decostand 是群落生態(tài)學(xué)中常用的工具包伶跷，提供了很多主流且高效的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法。 基本語法 標(biāo)準(zhǔn)化闯割，和轉(zhuǎn)化相反蔓挖，是求相對值反惕，旨在降低數(shù)據(jù)之間因量級授嘀、單位等差異而帶來的數(shù)...
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R語言之?dāng)?shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化方法大全 -
[R]基因ID轉(zhuǎn)換气忠、鼠基因轉(zhuǎn)為人基因
Ensembl, EntreID,Symbol這三種基因名格式的互相轉(zhuǎn)換 法1：org.Hs.eg.db包 法2：biomaRt包 將老鼠基因轉(zhuǎn)為人類基因名 法1：直接轉(zhuǎn)換 ...
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TCGA+biomarker——單因素Cox回歸
生存分析KM法與Cox法異同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一種無參數(shù)方法(non-parametric)來從觀察的生存時間來估計...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析锰蓬，數(shù)據(jù)可以通過hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問https://hiplot.com....
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R實戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選R實戰(zhàn) | Lasso回歸模型建立及變量篩選 Tibshirani(1996) 引入了 LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selecti...
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ssGSEA分析ssGSEA即單樣本GSEA分析幔睬，主要可以用來量化免疫浸潤。 免疫浸潤是什么互妓？要是直白的解釋就是免疫細(xì)胞滲透到腫瘤組織的程度溪窒。一般我們說腫瘤組織當(dāng)中的成分，首先想到的是腫瘤細(xì)...
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【R>>DepMap】單基因腫瘤細(xì)胞表達(dá)情況CCLE是腫瘤細(xì)胞基因表達(dá)的百科全書冯勉，之前寫CCLE：求任意基因的相關(guān)性[http://www.reibang.com/p/59f979ab09ee]稍微介紹過其用法澈蚌。今天...
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GSEA富集分析+R分析+多類美化工具相關(guān)原理詳細(xì)介紹生信技能樹詳解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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R 包安裝失敗解決（一）今天自己在安裝包的時候總是報錯，但是正常情況下就應(yīng)該這么安裝呀灼狰，這到底怎么解決呢宛瞄？ 偶然發(fā)現(xiàn)解決方法如下： install.packages('RSQLite', depen...
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單細(xì)胞分析實錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號后臺回復(fù)20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.reibang.com/p/c01f56b...
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泛癌分析 —（1）泛癌分析基因表達(dá)矩陣處理 Note：數(shù)據(jù)從UCSC Xena下載交胚，一共33種癌癥份汗，這里對于如何下載不做介紹。 1. 文件下載和處理 下載好的數(shù)據(jù)共33個文件蝴簇，放到同一個文件夾...
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【R>>IMvigor210CoreBiologies】免疫反應(yīng)2018年的Nature 上公開了一份尿路上皮癌（BLCA）的免疫治療隊列數(shù)據(jù)杯活，而這份數(shù)據(jù)就儲存在IMvigor210CoreBiologies包中。下面就來學(xué)習(xí)下吧 1.I...
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關(guān)于X-tile 選擇生存曲線的最佳Cut-offhttps://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_8-winapps-appother/net-framew...
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R|illumina芯片beads系列-lumiIllumina是常見的3大制造商之一熬词，lumi包主要針對Illumina公司出品的bead系列表達(dá)譜和甲基化芯片進(jìn)行質(zhì)控旁钧、標(biāo)準(zhǔn)化，獲得表達(dá)矩陣互拾。它已經(jīng)封裝好lumiExpr...
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illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理需求 和這一篇的需求一致歪今，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同，最終都是為了得到表達(dá)矩陣颜矿，今天介紹的是illumina beadchip 芯片寄猩，用神奇的limma搞定它。找不...
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GEO數(shù)據(jù)庫學(xué)習(xí)總結(jié)（三）ID轉(zhuǎn)換通過前面的數(shù)據(jù)下載骑疆，我們一般都可以得到如下矩陣田篇，為了后續(xù)分析及文章需要替废，我們則需要吧探針名轉(zhuǎn)化為gene_symbol ID轉(zhuǎn)化主要分為二步 Ⅰ、得到探針一一對應(yīng)的基因名Ⅱ斯辰、...
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TCGA 差異分析及作圖原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 學(xué)習(xí)生信我認(rèn)為首先要具有全局觀舶担，首先要弄清楚做什么分析，需要準(zhǔn)備什么文件彬呻，然后把這些文件變成什么樣子。當(dāng)準(zhǔn)備工作做好后柄瑰，直接調(diào)用R包進(jìn)行分析和作圖闸氮。為了方便看，...
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TCGA數(shù)據(jù)下載與ID轉(zhuǎn)換
今天繼續(xù)我們的TCGA數(shù)據(jù)分析系列教沾。 TCGA數(shù)據(jù)下載 TCGA數(shù)據(jù)下載的方式有很多蒲跨，本次我們利用UCSC Xena數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)，網(wǎng)址是：https://xenabrows...
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下載TCGA基因表達(dá)量文件授翻，應(yīng)該選Count,FPKM還是FPKM-UQ ?GDC中轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)量文件有3種類型或悲，分別對應(yīng)著不同的定量方法。 Counts 就不用說了堪唐，來看看FPKM和FPKM-UQ有啥差別巡语，這個可以查看GDC的官方說明文檔中的轉(zhuǎn)錄組...
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三種差異分析的整理針對測序數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù)，目前常用差異分析的R包有edgeR淮菠、limma男公、DESeq2，做一簡單比較合陵，方便平時分析枢赔。內(nèi)容多為搬運(yùn)，主要方便下次尋找拥知。 1. 三種分析方法的比較 ...