表達(dá)量差異倍數(shù)(Log2FC)進(jìn)行繪制,這樣...
GO和Pathway富集分析是功能分析不可或缺的一部分踪古,GO和Pathway富集分析結(jié)果的展示也是五花八門:條形圖,氣泡圖券腔,山脊圖等等伏穆。由于GO分成三部分:生物過程(Biol...
歡迎關(guān)注R語言數(shù)據(jù)分析指南 最近看到一張非常有意思的圖,暫且稱之為餅狀熱圖,與corrplot所繪制的有所不同此圖使用的為離散型變量纷纫,例圖如下所展示枕扫;由于作者未提供原始數(shù)據(jù),...
title: "m6A-LGG-week1"author: "Hannisal"date: "2020/10/3" 1.TCGA的數(shù)據(jù)下載 用TCGA官網(wǎng)的GDC工具下載辱魁,需...
單細(xì)胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
有一個(gè)問題 如果該R包可以像NMF包extract函數(shù)提取最具代表性的基因就好了
【R>>MOVICS】多組學(xué)+亞型秘密武器MOVICS包整合多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析烟瞧,其安裝的過程太讓人心酸,大家安裝的過程慢慢體會(huì)染簇,下面就來學(xué)習(xí)下這個(gè)由“大魚海棠”老師開發(fā)的R包吧参滴。 1.示例數(shù)據(jù) brca.tcga.R...
怎么在圖中添加標(biāo)簽?謝謝
批量處理——兩基因不同組別中的相關(guān)性相比于網(wǎng)頁工具锻弓,使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢砾赔,在于高度的定制化,以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計(jì)算組間差異[https://www.j...
可以講一下VAE嗎。謝謝
數(shù)據(jù)分析:Autoencoder in R介紹 auoteencoder是深度學(xué)習(xí)的一類算法之一暴心,由encoder, latent space和decoder組成(見下圖)妓盲。 packages train data ...
可以使用shiny或者flask
web前端訪問數(shù)據(jù)庫實(shí)驗(yàn)室的項(xiàng)目搭建了個(gè)web平臺,會(huì)訪問數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)然后用echarts去繪制出統(tǒng)計(jì)圖专普。今天研究了一下前端如何去訪問后臺數(shù)據(jù)庫的悯衬,主要不是學(xué)的Java,對Java的一些類還是不...
跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)策州。”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法宫仗」还遥” DOI: 10.1016/j.cell.2020...
網(wǎng)絡(luò)上幾乎沒有教材,很無奈藕夫,使用異常艱難孽糖,加之作者本身寫的軟件用法也很復(fù)雜,學(xué)界實(shí)在缺乏工匠精神毅贮,很少考慮用戶體驗(yàn)办悟,沒辦法了,只能自己一點(diǎn)一點(diǎn)啃了滩褥。 注:本文代碼參考于生信技...