賞菊須知 菊屬植物種類繁多见妒，又含多種栽培種癞谒，兼具觀賞和藥用價(jià)值熔脂，且染色體組結(jié)構(gòu)從2n=18到8n=72之間祝高，十分復(fù)雜，多年來(lái)難以攻破食茎。 中藥所所長(zhǎng)陳士林研究員践险、副研究員宋馳博...
IP屬地：江蘇
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基因組文章 | Chrysanthemum nankingense《Molecular Plant》 2018 -
生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（三）：Kmer評(píng)估基因組寫在前面 以下內(nèi)容均來(lái)自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Kmer定義 雜合Kmer...
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gce基因組特征評(píng)估 2019-07-24GCE下載安裝 在Linux系統(tǒng)下，直接在下載鏈接ftp中下載安裝肢藐。 GCE主要包含兩個(gè)主程序：kmer_freq_hash故河，用于k-mer頻數(shù)統(tǒng)計(jì)；gce吆豹，用于基因組特征評(píng)...
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2鱼的、RNAseq(2)--測(cè)序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data）1理盆、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測(cè)序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對(duì)這些壓縮格式進(jìn)行解壓操作 解壓好的文件即正...
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單細(xì)胞聚類---淺析監(jiān)督學(xué)習(xí)與無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析在線性降維后通常要進(jìn)行聚類凑阶，使用到機(jī)器學(xué)習(xí)的常用方法猿规，主要分為有監(jiān)督學(xué)習(xí)[supervised learning]和無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)unsupervised lea...
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擬時(shí)序分析簡(jiǎn)要內(nèi)容--擬時(shí)序分析的定義--結(jié)果解讀--------做出結(jié)果（cluster、state）--------確定起始點(diǎn)--------做start····end的圖（并且映...
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R-Seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]創(chuàng)建Seurat對(duì)象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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被子植物花器官發(fā)育的分子機(jī)制花發(fā)育是被子植物生命周期中一個(gè)重要的綜合發(fā)育過(guò)程晌砾，涉及無(wú)限生長(zhǎng)向有限生長(zhǎng)及不同發(fā)育方式的轉(zhuǎn)換坎拐，包括開(kāi)花誘導(dǎo)、信號(hào)傳遞养匈、屬性決定哼勇、器官發(fā)生，既受環(huán)境因子（如光周期呕乎、溫度等）的誘...
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scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包积担、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過(guò)濾質(zhì)控已經(jīng)學(xué)習(xí)了轉(zhuǎn)錄組基本入門知識(shí)猬仁，現(xiàn)在了解帝璧、學(xué)習(xí)下單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(scRNA)相關(guān)知識(shí)。依舊是站在巨人的肩膀上看世界湿刽，入門學(xué)習(xí)目前主要參考 微信公眾號(hào)--生信會(huì)客廳的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)044--[sc+st]雞心臟發(fā)育的時(shí)空單細(xì)胞測(cè)序揭示細(xì)胞分化和形態(tài)發(fā)生之間的相互作用作者提供了數(shù)據(jù)和代碼[https://github.com/madhavmantri/chicken_heart/security]的烁。 1. Spatially resolv...
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【文獻(xiàn)分享】蘭花空間轉(zhuǎn)錄組植物空間轉(zhuǎn)錄組的文章其實(shí)并不多，除了前面分享的一篇華大做的擬南芥葉片的之外诈闺，這個(gè)可能是我看到的第二篇渴庆。所以，今天簡(jiǎn)要分享這篇發(fā)表在NAR上面的雅镊，復(fù)旦大學(xué)做的一個(gè)工作襟雷。 我們都...
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文獻(xiàn)閱讀-《Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data》文獻(xiàn)名稱：教程：?jiǎn)渭?xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)的計(jì)算分析指南文獻(xiàn)期刊：nature protocols發(fā)表時(shí)間：2021-1-9 摘要 單細(xì)胞 RNA 測(cè)序技術(shù) (scRNA-se...
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scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs學(xué)習(xí)資料來(lái)源： scanpy主頁(yè)：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學(xué)習(xí)資料來(lái)源：scanpy主頁(yè)：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)如何處理線粒體基因什么是線粒體基因 線粒體是參與細(xì)胞凋亡啟動(dòng)和執(zhí)行的主要細(xì)胞器之一。線粒體基因在大多數(shù)細(xì)胞中表達(dá)仁烹，其表達(dá)水平是細(xì)胞類型特異性的耸弄。也就是說(shuō)這個(gè)也是和細(xì)胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的。 為...
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【GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘】三征唬、表達(dá)矩陣代碼參考： 1 構(gòu)建新矩陣 圖1 全部數(shù)據(jù)的箱線圖震叮，整體數(shù)據(jù)表達(dá)量在一條線上，表明可以比較 圖2 檢查樣本分布是否有問(wèn)題 2 回到GSE42872表達(dá)矩陣 還有很多需要加工的...
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【陪你學(xué)·生信】Bioinformatics For Dummies完結(jié)撒花
【陪你學(xué)·生信】序[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MzU2Mjc1OA==&mid=2247485255&idx=1&sn=2838...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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實(shí)驗(yàn)記錄2：Cellranger整理fastq數(shù)據(jù)為表達(dá)矩陣在分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)前尉间，我們需要將原始的fastq測(cè)序文件轉(zhuǎn)化成我們可讀的數(shù)據(jù)偿乖，最好的方法是將數(shù)據(jù)整理為基因-細(xì)胞表達(dá)矩陣击罪，如此一來(lái)后續(xù)的分析就能夠直接讀取到某細(xì)胞的某...
