@追夢人0607 不用切诀,normalize不用再做了罩旋,scale要再做一次
Seurat取子集時會用到的函數(shù)和方法在單細胞數(shù)據(jù)分析中熊痴,在確定細胞類型后踢俄,除了可以進行差異表達基因分析外,還可以針對單個細胞類型進行分析特定分析层扶,這時就需要我們提取細胞子集分開處理了箫章。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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軌跡分析系列: 單細胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析(Pseudot...
擬時(pseudotime)分析野瘦,又稱細胞軌跡(cell trajectory)分析描沟,通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程,在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
關(guān)于什么是“擬時序分析”史辙,可以參考本期推送的另一篇推文汹买。這一篇直接演示代碼 monocle2這個軟件用得太多了,很多文章都是monocle2的圖聊倔。因為只使用表達矩陣作為輸入晦毙,...
一钱豁、基本概念 RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序[https://baike.baidu.com/item/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%B5%8B%...
前言:進行RNA-seq入門實戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ)冷尉,推薦跟著B站生信技能樹-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ):【生信技能樹】生信人應(yīng)該這樣學(xué)linux(更新至第14...
本節(jié)概覽:1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進行KEGG與GO富集4.用enrichp...