AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞碰镜。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關(guān)鍵子集是...
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AUCell：計算單細胞轉(zhuǎn)錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度 -
R-SCENIC 單細胞轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡分析文章接受兢卵，終于有空再發(fā)點筆記了?? SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 開發(fā)的用于預測scRNA-seq數(shù)據(jù)中細胞干性和...
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單細胞36計之17拋磚引玉---使用Seurat對空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集進行分析，可視化和集成第十七計 拋磚引玉以自己的粗淺的意見引出別人高明的見解绪颖。 概述 本教程演示了如何使用Seurat（> = 3.2）分析空間分辨的RNA-seq數(shù)據(jù)秽荤。盡管分析流程類似于單細胞R...
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生信實用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對較大的bam文件進行操作時，往往相當耗時柠横，所以將一個很大的bam文件分割為幾個較小的bam文件窃款，在并行進行分析可以大大縮短所需要的時間。通常來說分割的方法是用ba...
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KEGG通路數(shù)據(jù)庫下載(人種)
方法一在MSigDB下載牍氛，網(wǎng)址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections晨继。下載到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函數(shù)讀...
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關(guān)于微陣列芯片和RNA-seq的比較轉(zhuǎn)錄組代表存在于細胞中RNA的全部類型，包括mRNA搬俊、rRNA紊扬、tRNA以及其它各種非編碼RNA等。轉(zhuǎn)錄組是了解細胞過程的主要手段唉擂，微陣列（Microarray）和RNA-s...
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單細胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及繪圖單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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柵格圖像
簡介：柵格圖像（有時稱為位圖圖像）由稱為像素的圖片元素的矩形網(wǎng)格組成餐屎。每個像素都分配有特定的位置和顏色值。在處理柵格圖像時玩祟，您所編輯的是像素啤挎，而不是對象或形狀。
常見用例：柵格圖像是連續(xù)色調(diào)圖像（如照片或數(shù)字繪畫）最常用的電子媒介，因為它們可以有效地表現(xiàn)陰影和顏色的細微層次庆聘。
常用軟件和文件類型：大多數(shù)專業(yè)人士使用 Photoshop 處理柵格圖像胜臊。常見的從 Photoshop 中導出的柵格文件類型有：JPEG、GIF伙判、PNG 和 TIFF象对。
分辨率和文件大小：柵格圖像與分辨率相關(guān)宴抚，即勒魔，包含固定數(shù)量的像素。調(diào)整圖像大小時菇曲，柵格圖像會丟失或增加像素冠绢，從而降低圖像品質(zhì)。柵格圖像通常具有較大的文件大小常潮，因為其中存儲了像素信息弟胀，并且在某些 Creative Cloud 應用程序中使用時，通常需要壓縮以保持較小的文件大小喊式。
ref: https://helpx.adobe.com/cn/photoshop/using/image-essentials.html -
跟著Nature學作圖：R語言ggplot2散點柵格化能夠減小輸出pdf的文件大小論文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
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10X單細胞空間聯(lián)合分析回顧之squidpy新的一年孵户，新的開始，既然選擇了前方岔留，只顧風雨兼程夏哭。 這一次，我們來繼續(xù)回顧一下空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件-------squidpy献联，當然了竖配，我們主要關(guān)注10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析內(nèi)容...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）之配受體聯(lián)合TF因子的通訊分析(cellcall)hello，大家好里逆，今天我們來分享一個更加重要的通訊方法械念，cellcall，規(guī)則很簡單运悲，就是我們在對單細胞進行通訊分析的時候龄减，通訊到底有沒有起到作用？班眯？希停？之前的我分享的文章1...
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Cell-Cell Interaction Database|| 單細胞配受體庫你還在文章的附錄里找嗎？Cell-Cell Interaction Database ： https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6 Cell-Ce...
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STRINGDB包的簡單使用String是一個很好的蛋白互作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫署隘，其不僅包含了直接物理作用的互作關(guān)系宠能，還包含了蛋白之間以間接作用的互作關(guān)系。除了有實驗證據(jù)支持的數(shù)據(jù)外磁餐，還有整合其他數(shù)據(jù)庫中的互作數(shù)...
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STRINGdb | 交互式可視化蛋白網(wǎng)絡互作
在STRING數(shù)據(jù)庫中提交基因违崇，獲取PPI網(wǎng)絡是比較常規(guī)的操作阿弃，包括下游使用cytoscape進行美化和hub網(wǎng)絡的提取，但過程還是比較麻煩羞延，本期介紹通過R語言來挖掘STRI...
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【單細胞轉(zhuǎn)錄組】人類T細胞亞群分析Marker基因匯總T 細胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效應T細胞）： 輔助...
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【單細胞轉(zhuǎn)錄組】人類B細胞亞群分析Marker基因匯總由于基因表達跟細胞表面蛋白的表達具有時間差渣淳，所以要根據(jù)經(jīng)驗具體情況具體分析，內(nèi)容僅供參考 ??哺乳類動物B細胞的分化過程主要可分為前B細胞伴箩、不成熟B細胞入愧、 成熟B細胞、活化B...
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一文帶你深入了解中性粒細胞的起源嗤谚、發(fā)育及功能
中性粒細胞的起源棺蛛、發(fā)育 中性粒細胞是固有免疫系統(tǒng)的主要成員之一。 中性粒細胞（neutrophil）巩步，來源于骨髓干細胞旁赊，是多形核粒細胞（PMN）。 白細胞[粒細胞（中性粒細胞...
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Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnDataAnnData是python中存儲單細胞數(shù)據(jù)的一種格式 1. AnnData數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)： 主要包含四個slots：X contains the expression matri...
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seurat對象添加自定義維度數(shù)據(jù)Seurat自帶的RunPCA (pca)和RunTSNE (tsne)等降維方法產(chǎn)生的維度縮減信息會格式化為DimReduc類椅野，存儲在DefaultAssay(scRNA)...