什么是火山圖宵凌？ 火山圖其實是一種很形象的叫法鞋囊，它可以通過關注對象的落點從而直觀地展示該對象的所屬區(qū)域瞎惫。其通常用于展示差異結果溜腐，比如RNA-seq差異基因展示瓜喇。讀懂了“火山”火...
IP屬地：內蒙古
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R繪制火山圖 EnhancedVolcano+ggplot -
snpEff使用說明（上）-了解及創(chuàng)建SnpEff注釋數據庫SnpEff是一款注釋變異位點（SNP+InDel+MNP）和預測變異對基因的影響（例如氨基酸變化）的工具。 用法： 輸入文件：輸入是變異位點（SNP望众，插入，缺失和MNP）的...
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跟著Nature學作圖：R語言ggplot2散點柵格化能夠減小輸出pdf的文件大小論文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
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如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋果的m1芯片已經出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同學也是用上了新的macbook蚤氏，m1芯片的優(yōu)點我們已經有目共睹。雖然新版本的R的新版本和cran上的標準包如g...
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數據提取及ggplot2畫圖
以CLL數據包為例： 1棵里、提取所需數據 2润文、安裝注釋包 3殿怜、探索探針與基因symbol的對應關系 4典蝌、對數據進行篩選，去重： 5骏掀、選擇對應的數據作圖(基礎作圖)： 6、ggp...
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R語言基礎入門(3) select選擇列的方法從基礎到高級前面的2節(jié)介紹了數據的格式轉換寬表轉長表函數pivot_longer以及行過濾函數filter( )今天來繼續(xù)介紹列選擇函數select( )的使用 選擇列:基礎 要選擇幾列...
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Seurat官方教程1 | 整合受刺激與對照PBMC數據集整合受刺激與對照PBMC數據集，以了解細胞類型特異性反應 教程背景 本教程介紹了康等人在2017年提出的兩組pbmc际度。本實驗將PBMCs分為受刺激組和對照組，受刺激組給予干擾...
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外泌體多組學03-scMappR包：制造signature matrix老規(guī)矩坡锡，推薦大家看官網，資料： 官網scMappR：https://cran.r-project.org/web/packages/scMappR/vignettes/scM...
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單細胞轉錄組學習筆記-13-差異分析及KEGG注釋簡介
劉小澤寫于19.8.7-第二單元最后一講：差異分析及KEGG注釋簡介筆記目的：根據生信技能樹的單細胞轉錄組課程探索smart-seq2技術相關的分析技術課程鏈接在：http:...
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單細胞交響樂21-實戰(zhàn)四 批量處理并整合多個10X PBMC數據劉小澤寫于2020.7.19為何取名叫“交響樂”？因為單細胞分析就像一個大樂團吵取，需要各個流程的協(xié)同配合單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment單...
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單細胞交響樂31-實戰(zhàn)十四 10X HCA計劃的38萬骨髓細胞劉小澤寫于2020.7.22為何取名叫“交響樂”皮官？因為單細胞分析就像一個大樂團脯倒，需要各個流程的協(xié)同配合單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment單...
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單細胞兩個數據集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數據集的產生臣疑，在它們之間進行比較就顯得非常關鍵盔憨。一個核心的應用是比較不同實驗室收集的類似生物來源的數據集讯沈，以確保...
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seurat-ScaleData()源碼解析一问慎、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數據經過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化挤茄。ScaleData()[http...
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單細胞交響樂3-scRNA的細胞質控劉小澤寫于19.12.3-4 ，更新于2020-06-26為何取名叫“交響樂”笼恰？因為單細胞分析就像一個大樂團踊沸，需要各個流程的協(xié)同配合單細胞交響樂1-理解scRNA常用的數據結...
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完整的單細胞分析流程——理解你的單細胞分析之數據結構背景介紹 Bioconductor項目的主要優(yōu)勢之一在于使用通用數據基礎結構社证，該數據基礎結構可實現跨越R包的相互操作性逼龟。 用戶應該能夠使用來自不同Bioconductor軟件...
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小潔詳解《R數據科學》第16章 Purrr下
4 for循環(huán)與函數式編程 用for循環(huán)計算每列的均值 書中給出一個奇怪的例子來說明函數組合 將函數作為參數傳入另一個函數 5.映射函數-map 這是一個強大的函數族,直接返...
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使用scran分析單細胞數據官網教程：Scran1.20.1（最新）[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scran/ins...
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單細胞交響樂10-數據集整合后的批次矯正劉小澤寫于2020.7.7為何取名叫“交響樂”？因為單細胞分析就像一個大樂團宜肉，需要各個流程的協(xié)同配合單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment單細...
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8、Integrating Datasets原文鏈接Chapter 13 Integrating Datasets[https://osca.bioconductor.org/integrating-datasets....