40. 網絡圖繪制 清除當前環(huán)境中的變量 設置工作目錄 使用igraph包繪制網絡圖 使用ggraph包繪制網絡圖 使用networkD3包繪制動態(tài)網絡圖
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R語言可視化（四十）：網絡圖繪制 -
如何用R語言做差異代謝物的kegg富集分析編寫：王采荷 感覺已經很久沒有在簡書上分享自己的東西了夷家，今天在集合其他大佬的力量終于把“如何用R語言做差異代謝物的kegg富集分析”這個問題給解決了。我決定將這個過程分享到簡...
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Deep learning and sharing!
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R語言之數據標準化方法大全decostand 是群落生態(tài)學中常用的工具包穴翩，提供了很多主流且高效的數據標準化方法探赫。 基本語法 標準化厦画，和轉化相反，是求相對值擎浴，旨在降低數據之間因量級员咽、單位等差異而帶來的數...
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[R]基因ID轉換、鼠基因轉為人基因
Ensembl, EntreID,Symbol這三種基因名格式的互相轉換 法1：org.Hs.eg.db包 法2：biomaRt包 將老鼠基因轉為人類基因名 法1：直接轉換 ...
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TCGA+biomarker——單因素Cox回歸
生存分析KM法與Cox法異同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一種無參數方法(non-parametric)來從觀察的生存時間來估計...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫才好看首先調取Xena網頁的TCGA數據做Cox生存分析贮预，數據可以通過hiplot官網自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問https://hiplot.com....
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R實戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選R實戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti...
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ssGSEA分析ssGSEA即單樣本GSEA分析贝室，主要可以用來量化免疫浸潤契讲。 免疫浸潤是什么？要是直白的解釋就是免疫細胞滲透到腫瘤組織的程度档玻。一般我們說腫瘤組織當中的成分，首先想到的是腫瘤細...
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【R>>DepMap】單基因腫瘤細胞表達情況CCLE是腫瘤細胞基因表達的百科全書茫藏，之前寫CCLE：求任意基因的相關性[http://www.reibang.com/p/59f979ab09ee]稍微介紹過其用法误趴。今天...
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GSEA富集分析+R分析+多類美化工具相關原理詳細介紹生信技能樹詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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R 包安裝失敗解決（一）今天自己在安裝包的時候總是報錯，但是正常情況下就應該這么安裝呀务傲，這到底怎么解決呢凉当？ 偶然發(fā)現(xiàn)解決方法如下： install.packages('RSQLite', depen...
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單細胞分析實錄(12): 如何推斷腫瘤細胞
公眾號后臺回復20210418，獲取本文的測試數據 1. 回顧 前面我已經講解了inferCNV的基本用法[http://www.reibang.com/p/c01f56b...
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泛癌分析 —（1）泛癌分析基因表達矩陣處理 Note：數據從UCSC Xena下載售葡，一共33種癌癥看杭，這里對于如何下載不做介紹。 1. 文件下載和處理 下載好的數據共33個文件挟伙，放到同一個文件夾...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反應2018年的Nature 上公開了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治療隊列數據楼雹，而這份數據就儲存在IMvigor210CoreBiologies包中。下面就來學習下吧 1.I...
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關于X-tile 選擇生存曲線的最佳Cut-offhttps://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_8-winapps-appother/net-framew...
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R|illumina芯片beads系列-lumiIllumina是常見的3大制造商之一尖阔，lumi包主要針對Illumina公司出品的bead系列表達譜和甲基化芯片進行質控贮缅、標準化，獲得表達矩陣介却。它已經封裝好lumiExpr...
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illumina beadchip 芯片原始數據處理需求 和這一篇的需求一致谴供，不同公司的芯片原始數據處理方式也不同，最終都是為了得到表達矩陣齿坷，今天介紹的是illumina beadchip 芯片桂肌，用神奇的limma搞定它。找不...
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GEO數據庫學習總結（三）ID轉換通過前面的數據下載永淌，我們一般都可以得到如下矩陣崎场，為了后續(xù)分析及文章需要，我們則需要吧探針名轉化為gene_symbol ID轉化主要分為二步 Ⅰ遂蛀、得到探針一一對應的基因名Ⅱ照雁、...
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TCGA 差異分析及作圖原始數據準備 學習生信我認為首先要具有全局觀，首先要弄清楚做什么分析答恶，需要準備什么文件饺蚊，然后把這些文件變成什么樣子。當準備工作做好后悬嗓，直接調用R包進行分析和作圖污呼。為了方便看，...
