作業(yè)要求： 根據(jù)給定的兩個(gè)數(shù)據(jù)文件genefile.txt（基因表達(dá)譜）和geneid（基因ID號(hào)）郎楼，利用熵值評(píng)價(jià)各個(gè)基因的表達(dá)穩(wěn)定性蓖扑，并找出前10個(gè)表達(dá)最不穩(wěn)定的基因（可能...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
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1025利用熵評(píng)估基因表達(dá)的不穩(wěn)定性 -
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（二）基因差異分析數(shù)據(jù)來(lái)源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE54236[https://www.ncbi.nlm.n...
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AI | 繪制通路圖與熱圖的組合圖經(jīng)常有小伙伴問(wèn)如何繪制下圖這樣代謝通路與熱圖的組合圖，其中的代謝通路一般都需要經(jīng)過(guò)“簡(jiǎn)化合并”橘蜜，而熱圖一般使用通路中部分關(guān)鍵基因的表達(dá)量差異倍數(shù)（Log2FC）進(jìn)行繪制，這樣...
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一圖五維聯(lián)合展示GO唆姐、Pathway富集分析結(jié)果GO和Pathway富集分析是功能分析不可或缺的一部分狡门，GO和Pathway富集分析結(jié)果的展示也是五花八門(mén)：條形圖，氣泡圖搀捷，山脊圖等等星掰。由于GO分成三部分：生物過(guò)程（Biol...
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ggplot2優(yōu)雅的繪制餅狀熱圖歡迎關(guān)注R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南 最近看到一張非常有意思的圖，暫且稱(chēng)之為餅狀熱圖,與corrplot所繪制的有所不同此圖使用的為離散型變量，例圖如下所展示氢烘；由于作者未提供原始數(shù)據(jù)怀偷，...
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m6A-lncRNA week01
title: "m6A-LGG-week1"author: "Hannisal"date: "2020/10/3" 1.TCGA的數(shù)據(jù)下載 用TCGA官網(wǎng)的GDC工具下載，需...
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單細(xì)胞RunPCA()結(jié)果解讀+DimHeatmap的用法單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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有一個(gè)問(wèn)題 如果該R包可以像NMF包extract函數(shù)提取最具代表性的基因就好了
【R>>MOVICS】多組學(xué)+亞型秘密武器
MOVICS包整合多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析播玖，其安裝的過(guò)程太讓人心酸椎工，大家安裝的過(guò)程慢慢體會(huì)，下面就來(lái)學(xué)習(xí)下這個(gè)由“大魚(yú)海棠”老師開(kāi)發(fā)的R包吧黎棠。 1.示例數(shù)據(jù) brca.tcga.R...
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怎么在圖中添加標(biāo)簽晋渺？謝謝
批量處理——兩基因不同組別中的相關(guān)性
相比于網(wǎng)頁(yè)工具，使用編程語(yǔ)言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢(shì)脓斩，在于高度的定制化木西，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計(jì)算組間差異[https://www.j...
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可以講一下VAE嗎。謝謝
數(shù)據(jù)分析：Autoencoder in R
介紹 auoteencoder是深度學(xué)習(xí)的一類(lèi)算法之一随静，由encoder, latent space和decoder組成(見(jiàn)下圖)八千。 packages train data ...
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可以使用shiny或者flask
web前端訪問(wèn)數(shù)據(jù)庫(kù)
實(shí)驗(yàn)室的項(xiàng)目搭建了個(gè)web平臺(tái)，會(huì)訪問(wèn)數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)然后用echarts去繪制出統(tǒng)計(jì)圖燎猛。今天研究了一下前端如何去訪問(wèn)后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)的恋捆，主要不是學(xué)的Java，對(duì)Java的一些類(lèi)還是不...
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利用全基因組和外顯子組測(cè)序分析snv,cnv,sv等突變形式
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R語(yǔ)言做生信候醒，包括數(shù)據(jù)可視化能颁、數(shù)據(jù)分析，數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換等倒淫。
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跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫(kù))跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)) “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)伙菊。”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語(yǔ)言的最好辦法敌土【邓叮” DOI: 10.1016/j.cell.2020...
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應(yīng)用genefu對(duì)自定義數(shù)據(jù)集進(jìn)行PAM50分型
網(wǎng)絡(luò)上幾乎沒(méi)有教材，很無(wú)奈返干，使用異常艱難谦疾，加之作者本身寫(xiě)的軟件用法也很復(fù)雜，學(xué)界實(shí)在缺乏工匠精神犬金，很少考慮用戶體驗(yàn)念恍，沒(méi)辦法了六剥，只能自己一點(diǎn)一點(diǎn)啃了。 注：本文代碼參考于生信技...
