AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞。AUCell使用曲線下面積來(lái)計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度 -
R-SCENIC 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析文章接受，終于有空再發(fā)點(diǎn)筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 開(kāi)發(fā)的用于預(yù)測(cè)scRNA-seq數(shù)據(jù)中細(xì)胞干性和...
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單細(xì)胞36計(jì)之17拋磚引玉---使用Seurat對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析橙垢，可視化和集成第十七計(jì) 拋磚引玉以自己的粗淺的意見(jiàn)引出別人高明的見(jiàn)解松靡。 概述 本教程演示了如何使用Seurat（> = 3.2）分析空間分辨的RNA-seq數(shù)據(jù)翁垂。盡管分析流程類(lèi)似于單細(xì)胞R...
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生信實(shí)用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對(duì)較大的bam文件進(jìn)行操作時(shí)匀油，往往相當(dāng)耗時(shí)凑懂，所以將一個(gè)很大的bam文件分割為幾個(gè)較小的bam文件螺句，在并行進(jìn)行分析可以大大縮短所需要的時(shí)間虽惭。通常來(lái)說(shuō)分割的方法是用ba...
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KEGG通路數(shù)據(jù)庫(kù)下載(人種)
方法一在MSigDB下載，網(wǎng)址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections蛇尚。下載到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函數(shù)讀...
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關(guān)于微陣列芯片和RNA-seq的比較轉(zhuǎn)錄組代表存在于細(xì)胞中RNA的全部類(lèi)型芽唇，包括mRNA、rRNA、tRNA以及其它各種非編碼RNA等匆笤。轉(zhuǎn)錄組是了解細(xì)胞過(guò)程的主要手段研侣，微陣列（Microarray）和RNA-s...
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單細(xì)胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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柵格圖像
簡(jiǎn)介：柵格圖像（有時(shí)稱(chēng)為位圖圖像）由稱(chēng)為像素的圖片元素的矩形網(wǎng)格組成。每個(gè)像素都分配有特定的位置和顏色值炮捧。在處理柵格圖像時(shí)庶诡，您所編輯的是像素，而不是對(duì)象或形狀咆课。
常見(jiàn)用例：柵格圖像是連續(xù)色調(diào)圖像（如照片或數(shù)字繪畫(huà)）最常用的電子媒介末誓，因?yàn)樗鼈兛梢杂行У乇憩F(xiàn)陰影和顏色的細(xì)微層次。
常用軟件和文件類(lèi)型：大多數(shù)專(zhuān)業(yè)人士使用 Photoshop 處理柵格圖像书蚪。常見(jiàn)的從 Photoshop 中導(dǎo)出的柵格文件類(lèi)型有：JPEG喇澡、GIF、PNG 和 TIFF殊校。
分辨率和文件大星缇痢：柵格圖像與分辨率相關(guān)，即箩艺，包含固定數(shù)量的像素窜醉。調(diào)整圖像大小時(shí)，柵格圖像會(huì)丟失或增加像素艺谆，從而降低圖像品質(zhì)榨惰。柵格圖像通常具有較大的文件大小，因?yàn)槠渲写鎯?chǔ)了像素信息静汤，并且在某些 Creative Cloud 應(yīng)用程序中使用時(shí)琅催，通常需要壓縮以保持較小的文件大小。
ref: https://helpx.adobe.com/cn/photoshop/using/image-essentials.html -
跟著Nature學(xué)作圖：R語(yǔ)言ggplot2散點(diǎn)柵格化能夠減小輸出pdf的文件大小論文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析回顧之squidpy新的一年虫给，新的開(kāi)始藤抡，既然選擇了前方，只顧風(fēng)雨兼程抹估。 這一次缠黍，我們來(lái)繼續(xù)回顧一下空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件-------squidpy，當(dāng)然了药蜻，我們主要關(guān)注10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）之配受體聯(lián)合TF因子的通訊分析(cellcall)hello瓷式，大家好，今天我們來(lái)分享一個(gè)更加重要的通訊方法语泽，cellcall贸典，規(guī)則很簡(jiǎn)單，就是我們?cè)趯?duì)單細(xì)胞進(jìn)行通訊分析的時(shí)候踱卵，通訊到底有沒(méi)有起到作用廊驼？？？之前的我分享的文章1...
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Cell-Cell Interaction Database|| 單細(xì)胞配受體庫(kù)你還在文章的附錄里找嗎妒挎？Cell-Cell Interaction Database ： https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6 Cell-Ce...
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STRINGDB包的簡(jiǎn)單使用String是一個(gè)很好的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)绳锅，其不僅包含了直接物理作用的互作關(guān)系，還包含了蛋白之間以間接作用的互作關(guān)系饥漫。除了有實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的數(shù)據(jù)外榨呆，還有整合其他數(shù)據(jù)庫(kù)中的互作數(shù)...
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STRINGdb | 交互式可視化蛋白網(wǎng)絡(luò)互作
在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中提交基因，獲取PPI網(wǎng)絡(luò)是比較常規(guī)的操作庸队，包括下游使用cytoscape進(jìn)行美化和hub網(wǎng)絡(luò)的提取积蜻，但過(guò)程還是比較麻煩，本期介紹通過(guò)R語(yǔ)言來(lái)挖掘STRI...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】人類(lèi)T細(xì)胞亞群分析Marker基因匯總T 細(xì)胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效應(yīng)T細(xì)胞）： 輔助...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】人類(lèi)B細(xì)胞亞群分析Marker基因匯總由于基因表達(dá)跟細(xì)胞表面蛋白的表達(dá)具有時(shí)間差彻消，所以要根據(jù)經(jīng)驗(yàn)具體情況具體分析竿拆，內(nèi)容僅供參考 ??哺乳類(lèi)動(dòng)物B細(xì)胞的分化過(guò)程主要可分為前B細(xì)胞、不成熟B細(xì)胞宾尚、 成熟B細(xì)胞丙笋、活化B...
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一文帶你深入了解中性粒細(xì)胞的起源、發(fā)育及功能
中性粒細(xì)胞的起源煌贴、發(fā)育 中性粒細(xì)胞是固有免疫系統(tǒng)的主要成員之一御板。 中性粒細(xì)胞（neutrophil），來(lái)源于骨髓干細(xì)胞牛郑，是多形核粒細(xì)胞（PMN）怠肋。 白細(xì)胞[粒細(xì)胞（中性粒細(xì)胞...
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Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnDataAnnData是python中存儲(chǔ)單細(xì)胞數(shù)據(jù)的一種格式 1. AnnData數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)： 主要包含四個(gè)slots：X contains the expression matri...
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seurat對(duì)象添加自定義維度數(shù)據(jù)Seurat自帶的RunPCA (pca)和RunTSNE (tsne)等降維方法產(chǎn)生的維度縮減信息會(huì)格式化為DimReduc類(lèi)，存儲(chǔ)在DefaultAssay(scRNA)...