@追夢人0607 不用产上,normalize不用再做了操骡,scale要再做一次
Seurat取子集時(shí)會用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中晓折,在確定細(xì)胞類型后厅翔,除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外又活,還可以針對單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析苔咪,這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一柳骄、Seurat數(shù)據(jù)格式...
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中丝里,在確定細(xì)胞類型后,除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外体谒,還可以針對單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析杯聚,這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一抒痒、Seurat數(shù)據(jù)格式...
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...
擬時(shí)(pseudotime)分析幌绍,又稱細(xì)胞軌跡(cell trajectory)分析,通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程故响,在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
關(guān)于什么是“擬時(shí)序分析”惨缆,可以參考本期推送的另一篇推文糜值。這一篇直接演示代碼 monocle2這個(gè)軟件用得太多了,很多文章都是monocle2的圖坯墨。因?yàn)橹皇褂帽磉_(dá)矩陣作為輸入寂汇,...
一蕾各、基本概念 RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序[https://baike.baidu.com/item/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%B5%8B%...
前言:進(jìn)行RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ)柏腻,推薦跟著B站生信技能樹-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ):【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣學(xué)linux(更新至第14...
本節(jié)概覽:1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG與GO富集4.用enrichp...